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ggplot2

ggplot2は、統計解析向けのプログラミング言語及びその開発実行環境であるR言語のグラフィック作成用のライブラリです。

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R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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ggplot2で標準誤差(SEM)を使ったエラーバーを入れたい

nifch

総合スコア28

ggplot2

ggplot2は、統計解析向けのプログラミング言語及びその開発実行環境であるR言語のグラフィック作成用のライブラリです。

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R言語は、「S言語」をオープンソースとして実装なおした、統計解析向けのプログラミング言語です。 計算がとても速くグラフィックも充実しているため、数値計算に向いています。 文法的には、統計解析部分はS言語を参考にしており、データ処理部分はSchemeの影響を受けています。 世界中の専門家が開発に関わり、日々新しい手法やアルゴリズムが追加されています。

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投稿2020/11/07 07:26

編集2020/11/07 07:28

やりたいこと,現状

ggplot2で以下のようなbeeswarm plotにSEMのエラーバーを入れたいです.
sdのエラーバーはつけられるのですが,stat_summary()を使ったsemの出し方がわかりません.
イメージ説明

データはこの様になっており,x軸にfAをとりfBによりグループ分けされています.

No fA fB score
1 x O 0.837216991
1 y O 0.025204773
1 z O 0.00754073
2 x O 0.007453169
2 y O 0.885924943
2 z O 0.308625439
3 x O 0.037804973
3 y O 0.021440267
3 z O 0.172021095
1 x P 0.398543642
1 y P 0.670812843
1 z P 0.961756129
2 x P 0.001630415
2 y P 0.310609978
2 z P 0.182114473
3 x P 0.049011967
3 y P 0.762299464
3 z P 0.968341695

簡潔に知りたいこととしては

  • stat_summary()/errorbarで各データごとのnを求めるにはどうすればいいのでしょうか?(nがわかればsd/sqrt(n)でSEMが求められると考えるからです.)

これができればいいのですが,できないならば

  • 別のデータフレームに計算したsemを格納してグラフに使う場合,layer()で重ねなければいけないのでしょうか?

データの構造的に各群の平均値ではなく,サンプルごとのデータを記したテーブルなののでsemを別に計算して列に追加...ということが難しく,別の表を作るべき?とも考えました.その際はlayer()で重ねる必要があるのでしょうか?


コードは次のとおりです.

R

1avrplot = 2 ggplot(data = data, aes(x = fA, y = score,fill = fB, color = fB))+ 3 geom_quasirandom( dodge.width = 0.7)+ 4 theme_classic()

ここに+stat_summary()か+geom_errorbarを追加して実現できるでしょうか?
ご教示頂きたいです.よろしくお願いいたします

*そもそもsemでエラーバーってのはどうなの...というご指摘はご容赦ください.私もできればsdでやりたいのですが諸事情により...

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R

1sem <- function(x) sd(x)/sqrt(length(x)) 2avrplot = 3 ggplot(data = data, aes(x = interaction(factor(fB), factor(fA)), y = score,fill = fB, color = fB))+ 4 geom_quasirandom( dodge.width = 0.7)+ 5 stat_summary(fun = "mean", fun.min = function(x)mean(x) - sem(x), fun.max = function(x)mean(x) + sem(x))+ 6 theme_classic()

投稿2020/11/07 07:56

shimiken

総合スコア368

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nifch

2020/11/07 14:46

ありがとうございます!期待したものが得られました. 追加でもう一つ伺いたいのですが,stat_summary()内のxには各グループの数値がベクトルとして与えられる という認識であっていますか?
nifch

2020/11/10 00:28

ありがとうございます!
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