UNUXでファイル名を短く変更したい。

Question

実現したいこと

ファイル名が長くて、処理が面倒くさいので、名前を短くしたいのですが、うまくできません。

前提

1_CCC.FCC7E_L512.r1.fastq
2_CCC.FCC7D_L513.r1.fastq

このようなファイルが２００個くらいたくさんあり、
1_CCC.FCC7E_L512.r1.fastq
一括でFCC7E_L512を削除した名前を変更(CCC以下からr1前までを削除)して、new_namesというファイルに移行させたいです。
→1_CCC.r1.fastq

発生している問題・エラーメッセージ

エラーメッセージ

該当のソースコード

mkdir new_names
for fq in *fastq;
do
    new_id=$(echo $fq | sed 's/_S[A-Z]; s/.r1.fastq//)←ここをどう処理すればよいか分かりません。
    cp $fq new_names/$new_id
done

試したこと

上記のように試しましたが、４行目をどのように処理すればいいか分かりません。
ご教授いただけませんでしょうか？

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

ここにより詳細な情報を記載してください。

Comments

[yambejp]

すでに変更後のファイル名が存在する場合は上書きしていいのでしょうか？
それとも絶対にそのケースはないという想定でいいのでしょうか?

それと、2_CCC.FCC7D_L513.r1.fastqには「FCC7E_L512」の記述がないので
変換対象外という認識でよろしいですか?

Answer 1

質問にあるsedを使うバージョンです。
どの部分が固定なのかわからないので、これでいいかどうか不明ですが。

echo $fq | sed 's/\([0-9]_[A-Z]*\)\..*\(\.r[0-9].fastq\)/\1\2/'

sedでは(他でもそうですが)、対象正規表現を()でくくると、くくったところを左から順に\1,\2という形で参照できます。 これを後方参照と言います。詳しくは検索してみてください。

Comments

[kurukuru8395]

非常に勉強になりました。UdemyでLINUX購入したのですが、この辺り全然なくて、困っていました。本当にありがとうございます！

Answer 2

ファイル名から察するにリード名(single-end か paired-end か判りませんが)かと思いますので、cut コマンドでもよいかと思います。

for fq in *fastq;
do
    new_id=$(echo $fq | cut -d. -f1,3-)
    cp $fq new_names/$new_id
done

GNU coreutils の cut コマンドであれば --complement オプションを利用する方法もあります。

for fq in *fastq;
do
    new_id=$(echo $fq | cut --complement -d. -f2)
    cp $fq new_names/$new_id
done

Comments

[kurukuru8395]

本当にありがとうございます。とても助かりました。どうやらペアエンドとかいうやつみたいなんですが、関係なくうまく出来ました！
melianさんのように上手くスクリプト書きたいのですが、どうやって勉強されているのでしょうか？
本など買っても、基本的なことしか書いてなくて困っています。
とても助かりました。

[melian]

以前、バイオインフォマティクス関連の作業をしていまして、今回と同じ様なファイル名の変更を行ったことがあったのです。勉強方法、というよりは StackOverFlow や StackExchange で同様の事例を探すなどしています。

https://stackoverflow.com/questions/tagged/bioinformatics
https://bioinformatics.stackexchange.com

現在なら ChatGPT や Google Bard などを利用してもよいかもしれません。

[kurukuru8395]

そうだったのですね。でもこんなに早く検索できず、とても助かりました！ありがとうございました。