for分使うのがオートゾックスだと思いますが、内包表記を使うとシンプルに書けそうですね。

sample = [2, 100, 3, 4, 650, 20]
result1 = [x for x in sample if x >= 100] # 100以上の値の入ったリストを返す
result2 = ["Over 100" for x in sample if x >= 100] # 100以上の値は"Over 100"という文字列に置き換える。

 参考資料

内包表記 - Dive Into Python3

mapとfilterがあります。

100以上を返す

a = [1,99,100,101]
print(list(filter(lambda x: x>=100,a)))

100より小さいものを置換 (例:1000に置換)

a = [1,99,100,101]
print(list(map(lambda x: x if x>=100 else 1000,a)))

numpyを使うと簡単です。

>>> import numpy as np
>>> my_array = np.array([102, 101, 54, 72, 103])
>>> print(my_array[my_array >= 100])
array([102, 101, 103])

なお、リストからnumpy.arrayへの変換も、次のように簡単です。

my_array = np.array(my_list)

リスト内包表記でできます。

src = [1,100,200,3]

# 100以下の数値は一括して削除

# map, reduce, filterによるシーケンス操作
# http://python.civic-apps.com/map-reduce-filter/

dst = [x for x in src if x >= 100]
print(dst) # [100, 200]


# もしくは他の数値や文字列に一括して変更

# Python のリスト内包表記に、if ～ だけでなく、else ～ を付ける方法
# http://qiita.com/HirofumiYashima/items/0e5fcebd083bae1a78a2

dst = [x if x >= 100 else 'err' for x in src]
print(dst) # ['err', 100, 200, 'err']


# 100以上の数値の数を返す

cnt = len([x for x in src if x >= 100])
print(cnt) # 2

# でもよいがリスト生成するのも無駄なので愚直に以下でもよい

def countGe100(l):
    cnt = 0
    for x in l:
        if x >= 100:
            cnt = cnt + 1
    return cnt

cnt = countGe100(src)
print(cnt) # 2