Linuxで開発しているGitのリポジトリをWindowsにcloneできない

Question

概要

普段Linuxで開発しているGitのリポジトリをWindowsにcloneできない。

実現したいこと

Windowsで Git clone できない問題の理由を知りたい。

発生している問題・エラーメッセージ

Windowsで下記のリポジトリをクローンします。

git clone https://github.com/kojix2/ruby-htslib

すると、次のようなメッセージが出て、クローンできません。（Linux上では正常に終了します）

Cloning into 'ruby-htslib'...
remote: Enumerating objects: 16140, done.
remote: Counting objects: 100% (338/338), done.
remote: Compressing objects: 100% (118/118), done.
remote: Total 16140 (delta 276), reused 265 (delta 220), pack-reused 15802
Receiving objects: 100% (16140/16140), 1.95 MiB | 15.03 MiB/s, done.
Resolving deltas: 100% (13267/13267), done.
error: invalid path 'lib/hts/bam/aux.rb'
fatal: unable to checkout working tree
warning: Clone succeeded, but checkout failed.
You can inspect what was checked out with 'git status'
and retry with 'git restore --source=HEAD :/'

該当のソースコード

git clone https://github.com/kojix2/ruby-htslib

試したこと

こちらのサイト Windows版Gitのerror: invalid pathを解決する を参考にして、

git config --global core.protectNTFS false

とするとクローンできることがわかりました。どうやら、NTFSで問題を起こすファイルが含まれているらしく、lib/hts/bam/aux.rb がそうらしいです。

実際に、Windows10のマシンでは、該当のファイルを削除しようとしてもできないというトラブルが発生しましたので、追試される際にはご注意ください（Windows11では大丈夫でした）このように、Windowsのファイルシステムに不具合を起こすファイルが混入してしまったようですが、aux.rb は単なるテキストファイルです。何が悪いのか見当がつかないという状況です。

Windowsのトラブルに詳しい方いらっしゃいましたら、よろしくお願いします。

Answer 1

git clone が失敗する原因

① Windows では、「aux」という名前は、MS-DOSから用いられていた特別なデバイス名に該当します。
結果、Windows 上で「aux」という名前のファイル、およびファイル名のうち、拡張子を除く部分が「aux」 となっているファイルは、いったん作成してしまうと通常のパス名ではアクセスできなくなります。
（実は、ファイル名がauxのファイルの作成は簡単にできます。たとえばコマンドプロンプトで touch aux.txt とすれば、特に管理者権限なしで作成できます。ただし通常の方法では削除できなくなります（後述））

② git clone により aux.rb を作成または更新しようとしたタイミングで、①が原因でアクセス不可等により何らかの必要な処理に失敗するため、質問中のエラーが発生しているものと考えられます。

③ また、①により、Windows 上では「aux.rb」に対するエクスプローラでの削除操作や、コマンドプロンプト等での通常のパス名での削除処理ができなくなります。
（「prn」や「con」などの文字列も「aux」と同様Windows上では特別な意味を持っており、これらをファイル名に使用した場合も同じトラブルが発生します）

削除する方法

aux.rb を削除したい場合は、コマンドプロンプトに下記のように入力してENTERを押してみて下さい。

del \\.\ファイルが存在するディレクトリのフルパス\ファイル名

たとえば
C:\USERS\TESTUSER\Documents
に
aux.rb というファイルが作られていて、これを削除したいという場合は

del \\.\C:\USERS\TESTUSER\Documents\aux.rb

となります。

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HTSLIB の Windows 対応状況等については質問者さんの方でも調査済み の内容と思われますので、ここでは触れません。

Comments

[kojix2]

予想外の回答で驚きました。
まさかWindowsでauxという名前のファイルを作成すると問題が発生するとは思いにもよりませんでした。
ファイル名が原因という発想がなかったのでググっても回答にたどり着けなかったと思います。
ありがとうございました。

htslibのwindows対応状況に関しては、先ほど動かしてみて、だいたい動作することが確認できました。
細かいところまでよく見つけて頂きありがとうございます。