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Jupyter

Jupyter (旧IPython notebook)は、Notebook形式でドキュメント作成し、プログラムの記述・実行、その実行結果を記録するツールです。メモの作成や保存、共有、確認などもブラウザ上で行うことができます。

DateTime

多くのプログラミング言語におけるDateTimeオブジェクトは、日付と時間に関する演算と出力を行います。

NumPy

NumPyはPythonのプログラミング言語の科学的と数学的なコンピューティングに関する拡張モジュールです。

Python 3.x

Python 3はPythonプログラミング言語の最新バージョンであり、2008年12月3日にリリースされました。

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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Ocean Parcels(チュートリアル)を用いた任意のnetCDFファイルの読み込みについて

ryooope

総合スコア6

Jupyter

Jupyter (旧IPython notebook)は、Notebook形式でドキュメント作成し、プログラムの記述・実行、その実行結果を記録するツールです。メモの作成や保存、共有、確認などもブラウザ上で行うことができます。

DateTime

多くのプログラミング言語におけるDateTimeオブジェクトは、日付と時間に関する演算と出力を行います。

NumPy

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Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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投稿2019/10/23 13:51

編集2019/10/23 21:03

Ocean Parcelsを用いたHYCOMデータの可視化:チュートリアル

Ocean Parcelsというライブラリを使って任意のnetCDFファイルから粒子トラックモデル(particle tracking model) を作成しているところです。

発生している問題・エラーメッセージ

そのライブラリにはチュートリアルがあり、それにそって学習していたのですが、任意のnetCDFファイルからデータを引用するところで、自分の使うnetCDFファイル(HYCOMにて入手)を用いるとでコードできなかったとの忠告がでます。下部に画像を添付していますのでご覧いただけたらありがたいです。本来ならばこの忠告が出ずに進めるはずなのですが、できません。

WARNING: File hycom_glb_911_2015010100_t000_uv3z.nc could not be decoded properly by xarray (version 0.13.0). It will be opened with no decoding. Filling values might be wrongly parsed.

該当のソースコード

filenames = {'U': "hycom_glb_911_2015*uv3z.nc", 'V': "hycom_glb_911_2015*uv3z.nc"} variables = {'U': 'water_u', 'V': 'water_v'} dimensions = {} dimensions['U'] = {'lat':'lat', 'lon':'lon', 'depth':'depth', 'time':'time'} dimensions['V'] = {'lat':'lat', 'lon':'lon', 'depth':'depth', 'time':'time'} fieldset = FieldSet.from_netcdf(filenames, variables, dimensions)

試したこと

dimensionsの数を減らしたり、変数を変えてみたりしましたができませんでした。

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

リンクを乗せさせていただきます。

Ocean Parcels ホームページ:http://oceanparcels.org/

チュートリアルのページ(上のホームページからもアクセスできます):https://nbviewer.jupyter.org/github/OceanParcels/parcels/blob/master/parcels/examples/parcels_tutorial.ipynb
問題はここの"Reading in data from arbritrary NetCDF files"というセクションになります。

データ:ftp://ftp.hycom.org/datasets/GLBu0.08/expt_91.1/data/hindcasts/2016/
このデータの終わりがut3z.ncというものが目的のものになります。

長くなりましたが、2週間ほどここで詰まってしまい何も進めない状態です。
お助けいただけたらとても嬉しいです。
失礼します。イメージ説明

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投稿2019/10/29 15:11

ryooope

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