OracleインスタンスのCPU・メモリ負荷がすぐに上がってしまう

Question

課題

Oracleにインスタンスを立てて、Nginxをインストールするために以下のコマンドを実行したところ、CPUとメモリの負荷が急激に高まり、サーバーに接続してもタイムアウトになります。
このコマンドを実行するだけでこれだけ負荷が上がってしまうと、Nginxをインストールして実際にアプリケーションを動作させるのはかなり厳しいと思うので、何が原因でこれだけ負荷が高まってしまうのか、原因が知りたいです。

実行コマンド

sudo yum update -y

インスタンス構成

OS：Oracle Linux8
Shape：VM.Standard.E2.1.Micro
OCPU count：1
Network bandwidth (Gbps)：0.48
Memory (GB)：1

コンソールモニター画像

調査

OracleCloudの無料枠で立てたインスタンスなので、スペック的な問題はあると思いますが、Youtubeで調べたところ、同じような構成でインスタンスを立てた方の動画があり、そちらはスムーズにパッケージ管理ツールのアップデートなどが進んでいました。

How to Create an Always Free Website on the Oracle Cloud

参考

OCI Compute インスタンスに Nginx をインストールする - Qiita

How to Create an Always Free Website on the Oracle Cloud

Comments

[otn]

yum updateを実行したらどうなるのでしょうか？
ちゃんと処理はされて正常にアップデートできるけど、実行中はCPUやメモリ利用が高いと言うだけのことなら、問題ないかと思います。
書きぶりからすると、OSインストール後初回のアップデートですよね？おそらく、アップデート対象も大量だと思うので、CPUもネットワークも大量に使います。

yum updateを実行したらほとんどメッセージが出ない状態でCPUだけ高く、コマンドも素十分経っても終わる気配が無いということなら問題でしょうね。

[cataoca]

otn様

コメントいただきありがとうございます。
otn様の推測通り、OSインストール後初回のアップデートです。

yum updateを実行すると、特にメッセージも出ないまま数十秒固まった後、サーバーからタイムアウトになり、そこからしばらくサーバーに接続できないと言う状況です。
今朝、アップデートが完了されているか確認するために、sudo yum historyを実行したところ、またしてもサーバーからタイムアウトになってしまったため、正常に完了しているかどうかがまだ確認できていません。
おそらく、またしてもサーバー負荷が上がったために、タイムアウトになったのだと思いますが、Authenticatorの問題で、明日の夜までOracleのコンソールにアクセスできないので、実際にサーバー負荷がどうなっているかはまだ確認できていません。

sudo yum historyを実行しただけで、サーバー負荷がそこまで上がるとしたら不可解なようには思いますが、一度サーバーを立て直したほうがよいのでしょうか...

[TaichiYanagiya]

メモリが足りないのだと思います。swap ファイルを作成してみては？

[otn]

なるほど。
> サーバーからタイムアウトになり、
クラウド上のサーバーなので、手元のPCからssh接続してコマンドを打っていて、手元PCとクラウド上のサーバーとの間でのタイムアウトということですかね？

クラウドサービスの管理画面から、仮想マシンのコンソールにアクセスすることは出来ますか？ググルと出来るようではありますが。
コンソールからOSにログインしてyumを実行してみましょう。これだと接続が切れることはないので、メッセージが見られるはずです。

コンソールからの操作が何らかの理由でできない場合は、メッセージを確認する他の方法をとります。

[cataoca]

TaichiYanagiya様

コメントいただきありがとうございます。
swapファイルを作成するためにサーバーに接続しようとしたところ、本日もタイムアウトになってしまったので、otn様の提示いただいている方法で接続できたら、swapファイルの作成も試してみようと思います。
ありがとうございます。

[cataoca]

otn様

コメントいただきありがとうございます。
otn様の推察されているように、現在はSSH経由で接続をしている状態です。
クラウドサービスの管理画面から仮想マシンのコンソールにはアクセスできそうでしたが、コンソール接続用のユーザーを作成しないと作業が進められなさそうだったので、明日再度確認して状況を連絡させていただきます。

[otn]

コンソール可能そうで良かったです。現状で、まずコンソールから実行してみてメッセージを確認しましょう。
サーバー管理画面のグラフが質問に掲載されていますが、1日分をこのサイズに圧縮したグラフだと何も読み取れません。
yumコマンド投入の直前から以降数分間のグラフだと意味のある情報になるかも知れません（ならないかも知れません）。ネットワークトラフィックや、ストレージアクセス率のグラフが表示できたらそれも（同じく数分間）。

