常連

今、Rのggplot2を用いてヒストグラムを作成しています。
その際に、データの平均値をヒストグラムに描画しようと思い、下記のコードを実行しました。
ggplot(hoge,aes(x=hoge))+
  geom_histogram(binwidth = 3, colour = "darkgreen",fill = "skyblue")+
  geom_vline(xintercept = mean(hoge$hoge))+
  xlab("test")+
  ylab("test")+
  theme_bw()
そうしたら、平均値を表す線は描画できたのですが、x軸より下に突き出してしまいました。
下に突き出ないように、この線の範囲をy≧0以上にしたいのですが何か方法はありますでしょうか？
![イメージ説明](581095d6828bc9fa2d18acff1c47e6c6.png)

よろしくお願いいたします。

ggplot2でのgeom_vlineの扱い方について

R, データマイニングに関しての質問です。R超初心者で、数日前に似たような質問をしたのですが、再度似たような質問で申し訳ございません。
下のcsvファイルからimportしたデータの統計値をggplotで折れ線グラフにプロットしたいのですが、どうもうまく行きません。
csvファイルをimportしてR内で表記させると、一番下のように表示されます。このデータを直接使って、"Signal"の平均値をY軸に、categorial変数としての"Time"をX軸において、プロットしたいのです。
他のwebsiteの練習用のデータを用いて、下のコードでグラフを描かせると、ちゃんとグラフが出てくるので、恐らくデータの整形に問題があると思うのですが、なにが間違えているのでしょう？どなたかご教示頂ければ幸いです。

コードは以下のように書きました。
"DT"は一番下に置きましたもともとcsvにあるデータです。

```R
a <- ggplot(DT, aes(x=as.numeric(Time), y=Signal)) +
  stat_summary(fun.y=mean, geom="point", size=4) +
  stat_summary(fun.y=mean, geom="line", size=1)
a +
  xlab("Time") +
  theme(axis.title.x = element_text(color="Black", size=25),
        axis.title.y = element_text(color="Black", size=25),
        axis.text.x = element_text(size=15),
        axis.text.y = element_text(size=15), 
        legend.title = element_text(size=15),
        legend.text = element_text(size=15),
        legend.position = c(1,1),
        legend.justification = c(1,1))
```


 # A tibble: 16 x 3
   ID         Time  Signal
   <chr>      <chr>  <int>
 1 MDC16b-1   0min     342
 2 MDC16b-2-1 0min     360
 3 MDC16b-2-2 0min     248
 4 MDC16b-3-1 0min     144
 5 MDC16b-1   1min     336
 6 MDC16b-2-1 1min     348
 7 MDC16b-2-2 1min     241
 8 MDC16b-3-1 1min     145
 9 MDC16b-1   5min     330
10 MDC16b-2-1 5min     347
11 MDC16b-2-2 5min     237
12 MDC16b-3-1 5min     145
13 MDC16b-1   10min    335
14 MDC16b-2-1 10min    345
15 MDC16b-2-2 10min    233
16 MDC16b-3-1 10min    145


Warning messages:
1: In fun(x, ...) : NAs introduced by coercion
2: In FUN(X[[i]], ...) : NAs introduced by coercion
3: In FUN(X[[i]], ...) : NAs introduced by coercion
4: Removed 16 rows containing non-finite values (stat_summary). 
5: Removed 16 rows containing non-finite values (stat_summary).
というWarningが出てきてしまいます。

R、ggplotでグラフ描画のためのデータの整形の仕方がわかりません。

R version 4.0.3を使用しています。

ggplotで横向きの積み上げ棒グラフを描き、かつ合計値の順番にY軸の項目を並べたいです。
データはこのようになっています。

```ここに言語を入力
Id	type	count
TPR_12	A	7
BP_C	A	11
BP_C	B	3
DJ	A	8
DJ	B	5
C_N	A	9
C_N	B	4
AAA	A	4
AAA	B	8
OG	A	4
OG	B	8
NA	A	6
NA	B	6
T10	A	7
T10	B	5
RV	A	8
RV	B	1
```

以下のように作図を行いました。
```ここに言語を入力
> data <- read.csv("test.csv")
> p <- ggplot(data, aes(x=count, y=Id))
> p + geom_bar(stat="identity", aes(fill=type))

```


![イメージ説明](https://ddjkaamml8q8x.cloudfront.net/questions/2022-08-06/85217053-f91e-44ed-8417-adb0850144a3.png)

このとき、typeAとBの合計値の順にIdを並べる方法が分かりません。
下の図は理想の図をエクセルで作ったものです。このようにcontの合計値順に並べたいです。
![イメージ説明](https://ddjkaamml8q8x.cloudfront.net/questions/2022-08-06/0dbb5267-392c-4563-a5f6-fa240786aa68.png)


