実現したいこと
ファイル名が長くて、処理が面倒くさいので、名前を短くしたいのですが、うまくできません。
前提
1_CCC.FCC7E_L512.r1.fastq
2_CCC.FCC7D_L513.r1.fastq
このようなファイルが200個くらいたくさんあり、
1_CCC.FCC7E_L512.r1.fastq
一括でFCC7E_L512を削除した名前を変更(CCC以下からr1前までを削除)して、new_namesというファイルに移行させたいです。
→1_CCC.r1.fastq
発生している問題・エラーメッセージ
エラーメッセージ
該当のソースコード
bash
1mkdir new_names 2for fq in *fastq; 3do 4 new_id=$(echo $fq | sed 's/_S[A-Z]; s/.r1.fastq//)←ここをどう処理すればよいか分かりません。 5 cp $fq new_names/$new_id 6done
試したこと
上記のように試しましたが、4行目をどのように処理すればいいか分かりません。
ご教授いただけませんでしょうか?
補足情報(FW/ツールのバージョンなど)
ここにより詳細な情報を記載してください。
すでに変更後のファイル名が存在する場合は上書きしていいのでしょうか?
それとも絶対にそのケースはないという想定でいいのでしょうか?
それと、2_CCC.FCC7D_L513.r1.fastqには「FCC7E_L512」の記述がないので
変換対象外という認識でよろしいですか?

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