[cataoca]

otn様

本日、仮想マシンからコンソールにアクセスができましたので、sudo yum historyコマンドを実行し、前回実行したsudo yum updateが完了しているか確認しましたが、完了していませんでした。
そのため、今回は仮想マシンからsudo yum updateを実行してみたところ、少し処理が進みましたが、途中で以下のようにエラーメッセージが出力され、キルされてしまいました。
明日、エラーメッセージの詳細を確認してみようと思いますが、取り急ぎ現況を報告させていただきました。
sudo yum update実行時の各種グラフも添付します。
sudo yum update実行時間は、14:10です。

【各種グラフ画像】
https://gyazo.com/2da045e0af71cdce683e570f94fba95c
https://gyazo.com/c2b025b6a78fc3dd778b4f4591e6b9ad
https://gyazo.com/db730de734f0af546fb32c0d182a4b68

【エラーメッセージ】
[ 2871.529099] oom-kill:constraint=CONSTRAINT_NONE,nodemask=(null),cpuset=/,mems_allowed=0,global_oom,task_memcg=/user.slice/user-1000.slice/session-4.scope,task=yum,pid=7074,uid=0
[ 2871.612319] Out of memory: Killed process 7074 (yum) total-vm:2698196kB, anon-rss:668356kB, file-rss:5536kB, shmem-rss:0kB, UID:0 pgtables:5248kB oom_score_adj:0
Killed

[otn]

Out of memoryによる監視プロセスによるKillのようなので、swapパーティションが無いのであれば、TaichiYanagiyaさんのアドバイスどおり、swapファイルを2GBくらいで作成してみましょう。
GUIなしで1GBで足りないとは思わなかったです。
他にサービスがたくさん動いているのか、アップデート量が多いからか？

効くかどうか分かりませんが、
止められるサービスを全部止めるとか、
「yun update」で全部まとめてアップデートするのでなく、「yum update パッケージ名」で、1つずつアップデートするとか。

[melian]

systemd-run が利用可能であれば、使用メモリを制限して yum update を実行してみてはどうでしょうか。(OOM-killer にプロセスを中断される代わりに ENOMEM(メモリ不足) が発生するかもしれませんけれども)

$ sudo -s
# systemd-run --scope -p MemoryMax=500M yum update

[cataoca]

otn様

現在実行しているサービス一覧は以下のようになっていますが、おそらくほとんどがデフォルトのサービスではないかと思われます。

【実行サービス一覧】
ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー
UNIT LOAD ACTIVE SUB DESCRIPTION
atd.service loaded active running Job spooling tools
auditd.service loaded active running Security Auditing Service
chronyd.service loaded active running NTP client/server
crond.service loaded active running Command Scheduler
dbus.service loaded active running D-Bus System Message Bus
dtprobed.service loaded active running DTrace USDT probe creatio>
firewalld.service loaded active running firewalld - dynamic firew>
[e-mail] loaded active running Getty on tty1
gssproxy.service loaded active running GSSAPI Proxy Daemon
irqbalance.service loaded active running irqbalance daemon
iscsid.service loaded active running Open-iSCSI
libstoragemgmt.service loaded active running libstoragemgmt plug-in se>
NetworkManager.service loaded active running Network Manager
oracle-cloud-agent-updater.service loaded active running Oracle Cloud Infrastru>
oracle-cloud-agent.service loaded active running Oracle Cloud Infrastructu>
pmcd.service loaded active running Performance Metrics Colle>
pmie.service loaded active running Performance Metrics Infer>
pmie_farm.service loaded active running pmie farm service
pmlogger.service loaded active running Performance Metrics Archi>
pmlogger_farm.service loaded active running pmlogger farm service
polkit.service loaded active running Authorization Manager
rpcbind.service loaded active running RPC Bind
rsyslog.service loaded active running System Logging Service
ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー

本日、swapパーティションを作成して動作確認するところまで行きたかったのですが、私がswapパーティションを作った経験がないこともあり、スムーズに行かず以下のようにエラーメッセージが出てしまいました。
明日、引き続き調査しようと思います。
ちなみに、現在のswapの設定を確認してみたところ、swapファイルの容量が1.9GBで作成されているようです。
【swap設定】
ーーーーーーーーーーーーーーーーーー
NAME TYPE SIZE USED PRIO
/.swapfile file 1.9G 1.9G -2
ーーーーーーーーーーーーーーーーーー

【エラーメッセージ】
ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー
mkswap: error: /dev/sda2 is mounted; will not make swapspace
ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー

