質問のポイントがよくわかりませんので、ばらばらと、あれこれ書いてみます。
例えば、ログイン状態を維持できるサイトにスクレイピングしたい場合、Chromeログインしたほうが入力の手間が省けて楽だと思います。
ログイン処理は数行で書けると思いますが、それを書くのが面倒なので、省きたいと言うことなのでしょうか?
画像選択のような「私は人間です」的なログイン処理が必要なサイトであれば、そもそもプログラムによるアクセスをして欲しくないと言うことでしょう。そうじゃなくてinputタグにIDとパスワードを入れるだけなら、ログイン処理は簡単でしょうね。
あるいは、サイトにログイン済みのプロファイルを指定してChromeを起動するという方法も、このサイトで何度か出ているので、その辺を参考にするのも良いかもしれません。
でも、スクレイピングの痕跡(?)みたいなのは残ったりしやすいのか?とか、
Chromeログインしようがしまいが、相手のサイトには「プログラムで制御されたChromeからのアクセスである」旨は伝わるので、同じだと思います。
セキュリティ的に何か問題があるのでは?とか思っています。
「セキュリティー的な問題」とは何のことでしょうか?
上に書いたように、相手サイトが自動処理を嫌っているのであれば、しちゃだめです。
あるいは、「あなたのアカウント名やパスワードが他サイトに漏れるか?」という観点であれば、自動処理は手動でやっていることを自動化しているだけなので、手動の時と同じでしょう。