ネットで検索すると、fct_reorder ?などがヒットするのですが、使い方が分からず困っています。

解決方法がお分かりでしたらご教授いただきたいです。




【ggplot】積み上げ棒グラフで軸の並びを変更したい

## やりたいこと，現状
ggplot2で以下のようなbeeswarm plotにSEMのエラーバーを入れたいです．
sdのエラーバーはつけられるのですが，stat_summary()を使ったsemの出し方がわかりません．
![イメージ説明](4bbd835f009aa3d40e95e23add694da7.png)

データはこの様になっており，x軸にfAをとりfBによりグループ分けされています．

No	fA	fB	score
1	x	O	0.837216991
1	y	O	0.025204773
1	z	O	0.00754073
2	x	O	0.007453169
2	y	O	0.885924943
2	z	O	0.308625439
3	x	O	0.037804973
3	y	O	0.021440267
3	z	O	0.172021095
1	x	P	0.398543642
1	y	P	0.670812843
1	z	P	0.961756129
2	x	P	0.001630415
2	y	P	0.310609978
2	z	P	0.182114473
3	x	P	0.049011967
3	y	P	0.762299464
3	z	P	0.968341695


## 簡潔に知りたいこととしては
- **stat_summary()/errorbarで各データごとのnを求めるにはどうすればいいのでしょうか？**（nがわかればsd/sqrt(n)でSEMが求められると考えるからです．）
これができればいいのですが，できないならば

- **別のデータフレームに計算したsemを格納してグラフに使う場合，layer()で重ねなければいけないのでしょうか？**
データの構造的に各群の平均値ではなく，サンプルごとのデータを記したテーブルなののでsemを別に計算して列に追加．．．ということが難しく，別の表を作るべき？とも考えました．その際はlayer()で重ねる必要があるのでしょうか？

---

コードは次のとおりです．
```R
avrplot = 
  ggplot(data = data, aes(x = fA, y = score,fill = fB, color = fB))+
  geom_quasirandom( dodge.width = 0.7)+
  theme_classic()
```
ここに+stat_summary()か+geom_errorbarを追加して実現できるでしょうか？
ご教示頂きたいです．よろしくお願いいたします



*そもそもsemでエラーバーってのはどうなの...というご指摘はご容赦ください．私もできればsdでやりたいのですが諸事情により．．．

ggplot2で標準誤差(SEM)を使ったエラーバーを入れたい

### 前提・実現したいこと
###ggplotで作画した図の軸の上下の余計なスペースを消したい

### 発生している問題・エラーメッセージ
作画した図のy軸は自動的にプロットがきれいに見えるように設定したy軸範囲にプラスマイナスで少しスペースができるようになっていると思います。具体的にはy軸の0とx軸（下）が重なり、y軸の上限がx軸（上）と重なっているようなグラフを作りたいのですが、どこを修正していいかわかりません。

### 該当のソースコード

```ここに言語名を入力
setwd("~/Desktop/Rproject/Graph")

df<- read.csv("Aerosol1.csv")
library(ggplot2)

p<- ggplot(df, aes(x=Dp, y=Conc)) + geom_bar(stat="identity", ) + 
  scale_x_log10(limits = c(10,1000)) + ylim(0,10^4) + 
  annotation_logticks(short = unit(0.2, "cm"),
                      mid = unit(0.3, "cm"), 
                      long = unit(0.4, "cm"), 
                      scaled = T,sides = "b") + 
  coord_cartesian(xlim = c(10,1000), ylim = c(0,8000))

p+ theme(
  panel.grid.major = element_blank(),
  panel.background = element_rect(fill = "white"),
  panel.border = element_rect(color = "black", fill = NA, inherit.blank = T),
  axis.title = element_text(colour = "black", size = 16),
  axis.text = element_text(colour = "black", size = 16)
)
```

### 試したこと

対処方法をネットで色々と調べて、通常のplot関数を用いたりすることも試してみましたが、その場合x, yの情報を持ったデータをバープロットできませんでした。最終的に解決法を見つけることができませんでした。

### 補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-apple-darwin15.6.0 (64-bit)
Running under: macOS Catalina 10.15.2