また、swapについて、調べる中で以下のような記事を発見しました。
どうやら、イメージの作成時期によって、swapファイルの容量が異なっているらしく、これが今回発生した問題にも繋がっていそうです。
【参考URL】
ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー
https://blog.osakana.net/archives/14799
ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー

[cataoca]

melian様

コメントいただきありがとうございます。
使用メモリを制限して、アップデートをかける発想はありませんでした。
swapファイルの設定変更で効果がなければ、こちらの方法も試してみようと思います。
ありがとうございます。

[otn]

> おそらくほとんどがデフォルトのサービスではないかと思われます。
httpサーバーやDBサーバーを起動しているならメモリー節約のためにyum実行の際には止めた方が良いと思ったのですが、関係なさそうですね。

> NAME TYPE SIZE USED PRIO
> /.swapfile file 1.9G 1.9G -2
これは、swaponコマンドの実行結果ですね。すでに2GBのスワップファイルがあるので、
私> swapパーティションが無いのであれば、
も、関係ない話でした。swapパーティションじゃなくてswapファイルですが、効果は同じです。
念のため free -h でswapのtotalが約2GBであることを確認しておきましょう。

まずは、melianさんが書かれているようにyumの使えるメモリーを制限することで、狭い中でよしなにやってくれることに期待ですかね。これは簡単にできるので。

駄目なら次は、参照リポジトリを減らすか。
コマンドラインで、--disablerepo で指定するのでしょうが、
面倒なので、/etc/yum.repos.d/ の中味を全部一旦外に出して、1つずつ入れ替えて同時には1ファイルのみ対象にするとか。

あと、どの段階でメモリー使用量オーバーになるのかの切り分けのために、-y は付けないで
・アップデート対象のリストアップ処理
・実際のアップデート処理
を一旦区切りましょう。というか、手動起動なら -y は付けないのでは？

[cataoca]

otn様

まずは、free -hでスワップ容量の確認を行いましたが、こちらはトータルで1.9GBあることを確認しました。

【実行結果（free -h）】
ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー
total used free shared buff/cache available
Mem: 948Mi 201Mi 443Mi 1.0Mi 302Mi 600Mi
Swap: 1.9Gi 179Mi 1.7Gi
ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー

その上で、昨日の状態のまま-yをつけずに、sudo yum updateを実行してみたのですが、アップデート対象らしきものが表示されなかったため、sudo yum check-updateも実行してみたのですが、結果としてはsudo yum update実行時と同様にアップデート対象らしきものが出ないままキルされてしまいました。

【実行結果（sudo yum check-update）】
ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー
（前略）

[ 856.210912] [ 4519] 1000 4519 4195 405 77824 561 0 bash
[ 856.215628] [ 4759] 1000 4759 31865 684 294912 279 0 sudo
[ 856.220470] [ 4761] 0 4761 717904 184407 5713920 437616 0 yum
[ 856.225204] oom-kill:constraint=CONSTRAINT_NONE,nodemask=(null),cpuset=/,mems_allowed=0,global_oom,task_memcg=/user.slice/user-1000.slice/session-2.scope,task=yum,pid=4761,uid=0
[ 856.309152] Out of memory: Killed process 4761 (yum) total-vm:2871616kB, anon-rss:732424kB, file-rss:5204kB, shmem-rss:0kB, UID:0 pgtables:5580kB oom_score_adj:0
Killed
ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー

melian様に教えていただいたメモリ制限をかけた上でのyum updateも実行してみたのですが、こちらもメモリ不足でキルされてしまいました。
以下の実行結果を見ると、total-vm:2643632kBとなっているので、3GB近い仮想メモリが使用されたと言うことだと思うのですが、swap領域を1~2GB程度広げてみるという対策は安直でしょうか。

【実行結果（systemd-run --scope -p MemoryMax=500M yum update）】
ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー
（前略）

[ 3067.217756] Tasks state (memory values in pages):
[ 3067.295362] [ pid ] uid tgid total_vm rss pgtables_bytes swapents oom_score_adj name
[ 3067.300276] [ 5537] 0 5537 660908 131114 5300224 444290 0 yum
[ 3067.305083] oom-kill:constraint=CONSTRAINT_MEMCG,nodemask=(null),cpuset=/,mems_allowed=0,oom_memcg=/system.slice/run-rb2bea8f31d40435b8260d92c277bdb69.scope,task_memcg=/system.slice/run-rb2bea8f31d40435b8260d92c277bdb69.scope,task=yum,pid=5537,uid=0
[ 3067.391497] Memory cgroup out of memory: Killed process 5537 (yum) total-vm:2643632kB, anon-rss:505648kB, file-rss:18808kB, shmem-rss:0kB, UID:0 pgtables:5176kB oom_score_adj:0
Killed
ーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーーー

