3次元散布図のアニメーションプロット

###前提・実現したいこと
Pythonで三次元散布図でのアニメーションを実装中に以下のエラーメッセージが発生しました。

###発生している問題・エラーメッセージ
Traceback (most recent call last):
File "C:\Python27\lib\site-packages\matplotlib\backends\backend_qt5.py", line 427, in idle_draw
self.draw()
File "C:\Python27\lib\site-packages\matplotlib\backends\backend_qt5agg.py", line 148, in draw
FigureCanvasAgg.draw(self)
File "C:\Python27\lib\site-packages\matplotlib\backends\backend_agg.py", line 469, in draw
self.figure.draw(self.renderer)
File "C:\Python27\lib\site-packages\matplotlib\artist.py", line 59, in draw_wrapper
draw(artist, renderer, *args, **kwargs)
File "C:\Python27\lib\site-packages\matplotlib\figure.py", line 1085, in draw
func(*args)
File "C:\Python27\lib\site-packages\mpl_toolkits\mplot3d\axes3d.py", line 276, in draw
Axes.draw(self, renderer)
File "C:\Python27\lib\site-packages\matplotlib\artist.py", line 59, in draw_wrapper
draw(artist, renderer, *args, **kwargs)
File "C:\Python27\lib\site-packages\matplotlib\axes_base.py", line 2110, in draw
a.draw(renderer)
File "C:\Python27\lib\site-packages\mpl_toolkits\mplot3d\art3d.py", line 125, in draw
xs, ys, zs = proj3d.proj_transform(xs3d, ys3d, zs3d, renderer.M)
File "C:\Python27\lib\site-packages\mpl_toolkits\mplot3d\proj3d.py", line 199, in proj_transform
return proj_transform_vec(vec, M)
File "C:\Python27\lib\site-packages\mpl_toolkits\mplot3d\proj3d.py", line 158, in proj_transform_vec
vecw = np.dot(M, vec)
TypeError: Cannot cast array data from dtype('float64') to dtype('S32') according to the rule 'safe'

###該当のソースコード
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import matplotlib.pyplot as plt
import matplotlib.animation as animation

fig=plt.figure()
ax = Axes3D(fig)

def animate(i):
graph_data= open('example.txt','r').read()
lines = graph_data.split('\n')
xs=[]
ys=[]
zs=[]
for line in lines:
if len(line)>1:
x,y,z= line.split(',')
xs.append(x)
ys.append(y)
zs.append(z)
ax.cla()
ax.plot(xs,ys,zs,"o", color="#cccccc", ms=4, mew=0.5)

ani =animation.FuncAnimation(fig, animate, interval=1000)
plt.show()

###試したこと
色々試した結果、x軸とy軸は対応した数字になりました。しかし、プロットは出ません。
z軸に関しては-0.06~0.06という特に指定してもいないのに座標が示されています。

###補足情報
Python2.7 spyder Python(x,y)インストール済み

example.txtには
1,5,6
2,3,2
3,4,4
と入れてあります。

行動規範の内容に同意します

回答2件

ベストアンサー

まず、FuncAnimationで指定されたanimate関数は、一定間隔で呼び出されます。
よって、この関数内では、すでに描画済みのデータ＋新たに描画したい点を追加する処理が必要です。
また、Axes3Dグラフにおいては、軸の設定は毎回行わないといけないようです。（原因は未調査）

以下は、らせん状に点をプロットする例です。

Python
1from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D 
2import matplotlib.pyplot as plt 
3import matplotlib.animation as animation
4import math
5
6fig=plt.figure() 
7ax = Axes3D(fig)
8
9x,y,z = [],[],[] # 描画データはグローバルに保持
10
11def animate(i): 
12    print(i) # 0,1,2...
13
14    # 軸の設定（毎回行う必要ある？）
15    ax.cla() 
16    ax.set_xlim(-20, 20)
17    ax.set_ylim(-20, 20)
18    ax.set_zlim(0, 50) 
19
20    # 描画データを追加 螺旋状に
21    x.append(math.cos(i/2.0)*10)
22    y.append(math.sin(i/2.0)*10)
23    z.append(i)
24
25    # 描画
26    ax.plot( x, y, z,"o", color="#cccccc")
27
28# １秒毎に描画
29ani =animation.FuncAnimation(fig, animate, interval=1000) 
30plt.show()

投稿2017/04/24 14:23

can110

総合スコア38254

Penefax

2017/04/25 01:02

ありがとうございますこのコードを軸にcsvやtxtなどのテキストファイルを読み込んで表示させることは出来ないのでしょうか？

can110

2017/04/25 01:45

ざっとした流れですが - 最初「x,y,z = [],[],[]」の直下あたりで全データ読込。 - animate(i):の中で、読込データの先頭から順番に（＝i番目を）x,y,zにappend で、できます。

行動規範の内容に同意します

やろうとしていることは、こんな感じでしょうか？

出来るだけ質問に提示していただいたコードを真似て記述しております。

Python
1from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
2import matplotlib.pyplot as plt
3import matplotlib.animation as animation
4
5# ファイル読み込み部を分離
6with open('example.txt','r') as f:
7    graph_data = f.read()
8    xs=[]
9    ys=[]
10    zs=[]
11    for line in graph_data.splitlines():
12        if line:
13            x,y,z = line.split(',')
14            xs.append(float(x))
15            ys.append(float(y))
16            zs.append(float(z))
17
18def animate(i, line):
19    line.set_data(xs[:i],ys[:i])
20    line.set_3d_properties(zs[:i])
21    return line
22
23fig=plt.figure()
24ax = Axes3D(fig)
25ax.cla()
26ln, = ax.plot([],[],[],"o", color="#cccccc", ms=4, mew=0.5)
27ax.set_xlim(min(xs)-1,max(xs)+1)
28ax.set_ylim(min(ys)-1,max(ys)+1)
29ax.set_zlim(min(zs)-1,max(zs)+1)
30ani = animation.FuncAnimation(fig, animate, len(xs)+1, fargs=(ln,), interval=1000)
31plt.show()