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Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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AttributeErrorの解決(ネットワーク上でのSIRモデル実行中)

SK_

総合スコア8

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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投稿2022/11/25 06:58

前提

Pythonを用いたネットワーク上でのSIRモデルを作成していました.
後述の"society.py"および"epidemics.py"については特にエラーは出なかったのですが,最後の"main.py"で以下のエラーが発生しました.
自分の考えではmodule 'society' に,属性 'generate_agents'は対応しているように思えるのですが,改善方法が分かりません.

実現したいこと

・エラーの解決
・プログラムが正常に作動するようにしたい

発生している問題・エラーメッセージ

AttributeError: module 'society' has no attribute 'generate_agents'

該当のソースコード1

society.py

1import networkx as nx 2 3class Agent: 4 """ 5 state = ['S', 'I', 'R'] 6 """ 7 def __init__(self): 8 self.state = 'S' 9 self.neighbors_id = None 10 11 12 def generate_agents(num_agent, average_degree): 13 network = nx.barabashi_albert_graph(num_agent, average_degree//2) 14 agents = [Agent() for agent_id in range(num_agent)] #エージェントのリスト 15 16 for agent_id, agent in enumurate(agents): 17 agent.nebghbors_id = list(network[agent_id]) 18 return agents 19 20 21 def count_state_fraction(agents): 22 """ 23 各状態のエージェントの割合 24 """ 25 fs = len([agent for agent in agents if agent.state == 'S'])/len(agents) 26 fi = len([agent for agent in agents if agent.state == 'I'])/len(agents) 27 fr = 1 - fs -fi 28 return fs, fi, fr 29 30 31 def count_num_i(agents): 32 """ 33 感染状態のエージェントの数 34 """ 35 num_i = len([agent for agent in agents if agent.state == 'I']) 36 return num_i

該当のソースコード2

epidemics.py

1import random as rnd 2import society 3 4def initialize_state(agents, num_initial_infected_agents=1): 5 """ 6 初期保有者をランダムに決定 7 """ 8 initial_infected_agent_id = rnd.sample(k = num_initial_infected_agent) 9 10 for i, agent in enumurate(agents): 11 if i in initial_infected_agent_id: 12 agent.state = 'I' 13 else: 14 agent.state = 'S' 15 16 17def disease_spreading(agents, beta, gammma): 18 """ 19 拡散ダイナミクス 20 """ 21 for time in range(1, 10000): 22 state_changeable_agents = [agent for agent in agents if agent.state in ['S', 'I']] 23 next_states = ['S' for i in range(len(state_changeable_agents))] 24 25 for i, agent in enumurate(state_changeable_agents): 26 if agent.state == 'S': 27 num_infected_neighbors = len([agents[agent_id] for agent_id in agent.neighbors_id if agents[agent_id].state == 'I']) 28 if rnd.random() <= beta*num_infected_neighbors: 29 next_states[i] = 'I' 30 else: 31 pass 32 33 elif agent.state == 'I': 34 if rnd.random() <= gammma: 35 next_states[i] = 'R' 36 else: 37 next_states[i] = 'I' 38 39 # 状態の更新 40 for agent, next_state in zip(state_changeable_agents, next_states): 41 agent.states = next_state 42 43 fs, fi, fr = society.count_state_fraction(agents) 44 num_i = society.count_num_i(state_changeable_agents) 45 print(f'Time:{time}, Fs:{fs:2f}, Fi:{fi:2f}, Fr:{fr:.2f}') 46 47 if num_i == 0: 48 print('spreading finished') 49 break 50 return fs, fi, fr

該当のソースコード3

main.py

1import numpy as np 2import pandas as pd 3import random as rnd 4import society 5import epidemics 6 7def main(): 8 ### Calcualtion setting ### 9 num_agent = 10000 # エージェントの総数 10 average_degree = 8 # 平均次数 11 beta = 0.14 # 感染率 12 gamma = 0.33 # 回復率 13 max_season = 1000 14 num_initial_infected_agents = 1 15 16 agents = society.generate_agents(num_agent, average_degree) 17 result = pd.DataFrame({'FES':[]}) 18 fes_hist = [] 19 20 for season in range(1, max_season+1): 21 fs, fim, fi, fr = epidemics.disease_spreading(agents, beta, gamma) 22 fes_hist.append(fr) 23 24 new_result = pd.DataFrame([fes_eq], columns = ['FES']) 25 result = result.append(new_result) 26 print(f'Season finished with FES: {fes_eq:.2f}') 27 28 result.to_csv(f'result.csv') 29 30 31 32if __name__=='__main__': 33 main()

試したこと

単純なスペルミスの確認
プロパティの確認
他のウェブサイトの調査

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

プログラムを作成するうえで参考にしたウェブサイト
https://qiita.com/Keyskey/items/8e0d7a67b222a7866154
ゲーム理論についての要素を省き,単純なSIRモデルとして動かしてみたいと考えています.

jupyter notebook

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回答1

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ベストアンサー

ソース内容把握していませんが、パッとみるかぎり
generate_agents関数およびそれ以降がすべてAgentクラスのメソッドとなっているのが誤り、
すなわちgenerate_agents関数以降のインデントをひとつあげるべきかと思います。
(参考サイトのソースもそうなっています)

投稿2022/11/25 07:05

編集2022/11/25 07:10
can110

総合スコア38266

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SK_

2022/11/25 08:53 編集

早急なコメントありがとうございます. 頂いたアドバイスを試してみたところ投稿のエラーは解決できました. クラスについての理解が足りてないので勉強してみようと思います. 重ねてお礼を申し上げます. (見落としていました,お恥ずかしい限りです)
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