[otn]

> sudo yum updateを実行してみたのですが、アップデート対象らしきものが表示されなかったため、
何が表示されたのでしょうか？

[cataoca]

ont様
一部伏字にしておりますが、表示された内容としては、以下のようになっております。

[******.*******] systemd invoked oom-killer: gfp_mask=0x1100cca(GFP_HIGHUSER_MOVABLE), order=0, oom_score_adj=0
[******.*******] CPU: * PID: * Comm: systemd Not tainted 5.15.0-208.159.3.el8uek.x86_64 #2
[******.*******] Hardware name: QEMU Standard PC (i440FX + PIIX, ****), BIOS *.6.6 **/**/****
[******.*******] Call Trace:
[******.*******] <TASK>
[******.*******] dump_stack_lvl+0x46/0x69
[******.*******] dump_header+0x4a/0x1ff
[******.*******] oom_kill_process.cold+0xb/0x10
[******.*******] out_of_memory+0xed/0x345
[******.*******] __alloc_pages_slowpath.constprop.0+0x969/0xa77
[******.*******] __alloc_pages+0x336/0x349
[******.*******] pagecache_get_page+0x140/0x783
[******.*******] filemap_fault+0x311/0xf32
[******.*******] __do_fault+0x37/0x118
[******.*******] do_read_fault+0xe6/0x159
[******.*******] do_fault+0x9a/0x2df
[******.*******] __handle_mm_fault+0x3e8/0x6b1
[******.*******] handle_mm_fault+0xca/0x2b9
[******.*******] do_user_addr_fault+0x1d5/0x70c
[******.*******] exc_page_fault+0x68/0x13b
[******.*******] asm_exc_page_fault+0x22/0x27
[******.*******] RIP: 0033:0x************
[******.*******] Code: Unable to access opcode bytes at RIP 0x************.
[******.*******] RSP: 002b:00007ffc******** EFLAGS: 00010202
[******.*******] RAX: 0000000000000000 RBX: 00005*********** RCX: 0000000000000053
[******.*******] RDX: 0000000000000007 RSI: 00005*********** RDI: 00005***********
[******.*******] RBP: 00007ffc******** R08: 00005*********** R09: 00005***********
[******.*******] R10: 00005*********** R11: 00005*********** R12: 0000000000000000
[******.*******] R13: 0000000000000000 R14: 00007ffc******** R15: 00005***********
[******.*******] </TASK>
[******.*******] Mem-Info:
[******.*******] active_anon:90733 inactive_anon:94758 isolated_anon:0
[******.*******] active_file:59 inactive_file:1205 isolated_file:91
[******.*******] unevictable:3117 dirty:0 writeback:0
[******.*******] slab_reclaimable:8147 slab_unreclaimable:14265
[******.*******] mapped:2719 shmem:134 pagetables:4860 bounce:0
[******.*******] kernel_misc_reclaimable:0
[******.*******] free:11286 free_pcp:220 free_cma:0
[******.*******] Node 0 active_anon:362992kB inactive_anon:379044kB active_file:492kB inactive_file:4936kB unevictable:12468kB isolated(anon):0kB isolated(file):328kB mapped:10964kB dirty:0kB writeback:0kB shmem:536kB shmem_thp: 0kB shmem_pmdmapped: 0kB anon_thp: 0kB writeback_tmp:0kB kernel_stack:3920kB pagetables:19440kB all_unreclaimable? no
[******.*******] Node 0 DMA free:3912kB min:712kB low:888kB high:1064kB reserved_highatomic:0KB active_anon:3488kB inactive_anon:6588kB active_file:0kB inactive_file:92kB unevictable:0kB writepending:0kB present:15028kB managed:14392kB mlocked:0kB bounce:0kB free_pcp:0kB local_pcp:0kB free_cma:0kB
[******.*******] lowmem_reserve[]: 0 818 818 818 818
[******.*******] Node 0 DMA32 free:41296kB min:41608kB low:52008kB high:62408kB reserved_highatomic:0KB active_anon:359504kB inactive_anon:372456kB active_file:724kB inactive_file:5360kB unevictable:12468kB writepending:0kB present:1027952kB managed:932480kB mlocked:12468kB bounce:0kB free_pcp:424kB local_pcp:12kB free_cma:0kB
[******.*******] lowmem_reserve[]: 0 0 0 0 0
[******.*******] Node 0 DMA: 2*4kB (UE) 2*8kB (ME) 3*16kB (UME) 4*32kB (UME) 4*64kB (UME) 3*128kB (ME) 2*256kB (ME) 3*512kB (UME) 1*1024kB (E) 0*2048kB 0*4096kB = 3912kB
[******.*******] Node 0 DMA32: 205*4kB (UME) 7*8kB (UM) 228*16kB (UME) 181*32kB (UME) 96*64kB (UME) 42*128kB (UME) 33*256kB (ME) 18*512kB (UM) 2*1024kB (M) 0*2048kB 0*4096kB = 41548kB
[******.*******] Node 0 hugepages_total=0 hugepages_free=0 hugepages_surp=0 hugepages_size=1048576kB
[******.*******] Node 0 hugepages_total=0 hugepages_free=0 hugepages_surp=0 hugepages_size=2048kB
[******.*******] 4359 total pagecache pages
[******.*******] 126 pages in swap cache
[******.*******] Swap cache stats: add 16063666, delete 16063182, find 4526156/5322045
[******.*******] Free swap = 0kB
