常連

### 前提・実現したいこと

Rのggplot2で作成した散布図に、回帰式や決定係数、P値などを表記したい
対処方法などを、ご教授いただけると幸いです。

### 発生している問題・エラーメッセージ

ggpmisc　にて表記したところ、数式などの文字が以下のような状態で表記される。
正常に表記するためにはどうすれば良いか？
```
italic(y)~'='~6+0.8*~italic(x)
※画像が添付できないので状態を書き込みました
などと表記される。
表記したいのは　y= 6+0.8x
```

### 該当のソースコード

```ここに言語名を入力
library(ggplot2)
library(ggpmisc)
library(tidyverse)
windowsFonts(Cen = windowsFont("Century"))

fit <- lm(M ~ F, data = d)
new_mtcars <- cbind(d, predict(fit, interval = "prediction")) 
head(new_mtcars)
g <- ggplot(data = new_mtcars, aes(x = F, y = M))
g + geom_ribbon(aes(ymin = lwr, ymax = upr), alpha = 0.2, fill = 'green') + geom_point() +geom_smooth(method = "lm", formula = y ~ x) + stat_poly_eq(formula = y ~ x,aes(label = paste(..eq.label..,rr.label,p.value.label,"N=", nrow(d))))
```

### 試したこと

ggpmiscを読み込んだ時点で、「annotate」 がマスクされていると表示されます。
annotate:: で試してみたが、上手くいかなかった。

### 補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

R4.0.3
パッケージのアップデートは最新にしています

Rのggplot2における散布図に回帰式や決定係数、P値などを書き込みたい

R version 4.0.3を使用しています。

ggplotで横向きの積み上げ棒グラフを描き、かつ合計値の順番にY軸の項目を並べたいです。
データはこのようになっています。

```ここに言語を入力
Id	type	count
TPR_12	A	7
BP_C	A	11
BP_C	B	3
DJ	A	8
DJ	B	5
C_N	A	9
C_N	B	4
AAA	A	4
AAA	B	8
OG	A	4
OG	B	8
NA	A	6
NA	B	6
T10	A	7
T10	B	5
RV	A	8
RV	B	1
```

以下のように作図を行いました。
```ここに言語を入力
> data <- read.csv("test.csv")
> p <- ggplot(data, aes(x=count, y=Id))
> p + geom_bar(stat="identity", aes(fill=type))

```


![イメージ説明](https://ddjkaamml8q8x.cloudfront.net/questions/2022-08-06/85217053-f91e-44ed-8417-adb0850144a3.png)

このとき、typeAとBの合計値の順にIdを並べる方法が分かりません。
下の図は理想の図をエクセルで作ったものです。このようにcontの合計値順に並べたいです。
![イメージ説明](https://ddjkaamml8q8x.cloudfront.net/questions/2022-08-06/0dbb5267-392c-4563-a5f6-fa240786aa68.png)


ネットで検索すると、fct_reorder ?などがヒットするのですが、使い方が分からず困っています。

解決方法がお分かりでしたらご教授いただきたいです。




【ggplot】積み上げ棒グラフで軸の並びを変更したい


**質問を見て頂きありがとうございます．**
拙い質問ですがよろしくお願いいたします．
分かりにくい箇所があれば，質問してください．
よろしくお願いいたします．


### 前提



Rを用いて図１のような教室数と生徒数がどのように遷移するかの図を作っています．教室数は生徒数から求めたものです．その教室数を学校が保有している教室数と比較することで，過不足も判定し，棒グラフの色によって表示している状況です．

↓図１
![図１](https://ddjkaamml8q8x.cloudfront.net/questions/2022-11-23/c140d13c-eb19-433a-9238-5d12be9c483c.png)

分析すべき学校が複数あるためfor文で一括して図を出力しています．
すると，図２に示す通り教室状況を示す色が図１と異なってしまい，分かりにくい図になってしまいました．

**↓図２**
![図２](https://ddjkaamml8q8x.cloudfront.net/questions/2022-11-23/be8c6cd0-13d1-4265-a98d-f46b01fbd61b.png)
例えば，図１では”足りる”が赤になっていますが，図２では黄色になっています．


### 実現したいこと
図１でも図２でも”足りる”を示す色を同じにしたい．



### 該当のソースコード

```R
for (sname in sname_list){
	number = number + 1
#グラフ作成用の名前を作成
	npng = paste(as.character(number),".png")
	name_tmp = paste("小学校",as.character(number))

#グラフ作成用にテーブルから要素を取り出す
	tmp_table = sumary_table[sumary_table$s_list == sname,]
	#y1軸を教室数
	y1.lim = c(0,max(tmp_table$classes)+5)
	y2.lim = c(0,max(tmp_table$pop)+150)
	scaler = (y1.lim[2] - y1.lim[1])/(y2.lim[2] - y2.lim[1])


	p = ggplot(tmp_table) +
		geom_bar(aes(x=y_list,y=classes,fill=phase),stat="identity",width=0.7) +
		geom_line(aes(x=y_list,y=pop*scaler,colour="小学生数"),size=1) +
		scale_fill_manual(values=c("#2e9c28","#e6d92e","#b03125"),name="教室状況") +
		scale_y_continuous(limit=y1.lim, expand = c(0, 0), 
				   sec.axis=sec_axis(trans = ~ ./scaler, 
	   					     breaks=seq(from=y2.lim[1], to=y2.lim[2], by=100),name="小学生数")) + 
		labs(x="\n年\n", y="\n教室数\n", color = "",
		     title='\n各小学校区の小学生数と教室数の遷移', 
		     subtitle=name_tmp)
	#print(p)
	plot(p)

