ファイルを読み込み、別のファイルに出力するプログラムでコアダンプになってしまいます【C言語】

Question

前提・実現したいこと

ファイルを読み込み、その数に応じて計算し、他のファイルに出力するプログラムを作りましたが、コアダンプになってしまいます。どこがまちがっているかご教授いただければ幸いです。

発生している問題・エラーメッセージ

Segmentation fault (コアダンプ)

該当のソースコード

#include<stdio.h>
#include<string.h>
#include<stdlib.h>

void get_hydroseq(char b[],int s,int len,double h[])
{
	int i,j;
	double total=0.0;
	for(i=0;i<len;i++){
		total=0.0;
		for(j=i-((s-1)/2);j<=i+((s-1)/2);j++){
			if(b[j]=='I'){
				total=total+4.5;
			}else if(b[j]=='V'){
				total=total+4.2;
			}else if(b[j]=='L'){
				total=total+3.8;
			}else if(b[j]=='F'){
				total=total+2.8;
			}else if(b[j]=='C'){
				total=total+2.5;
			}else if(b[j]=='M'){
				total=total+1.9;
			}else if(b[j]=='A'){
				total=total+1.8;
			}else if(b[j]=='G'){
				total=total-0.4;
			}else if(b[j]=='T'){
				total=total-0.7;
			}else if(b[j]=='W'){
				total=total-0.9;
			}else if(b[j]=='S'){
				total=total-0.8;
			}else if(b[j]=='Y'){
				total=total-1.3;
			}else if(b[j]=='P'){
				total=total-1.6;
			}else if(b[j]=='H'){
				total=total-3.2;
			}else if(b[j]=='E'){
				total=total-3.5;
			}else if(b[j]=='Q'){
				total=total-3.5;
			}else if(b[j]=='D'){
				total=total-3.5;
			}else if(b[j]=='N'){
				total=total-3.5;
			}else if(b[j]=='K'){
				total=total-3.9;
			}else if(b[j]=='R'){
				total=total-4.5;
			}
		}
		h[i]=total;
	}
}

int main(int argc,char *argv[])
{
	FILE *rfp,*wfp;
	char buf[256]="";
	char x[256]="";
	int i,j,span;
	double hydroseq[256];
	
	span=atoi(argv[3]);
	
	if(argc!=4){
		printf("Error.\n");
		return 0;
	}
	
	if((rfp=fopen(argv[1],"r"))==NULL){
		printf("File not found.\n");
		return 0;
	}
	
	if((wfp=fopen(argv[2],"w"))==NULL){
		printf("File not found.\n");
	}
	
	if(span%2==0){
		printf("Error.\n");
		return 0;
	}
	
	while(fscanf(rfp,"%s",x)!=EOF){
		if(x[0]!='>'){
			strcat(buf,x);
		}else{
			for(i=1;i<strlen(x);i++){
			fprintf(wfp,"%c",x[i]);
			}
			fprintf(wfp,":");
		}
	}
	
	fprintf(wfp,"%d\n",strlen(buf));
	
	get_hydroseq(buf,span,strlen(buf),hydroseq);
	
	for(j=0;j<strlen(buf);j++){
		fprintf(wfp,"%c %.1f\n",buf[j],hydroseq[j]);
	}
	
	fclose(rfp);
	fclose(wfp);
	
	return 0;
}

試したこと

ここに問題に対して試したことを記載してください。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

ここにより詳細な情報を記載してください。

Comments

[jimbe]

コードはマークダウン記法を用いてご提示ください。
マークダウンに付きましてはヘルプを御覧ください。

処理単位毎にコメントにする等して、どこまで動いているか、どこでコアダンプするか調べてみてはいかがでしょうか。

[tatsu99]

ファイルの内容はどのようになってますか。

[creephyp_08]

>1MBNA:MYOGLOBIN
VLSEGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRFKHLKTEAEMKASED
LKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAELKPLAQSHATKHKIPIKYLEFISEAIIHVLHSRHP
GDFGADAQGAMNKALELFRKDIAAKYKELGYQG

アミノ酸配列のハイドロパシー指数を計算し、タンパク質の内外予想をする、というプログラムです。
出力先のファイルは空っぽです。よろしくお願いいたします。

[melian]

そのソースコードを hydropathy.c としてコンパイル(ワーニングが出ますが）、 ./hydropathy acid.fasta result.dat 5 を実行すると、 result.dat に結果が出力されています。そちらで指定した span の値は何でしょうか？

[退会済みユーザー]

C# のタグは外してください。質問内容と関係ないタグはつけないでください。

[tatsu99]

span=1,3,5,7 で実行すると、出力用ファイルに結果が出力されています。
あなたは、spanをいくつにして実行されましたか。

[kazuma-s]

span=atoi(argv[3]); は if(argc!=4){ printf("Error.\n"); return 0; } の後にあるべきでしょう。

Answer 1

        if(x[0]!='>'){
            strcat(buf,x);
        }else{

buf は２５６バイトしかないので、追記して行くとすぐオーバーしそうですが。

Answer 2

以下の部分で、b[](char 配列) のインデックス j の値がマイナスになったり、b[] のサイズ(len)以上になってしまいます。つまり、配列に対する範囲外アクセスが発生しています。

void get_hydroseq(char b[],int s,int len,double h[])
{
    int i,j;
    double total=0.0;
    for(i=0;i<len;i++){
        total=0.0;
        for(j=i-((s-1)/2);j<=i+((s-1)/2);j++){
           if(b[j]=='I'){
                       :

なので、範囲外の場合は範囲内に収まるように調整します。また、if 文がかなり長いと思われますのでハイドロパシー指数を配列化します。

double hydro_index['Y' - 'A' + 1] = {
  // 'A',  '',  'C',  'D',  'E',  'F',  'G',  'H',  'I',  ''
     1.8, 0.0,  2.5, -3.5, -3.5,  2.8, -0.4, -3.2,  4.5,  0.0,
  // 'K', 'L',  'M',  'N',   '',  'P',  'Q',  'R',  'S',  'T'
    -3.9, 3.8,  1.9, -3.5,  0.0, -1.6, -3.5, -4.5, -0.8, -0.7,
  //  '', 'V',  'W',   '',  'Y'
     0.0, 4.2, -0.9,  0.0, -1.3
};

void get_hydroseq(char b[],int s,int len,double h[])
{
  int i, j, begin, end;
  int half_span = (s-1)/2;
  double total = 0.0;
  for(i=0;i<len;i++){
    total = 0.0;
    begin = i - half_span;
    if (begin < 0) begin = 0;
    end = i + half_span;
    if (end >= len) end = len - 1;
    for(j=begin;j<=end;j++){
      total += hydro_index[b[j]-'A'];
    }
    h[i] = total;
  }
}