[******.*******] Total swap = 1941500kB
[******.*******] 260745 pages RAM
[******.*******] 0 pages HighMem/MovableOnly
[******.*******] 24027 pages reserved
[******.*******] 0 pages cma reserved
[******.*******] 0 pages hwpoisoned
[******.*******] Tasks state (memory values in pages):
[******.*******] [ pid ] uid tgid total_vm rss pgtables_bytes swapents oom_score_adj name
[******.*******] [ 1084] 0 1084 25116 947 212992 1023 -1000 systemd-udevd
[******.*******] [ 1487] 32 1487 16833 949 172032 192 0 rpcbind
[******.*******] [ 1489] 0 1489 32746 292 139264 228 -1000 auditd
[******.*******] [ 1491] 0 1491 12182 579 131072 116 0 sedispatch
[******.*******] [ 1518] 0 1518 13095 435 147456 102 0 dtprobed
[******.*******] [ 1533] 0 1533 274981 0 147456 101 0 dtprobed
[******.*******] [ 1538] 995 1538 2172 395 65536 42 0 lsmd
[******.*******] [ 1542] 0 1542 12597 671 143360 293 0 smartd
[******.*******] [ 1547] 81 1547 16308 865 159744 303 -900 dbus-daemon
[******.*******] [ 1549] 0 1549 79117 1354 528384 8443 0 firewalld
[******.*******] [ 1550] 0 1550 31250 417 147456 156 0 irqbalance
[******.*******] [ 1553] 0 1553 20842 1027 184320 531 0 systemd-logind
[******.*******] [ 1569] 990 1569 10903 330 126976 171 0 chronyd
[******.*******] [ 1638] 0 1638 95243 1338 372736 689 0 NetworkManager
[******.*******] [ 1649] 0 1649 101399 1193 401408 3711 0 tuned
[******.*******] [ 1659] 0 1659 26294 398 176128 175 0 gssproxy
[******.*******] [ 1745] 996 1745 403055 479 348160 2338 0 polkitd
[******.*******] [ 1816] 0 1816 21025 1232 208896 509 0 dhclient
[******.*******] [ 2125] 0 2125 19183 1182 188416 198 -1000 sshd
[******.*******] [ 2126] 0 2126 14370 3060 159744 0 -17 iscsid
[******.*******] [ 2129] 987 2129 440554 30 204800 1785 0 updater
[******.*******] [ 2135] 988 2135 459069 0 217088 2759 0 agent
[******.*******] [ 2136] 0 2136 58469 606 208896 483 0 rsyslogd
[******.*******] [ 2198] 988 2198 459315 1417 229376 1611 0 gomon
[******.*******] [ 2266] 988 2266 442218 318 208896 3204 0 oci-wlp
[******.*******] [ 2395] 989 2395 26617 879 245760 304 0 pmcd
[******.*******] [ 2399] 0 2399 26627 979 253952 229 0 pmdaroot
[******.*******] [ 2403] 0 2403 25219 766 233472 567 0 pmdaproc
[******.*******] [ 2404] 988 2404 31865 703 290816 278 0 sudo
[******.*******] [ 2406] 0 2406 24249 731 229376 215 0 pmdaxfs
[******.*******] [ 2408] 0 2408 40711 1210 344064 2056 0 python3
[******.*******] [ 2414] 0 2414 24241 884 221184 219 0 pmdakvm
[******.*******] [ 2416] 0 2416 64184 1229 401408 3701 0 python3
[******.*******] [ 2588] 0 2588 6484 534 94208 160 0 crond
[******.*******] [ 2590] 0 2590 6551 498 98304 62 0 atd
[******.*******] [ 2592] 0 2592 1747 340 61440 34 0 agetty
[******.*******] [ 2603] 986 2603 22416 900 204800 346 0 systemd
[******.*******] [ 2612] 986 2612 39722 0 315392 1422 0 (sd-pam)
[******.*******] [ 2647] 986 2647 459431 119 233472 2680 0 runcommand
[******.*******] [ 2937] 989 2937 24309 1026 229376 222 0 pmie
[******.*******] [ 2943] 989 2943 23694 448 212992 216 0 pmpause
[******.*******] [ 4491] 0 4491 31951 808 303104 265 0 login
[******.*******] [ 4510] 1000 4510 22408 1011 212992 344 0 systemd
[******.*******] [ 4512] 1000 4512 60204 0 327680 1430 0 (sd-pam)
[******.*******] [ 4519] 1000 4519 4195 405 77824 561 0 bash
[******.*******] [ 5501] 1000 5501 31865 676 290816 281 0 sudo
[******.*******] [ 5503] 0 5503 4164 404 77824 527 0 bash
[******.*******] [ 41877] 0 41877 21889 946 208896 198 0 systemd-journal
[******.*******] [ 41958] 0 41958 26207 582 245760 231 0 pmdadm
[******.*******] [ 42381] 989 42381 25418 1478 233472 770 0 pmlogger
[******.*******] [ 42421] 989 42421 23694 469 217088 216 0 pmpause
[******.*******] [ 46705] 0 46705 24967 1059 225280 253 0 pmdalinux
[******.*******] [ 46874] 0 46874 31865 681 290816 278 0 sudo
[******.*******] [ 46876] 0 46876 708878 181115 5636096 431226 0 yum
[******.*******] [ 46936] 0 46936 18593 593 172032 11 0 sshd
[******.*******] [ 46937] 0 46937 18593 408 172032 14 0 sshd
[******.*******] [ 46939] 0 46939 18593 615 172032 11 0 sshd
[******.*******] [ 46941] 0 46941 18593 671