```

sumary_tableについて説明します．
y_listが年，classesが教室数,popが生徒数，phaseが教室状況("足りる","整備すれば足りる","整備しても足りない")


以上，よろしくお願いいたします．

ggplot2 fillの色を統一したい．

## やりたいこと，現状
ggplot2で以下のようなbeeswarm plotにSEMのエラーバーを入れたいです．
sdのエラーバーはつけられるのですが，stat_summary()を使ったsemの出し方がわかりません．
![イメージ説明](4bbd835f009aa3d40e95e23add694da7.png)

データはこの様になっており，x軸にfAをとりfBによりグループ分けされています．

No	fA	fB	score
1	x	O	0.837216991
1	y	O	0.025204773
1	z	O	0.00754073
2	x	O	0.007453169
2	y	O	0.885924943
2	z	O	0.308625439
3	x	O	0.037804973
3	y	O	0.021440267
3	z	O	0.172021095
1	x	P	0.398543642
1	y	P	0.670812843
1	z	P	0.961756129
2	x	P	0.001630415
2	y	P	0.310609978
2	z	P	0.182114473
3	x	P	0.049011967
3	y	P	0.762299464
3	z	P	0.968341695


## 簡潔に知りたいこととしては
- **stat_summary()/errorbarで各データごとのnを求めるにはどうすればいいのでしょうか？**（nがわかればsd/sqrt(n)でSEMが求められると考えるからです．）
これができればいいのですが，できないならば

- **別のデータフレームに計算したsemを格納してグラフに使う場合，layer()で重ねなければいけないのでしょうか？**
データの構造的に各群の平均値ではなく，サンプルごとのデータを記したテーブルなののでsemを別に計算して列に追加．．．ということが難しく，別の表を作るべき？とも考えました．その際はlayer()で重ねる必要があるのでしょうか？

---

コードは次のとおりです．
```R
avrplot = 
  ggplot(data = data, aes(x = fA, y = score,fill = fB, color = fB))+
  geom_quasirandom( dodge.width = 0.7)+
  theme_classic()
```
ここに+stat_summary()か+geom_errorbarを追加して実現できるでしょうか？
ご教示頂きたいです．よろしくお願いいたします



*そもそもsemでエラーバーってのはどうなの...というご指摘はご容赦ください．私もできればsdでやりたいのですが諸事情により．．．

ggplot2で標準誤差(SEM)を使ったエラーバーを入れたい

今、Rのggplot2を用いてヒストグラムを作成しています。
その際に、データの平均値をヒストグラムに描画しようと思い、下記のコードを実行しました。
ggplot(hoge,aes(x=hoge))+
  geom_histogram(binwidth = 3, colour = "darkgreen",fill = "skyblue")+
  geom_vline(xintercept = mean(hoge$hoge))+
  xlab("test")+
  ylab("test")+
  theme_bw()
そうしたら、平均値を表す線は描画できたのですが、x軸より下に突き出してしまいました。
下に突き出ないように、この線の範囲をy≧0以上にしたいのですが何か方法はありますでしょうか？
![イメージ説明](581095d6828bc9fa2d18acff1c47e6c6.png)

よろしくお願いいたします。

ggplot2でのgeom_vlineの扱い方について

R, データマイニングに関しての質問です。R超初心者で、数日前に似たような質問をしたのですが、再度似たような質問で申し訳ございません。
下のcsvファイルからimportしたデータの統計値をggplotで折れ線グラフにプロットしたいのですが、どうもうまく行きません。
csvファイルをimportしてR内で表記させると、一番下のように表示されます。このデータを直接使って、"Signal"の平均値をY軸に、categorial変数としての"Time"をX軸において、プロットしたいのです。
他のwebsiteの練習用のデータを用いて、下のコードでグラフを描かせると、ちゃんとグラフが出てくるので、恐らくデータの整形に問題があると思うのですが、なにが間違えているのでしょう？どなたかご教示頂ければ幸いです。

コードは以下のように書きました。
"DT"は一番下に置きましたもともとcsvにあるデータです。

```R
a <- ggplot(DT, aes(x=as.numeric(Time), y=Signal)) +
  stat_summary(fun.y=mean, geom="point", size=4) +
  stat_summary(fun.y=mean, geom="line", size=1)
a +
  xlab("Time") +
  theme(axis.title.x = element_text(color="Black", size=25),
        axis.title.y = element_text(color="Black", size=25),
        axis.text.x = element_text(size=15),
        axis.text.y = element_text(size=15), 
        legend.title = element_text(size=15),
        legend.text = element_text(size=15),
        legend.position = c(1,1),
        legend.justification = c(1,1))
```