ggplotで作画した図のy軸の上下の余計なスペースを消したい

以下のような構造のCSVファイルを
```data
X,Y,freq,h,s,v
A,A,5,60,255,125
B,A,0,60,255,0
C,A,1,60,255,25
D,A,0,60,255,0
A,B,0,120,255,0
     .
     .
     .
```
R Studio で読み込み、ggplotでグラフの作成を試みましたがエラーが出ました。
```RStudio
>data <- read.csv("C:\Users\Name\CSV\data.csv", header=T)
>ggplot(data, aes(x=X.axis, y=Y.axis))+
+     geom_point(aes(size=freq), shape=21, colour=hsv(h,s,v,0.5),fill=hsv(h,s,v,0.5)) +
+     scale_size_area(max_size=20, guide=FALSE)+ theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1))
 hsv(h, s, v, 0.5) でエラー:  オブジェクト 'h' がありません 
```
そこで、色指定の部分をaes()で括りましたが、なにやらaes()が気に食わないようです。
```RStudio
> ggplot(data, aes(x=X.axis, y=Y.axis))+
+     geom_point(aes(size=freq), shape=21, aes(colour=hsv(h,s,v,0.5)),aes(fill=hsv(h,s,v,0.5))) +
+     scale_size_area(max_size=20, guide=FALSE)+ theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1))
 エラー: `data` must be a data frame, or other object coercible by `fortify()`, not an S3 object with class uneval
Did you accidentally pass `aes()` to the `data` argument?
Run `rlang::last_error()` to see where the error occurred.
> rlang::last_error()
<error/rlang_error>
`data` must be a data frame, or other object coercible by `fortify()`, not an S3 object with class uneval
Did you accidentally pass `aes()` to the `data` argument?
Backtrace:
 1. ggplot2::geom_point(...)
 2. ggplot2::layer(...)
 4. ggplot2:::fortify.default(data)
Run `rlang::last_trace()` to see the full context.
```
ちなみに以下のようにすると、バブルの色は全てグレーですが、グラフの描画は成功します。
```RStudio
> ggplot(child.cmp.bub, aes(x=X.axis, y=Y.axis))+
+     geom_point(aes(size=freq), shape=21, colour="darkgrey",fill="grey") +
+     scale_size_area(max_size=20, guide=FALSE)+ theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, hjust = 1))
```
よろしくお願いいたします。

Rのggplot2でデータフレーム内の変数を用いてバブルの色を指定したい

### 前提・実現したいこと

Rのggplot2で作成した散布図に、回帰式や決定係数、P値などを表記したい
対処方法などを、ご教授いただけると幸いです。

### 発生している問題・エラーメッセージ

ggpmisc　にて表記したところ、数式などの文字が以下のような状態で表記される。
正常に表記するためにはどうすれば良いか？
```
italic(y)~'='~6+0.8*~italic(x)
※画像が添付できないので状態を書き込みました
などと表記される。
表記したいのは　y= 6+0.8x
```

### 該当のソースコード

```ここに言語名を入力
library(ggplot2)
library(ggpmisc)
library(tidyverse)
windowsFonts(Cen = windowsFont("Century"))

fit <- lm(M ~ F, data = d)
new_mtcars <- cbind(d, predict(fit, interval = "prediction")) 
head(new_mtcars)
g <- ggplot(data = new_mtcars, aes(x = F, y = M))
g + geom_ribbon(aes(ymin = lwr, ymax = upr), alpha = 0.2, fill = 'green') + geom_point() +geom_smooth(method = "lm", formula = y ~ x) + stat_poly_eq(formula = y ~ x,aes(label = paste(..eq.label..,rr.label,p.value.label,"N=", nrow(d))))
```

### 試したこと

ggpmiscを読み込んだ時点で、「annotate」 がマスクされていると表示されます。
annotate:: で試してみたが、上手くいかなかった。

### 補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

R4.0.3
パッケージのアップデートは最新にしています

Rのggplot2における散布図に回帰式や決定係数、P値などを書き込みたい

R studioでstat_poly_eq()関数を用いて回帰直線の式を表示しております。
その回帰直線の式の位置がグラフの枠内部にあるため、グラフの枠外上部（余白）に配置したいです。

式の色と大きさを指定できましたが、位置も配置したい場所に置くことはできないでしょうか。
theme()の中で指定する関数が存在するのでしょうか。

aes(...,size = 3)の後にhjustを置きましたが表示されるのは枠内部までのようでした。凡例を置くような位置なのでtheme()の中でlegend.position()を試してみましたがうまく行きませんでした。

また、相関係数Rの表示をしたいと考えており、下記paste("R=",cor(x=...としていますが、出力すると=の位置がyの前に来てしまい、R=と表示されません。cor()関数をこの位置に挿入するのは間違っているのでしょうか。（データはNAを含んでいます。）



```R

g <- ggplot(data1, aes(x=data1[,1], y=data1[,2]))+
  
  #散布図
  geom_point(stat = "identity")+


#回帰直線
  geom_smooth(method = "lm",formula = y ~ x, se = FALSE,color="red",size = 0.5)+

#回帰直線の式表示
  stat_poly_eq(formula = y ~ x, 
               aes(label = paste(stat(eq.label),
                                 paste("R=", cor(x=data1[,1], y=data1[,2],use = "complete.obs"),sep=""),
                                 sep = "~~~")),
                                 color ="Red", size = 4,
                                 parse = TRUE) +
  theme_bw()+
  theme(plot.margin = unit(c(2,2,2,2),"cm"))
    
plot(g)

```