[cataoca]

私にあまり知見がないのですが、Tasks Stateから下の行がアップデート対象なのでしょうか。

[otn]

> Tasks Stateから下の行がアップデート対象なのでしょうか。
は、稼働中のプロセスとそのプロセスの使用メモリー量の一覧ですね。

メモリー1GB＋スワップ2GBで、yumでメモリーの足りない時の対処方法は分かりませんが、
私ならすでに 2024/09/27 11:56 で書いたように、リポジトリを1づずつに絞ってやってみます。
使用メモリーを減らす意図です。解決策というよりは、メモリーを食う原因分析の一つとして。

「yum update パッケージ名」とパッケージを1つずつアップデートするのもあるかと思いましたが、これで使用メモリー量が減るかどうか分かりません。

あと、聞くの忘れてましたが、「yum list」は正常終了しますか？

[melian]

How to run a yum install on a minimal free configuration without getting "Killed"?
https://www.reddit.com/r/oraclecloud/comments/1awuj8i/how_to_run_a_yum_install_on_a_minimal_free/

> VM.Standard.E2.1.Micro, which has 1 GB of memory.

今年2月の記事ですが、Reddit に同様の問題が報告されていてサーバの構成が同じです。報告者自身が問題を解決できたのかどうかは不明ですが、以下のコメントが寄せられています。

> I had the same issue. I've deleted the 2GB swap file and added an 8GB swap file. Completely fixed it.

[otn]

なるほど。「1GB+2GBで足りないならどれだけ要るんだろうか？」が分からなかったのですが、1GB+8GBで足りるという事なら増やすのが楽ですかね。HDDならVR比9:1ならほとんど動かないと思いますが、SSDなら待てるくらいなのですかね。
しかし、yum updateでこれだけメモリーが必要と言われると厳しいですね。

> 質問者さん
ページング（物理メモリーとスワップエリアの間のデータ読み書き）多発で、速度大幅低下でCPUも上限に張り付くと思いますが、ひたすら待てば終わるということかと思います。

[cataoca]

melian様　otn様

コメントいただきありがとうございます。
まずは試しにスワップファイル容量を2GB追加して、トータル4GBでsudo yum updateを実行してみました。
結果としては、スワップ容量がトータル4GBの状態で無事アップデートが完了しました。
13:15（UTC）頃にアップデートを開始し、アップデートが完了するまで30~40分程度かかりました。
取り急ぎ、情報共有させていただきます。