 # A tibble: 16 x 3
   ID         Time  Signal
   <chr>      <chr>  <int>
 1 MDC16b-1   0min     342
 2 MDC16b-2-1 0min     360
 3 MDC16b-2-2 0min     248
 4 MDC16b-3-1 0min     144
 5 MDC16b-1   1min     336
 6 MDC16b-2-1 1min     348
 7 MDC16b-2-2 1min     241
 8 MDC16b-3-1 1min     145
 9 MDC16b-1   5min     330
10 MDC16b-2-1 5min     347
11 MDC16b-2-2 5min     237
12 MDC16b-3-1 5min     145
13 MDC16b-1   10min    335
14 MDC16b-2-1 10min    345
15 MDC16b-2-2 10min    233
16 MDC16b-3-1 10min    145


Warning messages:
1: In fun(x, ...) : NAs introduced by coercion
2: In FUN(X[[i]], ...) : NAs introduced by coercion
3: In FUN(X[[i]], ...) : NAs introduced by coercion
4: Removed 16 rows containing non-finite values (stat_summary). 
5: Removed 16 rows containing non-finite values (stat_summary).
というWarningが出てきてしまいます。

R、ggplotでグラフ描画のためのデータの整形の仕方がわかりません。

R studioでstat_poly_eq()関数を用いて回帰直線の式を表示しております。
その回帰直線の式の位置がグラフの枠内部にあるため、グラフの枠外上部（余白）に配置したいです。

式の色と大きさを指定できましたが、位置も配置したい場所に置くことはできないでしょうか。
theme()の中で指定する関数が存在するのでしょうか。

aes(...,size = 3)の後にhjustを置きましたが表示されるのは枠内部までのようでした。凡例を置くような位置なのでtheme()の中でlegend.position()を試してみましたがうまく行きませんでした。

また、相関係数Rの表示をしたいと考えており、下記paste("R=",cor(x=...としていますが、出力すると=の位置がyの前に来てしまい、R=と表示されません。cor()関数をこの位置に挿入するのは間違っているのでしょうか。（データはNAを含んでいます。）



```R

g <- ggplot(data1, aes(x=data1[,1], y=data1[,2]))+
  
  #散布図
  geom_point(stat = "identity")+


#回帰直線
  geom_smooth(method = "lm",formula = y ~ x, se = FALSE,color="red",size = 0.5)+

#回帰直線の式表示
  stat_poly_eq(formula = y ~ x, 
               aes(label = paste(stat(eq.label),
                                 paste("R=", cor(x=data1[,1], y=data1[,2],use = "complete.obs"),sep=""),
                                 sep = "~~~")),
                                 color ="Red", size = 4,
                                 parse = TRUE) +
  theme_bw()+
  theme(plot.margin = unit(c(2,2,2,2),"cm"))
    
plot(g)

```

ggplot2で回帰直線の式の位置を変えたい

以下のような構造のCSVファイルを
```data
X,Y,freq,h,s,v
A,A,5,60,255,125
B,A,0,60,255,0
C,A,1,60,255,25
D,A,0,60,255,0
A,B,0,120,255,0
     .
     .
     .
```
R Studio で読み込み、ggplotでグラフの作成を試みましたがエラーが出ました。
```RStudio
>data <- read.csv("C:\Users\Name\CSV\data.csv", header=T)
>ggplot(data, aes(x=X.axis, y=Y.axis))+
+     geom_point(aes(size=freq), shape=21, colour=hsv(h,s,v,0.5),fill=hsv(h,s,v,0.5)) +
+     scale_size_area(max_size=20, guide=FALSE)+ theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1))
 hsv(h, s, v, 0.5) でエラー:  オブジェクト 'h' がありません 
```
そこで、色指定の部分をaes()で括りましたが、なにやらaes()が気に食わないようです。
```RStudio
> ggplot(data, aes(x=X.axis, y=Y.axis))+
+     geom_point(aes(size=freq), shape=21, aes(colour=hsv(h,s,v,0.5)),aes(fill=hsv(h,s,v,0.5))) +
+     scale_size_area(max_size=20, guide=FALSE)+ theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1))
 エラー: `data` must be a data frame, or other object coercible by `fortify()`, not an S3 object with class uneval
Did you accidentally pass `aes()` to the `data` argument?
Run `rlang::last_error()` to see where the error occurred.
> rlang::last_error()
<error/rlang_error>
`data` must be a data frame, or other object coercible by `fortify()`, not an S3 object with class uneval
Did you accidentally pass `aes()` to the `data` argument?
Backtrace:
 1. ggplot2::geom_point(...)
 2. ggplot2::layer(...)
 4. ggplot2:::fortify.default(data)
Run `rlang::last_trace()` to see the full context.
```
ちなみに以下のようにすると、バブルの色は全てグレーですが、グラフの描画は成功します。
```RStudio
> ggplot(child.cmp.bub, aes(x=X.axis, y=Y.axis))+
+     geom_point(aes(size=freq), shape=21, colour="darkgrey",fill="grey") +
+     scale_size_area(max_size=20, guide=FALSE)+ theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1))
```
よろしくお願いいたします。