venv内においてpythonのバージョンを3.9から3.12や3.13にするとModuleNotFoundError: No module named 'requests'

実現したいこと

CentOS Stream９、Flask＋Nginx＋uWSGIの環境下でvenvを作っているのですが、venv内のpythonのバージョンを3.9から3.13に上げたいです。

発生している問題・分からないこと

以下のようにバージョンを上げると、ModuleNotFoundError: No module named 'requests'が出ています。pip freezeでインストールされているライブラリを見ても、既にインストール済み。pip install requestsを行っても、当然、「既に入っています」とメッセージが出ます。なぜかvenv内のライブラリを全て読み込めていないようです。

①python -m venv venv --clear（venvのバージョン固定を外す）
②rm -rf venv（venvの削除)
③python3.13 -m venv venv(venvの再作成)
④source ./venv/bin/activate（venvの有効化）
⑤pip install -r requirements.txt（パッケージの再インストール）

python3.12とpython3.13のバージョンアップを試しましたが、同様のエラーが出ています。
上記と全く同じ方法でpython3.9に戻すとエラーがなく通常通り運用を行えています。

エラーメッセージ

error
1ModuleNotFoundError: No module named 'requests'

該当のソースコード

特になし

試したこと・調べたこと

teratailやGoogle等で検索した
ソースコードを自分なりに変更した
知人に聞いた
その他

上記の詳細・結果

①python -m venv venv --upgradeでpythonのバージョンアップを試みた→バージョン固定のため、変化せず。

②AlternativesにPythonのバージョン管理
sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.13 1
sudo update-alternatives --install /usr/bin/python python /usr/bin/python3.12 2

update-alternatives --display python（リストの表示）
sudo update-alternatives --config python（新しいバージョンへのシンボリックリンクの設定）
→バージョン固定のため変化せず

２~３日いろいろ調べて、ようやくバージョンアップが出来たのは、venvをクリアしてvenvを作り直した方法だけでした。バージョンアップしたのはいいですが、アプリケーションサーバーを再起動すると、インターナルサーバーエラーでサーバーが止まってしまいます。どうしてよいのか分からず途方に暮れています。どうか、ご教授ください。