[cataoca]

【アップデート対象】
audit-3.1.2-1.0.1.el8.x86_64
audit-libs-3.1.2-1.0.1.el8.x86_64
avahi-libs-0.7-27.el8_10.1.x86_64
bind-export-libs-32:9.11.36-16.el8_10.2.x86_64
bind-libs-32:9.11.36-16.el8_10.2.x86_64
bind-libs-lite-32:9.11.36-16.el8_10.2.x86_64
bind-license-32:9.11.36-16.el8_10.2.noarch
bind-utils-32:9.11.36-16.el8_10.2.x86_64
blktrace-1.2.0-11.el8_10.x86_64
bpftool-5.15.0-300.163.18.el8uek.x86_64
bubblewrap-0.4.0-2.el8_10.x86_64
ca-certificates-2024.2.69_v8.0.303-80.0.el8_10.noarch
chkconfig-1.19.2-1.0.2.el8.x86_64
chrony-4.5-1.0.2.el8.x86_64
clang-libs-17.0.6-1.0.1.module+el8.10.0+90411+e344f03e.x86_64
clang-resource-filesystem-17.0.6-1.0.1.module+el8.10.0+90411+e344f03e.noarch
cloud-init-23.4-7.0.1.el8_10.8.noarch
compiler-rt-17.0.6-1.module+el8.10.0+90411+e344f03e.x86_64
curl-7.61.1-34.el8_10.2.x86_64
emacs-filesystem-1:26.1-12.el8_10.noarch
expat-2.2.5-15.0.1.el8_10.x86_64
findutils-1:4.6.0-23.el8_10.x86_64
firewalld-0.9.11-9.0.1.el8_10.noarch
firewalld-filesystem-0.9.11-9.0.1.el8_10.noarch
glibc-2.28-251.0.2.el8_10.5.x86_64
glibc-common-2.28-251.0.2.el8_10.5.x86_64
glibc-devel-2.28-251.0.2.el8_10.5.x86_64
glibc-gconv-extra-2.28-251.0.2.el8_10.5.x86_64
glibc-headers-2.28-251.0.2.el8_10.5.x86_64
glibc-langpack-en-2.28-251.0.2.el8_10.5.x86_64
grubby-8.40-49.0.2.el8.x86_64
initscripts-10.00.18-1.0.2.el8.x86_64
iproute-6.8.0-2.el8_10.x86_64
iproute-tc-6.8.0-2.el8_10.x86_64
iwl100-firmware-999:39.31.5.1-999.34.el8.noarch
iwl1000-firmware-999:39.31.5.1-999.34.el8.noarch
iwl105-firmware-999:18.168.6.1-999.34.el8.noarch
iwl135-firmware-999:18.168.6.1-999.34.el8.noarch
iwl2000-firmware-999:18.168.6.1-999.34.el8.noarch
iwl2030-firmware-999:18.168.6.1-999.34.el8.noarch
iwl3160-firmware-999:25.30.13.0-999.34.el8.noarch
iwl5000-firmware-999:8.83.5.1_1-999.34.el8.noarch
iwl5150-firmware-999:8.24.2.2-999.34.el8.noarch
iwl6000-firmware-999:9.221.4.1-999.34.el8.noarch
iwl6000g2a-firmware-999:18.168.6.1-999.34.el8.noarch
iwl6050-firmware-999:41.28.5.1-999.34.el8.noarch
iwl7260-firmware-999:25.30.13.0-999.34.el8.noarch
iwlax2xx-firmware-999:20240715-999.34.el8.noarch
jose-10-2.el8_10.3.x86_64
kernel-headers-4.18.0-553.22.1.el8_10.x86_64
kernel-tools-4.18.0-553.22.1.el8_10.x86_64
kernel-tools-libs-4.18.0-553.22.1.el8_10.x86_64
kexec-tools-2.0.28-1.0.6.el8_10.x86_64
keyutils-1.5.10-9.0.1.el8.x86_64
keyutils-libs-1.5.10-9.0.1.el8.x86_64
keyutils-libs-devel-1.5.10-9.0.1.el8.x86_64
krb5-devel-1.18.2-29.0.1.el8_10.x86_64
krb5-libs-1.18.2-29.0.1.el8_10.x86_64
libX11-1.6.8-9.el8_10.x86_64
libX11-common-1.6.8-9.el8_10.noarch
libcurl-7.61.1-34.el8_10.2.x86_64
