TensorFlow をCPUで使用する際のエラーについて

 前提・実現したいこと

画像から説明文を生成する手法の「Show and Tell」をCPUで実行しようとしています。
以下の参考サイト通りに進めています。
参考記事

 発生している問題・エラーメッセージ

キャプション生成の最後の実行で、以下のエラーが出ました。
run_inference スクリプトをビルドをするところまでは、できています。

tensorflow.python.framework.errors_impl.NotFoundError: ~/test/M/models/research/im2txt/word_counts.txt; No such file or directory

 該当のソースコード

以下が、参考記事のコードです。
このtest/M/researchというのが、gitからクローンしたもともとのフォルダには存在せず、記事中ではここで初めて出てきたので、それが問題になっているのではないかと推測されます。

しかし、解決方法がわからないので、質問させていただきました。

~/test/models/research/im2txt/bazel-bin/im2txt/run_inference \
--checkpoint_path="~/test/M/models/research/im2txt/model.ckpt-2000000" \
--vocab_file="~/test/M/models/research/im2txt/word_counts.txt" \
--input_files="~/test/M/models/research/im2txt/im2txt/cat.jpg"

 試したこと1

参考記事の「トレーニング済みモデルの準備」で処理しなければならないmodel.ckpt-2000000というファイルの変更日が2016年になっていたので、再度参考記事に明記されていた以下のコードを実行して処理したところ、エラーが表示されました。

参考記事とは異なるファイル階層で、プログラムを実行したので最初の２行は、参考記事から変更しました。

OLD_CHECKPOINT_FILE = "model.ckpt-2000000"
NEW_CHECKPOINT_FILE = "model.ckpt-2000000"

import tensorflow as tf
vars_to_rename = {
    "lstm/BasicLSTMCell/Linear/Matrix": "lstm/basic_lstm_cell/weights",
    "lstm/BasicLSTMCell/Linear/Bias": "lstm/basic_lstm_cell/biases",
}
new_checkpoint_vars = {}
reader = tf.train.NewCheckpointReader(OLD_CHECKPOINT_FILE)
for old_name in reader.get_variable_to_shape_map():
  if old_name in vars_to_rename:
    new_name = vars_to_rename[old_name]
  else:
    new_name = old_name
  new_checkpoint_vars[new_name] = tf.Variable(reader.get_tensor(old_name))

init = tf.global_variables_initializer()
saver = tf.train.Saver(new_checkpoint_vars)

with tf.Session() as sess:
  sess.run(init)
  saver.save(sess, NEW_CHECKPOINT_FILE)

エラー文

$ python checkpoint_change.py
2018-11-11 14:45:58.509219: I tensorflow/core/platform/cpu_feature_guard.cc:141] Your CPU supports instructions that this TensorFlow binary was not compiled to use: AVX2 FMA
2018-11-11 14:46:17.630002: W tensorflow/core/framework/op_kernel.cc:1273] OP_REQUIRES failed at save_restore_v2_ops.cc:109 : Not found: ; No such file or directory

(略）

During handling of the above exception, another exception occurred:

Traceback (most recent call last):
  File "checkpoint_change.py", line 23, in <module>
    saver.save(sess, NEW_CHECKPOINT_FILE)
  File "/Users/username/anaconda/lib/python3.6/site-packages/tensorflow/python/training/saver.py", line 1458, in save
    raise exc
ValueError: Parent directory of model.ckpt-2000000 doesn't exist, can't save.

しかし、階層を変えて

OLD_CHECKPOINT_FILE = "test/models/research/im2txt/model.ckpt-2000000"
NEW_CHECKPOINT_FILE = "test/models/research/im2txt/model.ckpt-2000000"

にしたところ、エラーは起きず、

model.ckpt-2000000.data-00000-of-00001
model.ckpt-2000000.index
model.ckpt-2000000.meta

の３つのファイルが生成されました。

 試したこと２

参考記事の実行コマンドでは、Mフォルダがないというエラーが出ていたので、Mフォルダのないコマンドで試したところ。さらに別のエラーが出て、解決できませんでした。

$ test/models/research/im2txt/bazel-bin/im2txt/run_inference --checkpoint_path="test/models/research/im2txt/model.ckpt-2000000" --vocab_file="test/models/research/im2txt/word_counts.txt" --input_files="test/models/research/im2txt/im2txt/cat.jpg"

エラー文

NotFoundError (see above for traceback): Restoring from checkpoint failed. This is most likely due to a Variable name or other graph key that is missing from the checkpoint. Please ensure that you have not altered the graph expected based on the checkpoint. Original error:

Key lstm/basic_lstm_cell/bias not found in checkpoint
     [[node save/RestoreV2 (defined at /Users/username/Desktop/show_and_tell/test/models/research/im2txt/bazel-bin/im2txt/run_inference.runfiles/im2txt/im2txt/inference_utils/inference_wrapper_base.py:116)  = RestoreV2[dtypes=[DT_FLOAT, DT_FLOAT, DT_FLOAT, DT_FLOAT, DT_FLOAT, ..., DT_FLOAT, DT_FLOAT, DT_FLOAT, DT_FLOAT, DT_FLOAT], _device="/job:localhost/replica:0/task:0/device:CPU:0"](_arg_save/Const_0_0, save/RestoreV2/tensor_names, save/RestoreV2/shape_and_slices)]]

 補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

MacOS mojave
tensorflow                         1.12.0    
numpy                              1.15.4
Babel                              2.3.4     
Python 3.6.0 :: Anaconda 4.3.0 (x86_64)