libdnf-0.63.0-20.0.1.el8_10.x86_64
libipa_hbac-2.9.4-4.0.1.el8_10.x86_64
libjose-10-2.el8_10.3.x86_64
libkadm5-1.18.2-29.0.1.el8_10.x86_64
libldb-2.8.0-1.el8_10.x86_64
libndp-1.7-7.el8_10.x86_64
libnfsidmap-1:2.3.3-59.0.2.el8.x86_64
libomp-17.0.6-1.module+el8.10.0+90411+e344f03e.x86_64
libomp-devel-17.0.6-1.module+el8.10.0+90411+e344f03e.x86_64
libsmbclient-4.19.4-5.0.1.el8_10.x86_64
libsss_autofs-2.9.4-4.0.1.el8_10.x86_64
libsss_certmap-2.9.4-4.0.1.el8_10.x86_64
libsss_idmap-2.9.4-4.0.1.el8_10.x86_64
libsss_nss_idmap-2.9.4-4.0.1.el8_10.x86_64
libsss_sudo-2.9.4-4.0.1.el8_10.x86_64
libuser-0.62-26.el8_10.x86_64
libwbclient-4.19.4-5.0.1.el8_10.x86_64
linux-firmware-999:20240715-999.34.git4c8fb21e.el8.noarch
linux-firmware-core-999:20240715-999.34.git4c8fb21e.el8.noarch
llvm-libs-17.0.6-3.0.1.module+el8.10.0+90411+e344f03e.x86_64
mdadm-4.2-14.0.4.el8_10.x86_64
nano-2.9.8-3.el8_10.x86_64
network-scripts-10.00.18-1.0.2.el8.x86_64
nfs-utils-1:2.3.3-59.0.2.el8.x86_64
nss-3.101.0-7.el8_8.x86_64
nss-softokn-3.101.0-7.el8_8.x86_64
nss-softokn-freebl-3.101.0-7.el8_8.x86_64
nss-sysinit-3.101.0-7.el8_8.x86_64
nss-util-3.101.0-7.el8_8.x86_64
oci-utils-0.14.0-6.el8.noarch
openssh-8.0p1-25.0.1.el8_10.x86_64
openssh-clients-8.0p1-25.0.1.el8_10.x86_64
openssh-server-8.0p1-25.0.1.el8_10.x86_64
pcp-5.3.7-22.0.1.el8_10.x86_64
pcp-conf-5.3.7-22.0.1.el8_10.x86_64
pcp-doc-5.3.7-22.0.1.el8_10.noarch
pcp-libs-5.3.7-22.0.1.el8_10.x86_64
pcp-pmda-dm-5.3.7-22.0.1.el8_10.x86_64
pcp-pmda-nfsclient-5.3.7-22.0.1.el8_10.x86_64
pcp-pmda-openmetrics-5.3.7-22.0.1.el8_10.x86_64
pcp-selinux-5.3.7-22.0.1.el8_10.x86_64
pcp-system-tools-5.3.7-22.0.1.el8_10.x86_64
pcp-zeroconf-5.3.7-22.0.1.el8_10.x86_64
perf-4.18.0-553.22.1.el8_10.x86_64
platform-python-3.6.8-67.0.1.el8_10.x86_64
platform-python-setuptools-39.2.0-8.el8_10.noarch
python3-audit-3.1.2-1.0.1.el8.x86_64
python3-bind-32:9.11.36-16.el8_10.2.noarch
python3-dnf-plugin-ulninfo-0.3-3.module+el8.10.0+90380+96a02ce9.noarch
python3-firewall-0.9.11-9.0.1.el8_10.noarch
python3-hawkey-0.63.0-20.0.1.el8_10.x86_64
python3-libdnf-0.63.0-20.0.1.el8_10.x86_64
python3-libs-3.6.8-67.0.1.el8_10.x86_64
python3-pcp-5.3.7-22.0.1.el8_10.x86_64
python3-perf-4.18.0-553.22.1.el8_10.x86_64
python3-setuptools-39.2.0-8.el8_10.noarch
python3-setuptools-wheel-39.2.0-8.el8_10.noarch
python3-sssdconfig-2.9.4-4.0.1.el8_10.noarch
python3-urllib3-1.24.2-8.el8_10.noarch
python36-oci-sdk-2.135.0-1.el8

【CPU・メモリ負荷グラフ】
https://gyazo.com/f9a84e8567095d54cbc7c676fa87a7be

Answer 1

無事、yumのアップデートが完了しましたので、こちらの質問をクローズしたいと思います。
回答いただいた皆様、誠にありがとうございました。