2つの別のファイルから辞書型を作るにはどうすればいいでしょうか？

Question

前提・実現したいこと

2つの別のファイルから辞書型を作りたいです。
例えば、
file1 = (ID1 ,ID2, ID3)
file2 = (AAA,BBB,CCC)
という2つの別ファイルがあったとき、
辞書型を作成して
ID1:AAA
ID2:BBB
ID3:CCC
のような出力結果を得たいです。

該当のソースコード

f = open('file','r')

for i in f:
     if ">" in i:
             print(i[4:10])　#これがfile1です

for line in f:
       if '>' not  in line:
                print(line)　#これがfile2です

試したこと

文字列を辞書型にするために、文字列をリスト型に変換して、
辞書型に変換しようとしましたがエラーが表示されてしまいます。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど)

Visual Studio Codeを使っています。

Comments

[ozwk]

「2つのファイル」とありますが、コードは'file'の1つだけです。どういうことでしょうか?

[etherbeg]

> エラーが表示されてしまいます

実際に使用したコードとエラーの全文を質問文中に記載してください。

[退会済みユーザー]

> 例えば、
> file1 = (ID1 ,ID2, ID3)
> file2 = (AAA,BBB,CCC)
> という2つの別ファイルがあったとき、

という4行ですが、なんだろう、文学的といいますか、とても不穏な気持ちにさせられます。ディストピア小説の書き出しを読むようでワクワクしてしまいます。期待しています。

[ppaul]

不穏な気持ち ≒ ワクワク なのですか。面白い感性ですね。

[退会済みユーザー]

@ozak 様
fileというのはおおもとのfileでしてこのfileから抽出したデータをfile1、file2に格納してこの格納したデータがfile1、file2です。言葉足らずで申し訳ございません。

＠etherbag様
import re

f = open('uniprot_sprot.fasta','r')

for i in f:
if ">" in i:
q = (list(i[4:10]))

for line in f:
if '>' not in line:
p = (list(line))

print(dict(zip(q,p)))

と実行した時、
print(dict(zip(q,p)))
NameError: name 'p' is not defined
というエラーが出てしまいます。

＠kilesa様
どのように書けばいいのか分からなくて考えた結果、このような形で記載しました。分かりにくくて申し訳ございません。

[ppaul]

プログラミングは、基礎勉強をしないで難しいことをやっても上達しません。
まず入門書を読みましょう。私はPythonに関する書籍を読んだことがないのでよくわかりませんが、オライリーの【Python】入門Python3　第2版だとハズレではないと思います。

[退会済みユーザー]

＠ppaul様
プログラミングの動画を一通り見たので基礎勉強は終了したものだと思っていました。紹介してくださった本、目を通してみます。ご丁寧にありがとうございます。

[etherbeg]

問題が解決したら質問のステータスを「受付中」から「解決済」に変更していただきますようお願いします。できたらベストアンサーも選んで、どの回答で問題が解決したかを分かるようにしてください。

[退会済みユーザー]

@etherbag様、ご親切にありがとうございます。

Answer 1

１つのファイルから読み込んでいるようですね。
一度リストに読み出して２回走査する方法

def conv_to_dict(fname):
    with open(fname,'r') as fo:
        lines = fo.readlines()
        key = [s[4:10].strip() for s in lines if '>' in s]
        val = [s.strip() for s in lines if '>' not in s]
        return dict(zip(key, val))

dic = conv_to_dict('file_name')
print(dic)

１回だけ読み出す方法（key value が区別が付くように読み出して使う）

def conv_to_dict(fname):
    with open(fname,'r') as fo:
        info = sorted((0, s[4:10].strip()) if '>' in s else (1, s.strip()) for s in fo)
        return dict(zip(map(lambda x: x[1], info[:len(info)//2]), 
                        map(lambda x: x[1], info[len(info)//2:])))

dic = conv_to_dict('file_name')
print(dic)

もし、元のファイルに１行ずつ key と value にするデータが交互にあるのであれば

def conv_to_dict(fname):
    with open(fname,'r') as fo:
        return {k[4:10].strip():v.strip() for k,v in zip(fo,fo)}

dic = conv_to_dict('file_name')
print(dic)

とできます。

Comments

[退会済みユーザー]

ご回答ありがとうございます。せっかく回答してくださったのにもう一度質問するのは恐縮ですがfnameとはどのような意味なのでしょうか？
書いてくださったコードの通りにコードしてみたのですが以下のようなエラーが出てしまいました。
import re

f = open('file','r')

def conv_to_dict(fname):
with open(fname, 'r') as fo:
return{k[4:10].strip():v.strip() for k,v in zip(fo,fo)}

dic = conv_to_dict('file_name')
print(dic)

エラーメッセージ
Traceback (most recent call last):
File "/home/(個人情報)/(個人情報)/(個人情報)/script3.py", line 3, in <module>
Traceback (most recent call last):
File "/home/(個人情報)/(個人情報)/(個人情報)/script3.py", line 3, in <module>
f = open('file','r')
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: 'file'

[lehshell]

> fnameとはどのような意味なのでしょうか？
関数の引数です。関数呼び出し時に指定したファイル名を受け取る変数です。
> 書いてくださったコードの通りにコードしてみた
していませんね。
私は
import re
f = open('file','r')
を書いてはいません。

関数をご存じないのですね。
def conv_to_dict(fname): からの３行は関数の定義です。
dic = conv_to_dict('file_name') は関数を呼び出しています。
dic = conv_to_dict('file_name') の file_name を対象のファイル名にしてください。

[退会済みユーザー]

ご丁寧にありがとうございます。関数というのは知りませんでした、勉強不足ですね。初歩的なことばかり聞いて申し訳ございません。

[退会済みユーザー]

正常に出力できました。ありがとうございます。

Answer 2

コードとエラーメッセージは質問文に追記してもらった方がいいのですが（またエラーメッセージは全文を記載してもらいたかったのですが）、以下で間違いないでしょうか？

import re

f = open('uniprot_sprot.fasta','r')

for i in f:
    if ">" in I:
        q = (list(i[4:10]))

for line in f:
    if '>' not in line:
        p = (list(line))

print(dict(zip(q,p)))

#　エラーメッセージ（の一部）
# print(dict(zip(q,p)))
# NameError: name 'p' is not defined

"name 'p' is not defined" というエラーは、p = (list(line)) が一度も実行されなかったことを意味します。

上記のコードの場合は、開いたファイルの内容を for i in f ですべて読み出した後に、同じファイルオブジェクトを使って再度 for line in f とファイル内容を読み込もうとしているので、2回目の読み込みは全く行われません（読み込むものがない）。そのために p = (list(line)) も含めその直後のブロックのコードは一度も実行されません。以上が上記エラーの直接の原因です。

Comments

[退会済みユーザー]

2回目は読み込まれないのですね、、ありがとうございます。もう少し考えてみます。

[etherbeg]

f.close()で一度ファイルを閉じてもう一度読み込めば再度読み込むことはできます（他にも方法はありますが）。しかし「2つの別のファイルから辞書型を作りたい」とのことなので、同じファイルから2回読み込むのはやりたいことではないのではないでしょうか。

[退会済みユーザー]

はい、おっしゃる通り、同じファイルから2回読み込むのはやりたいことではないのですが、1つ目のfor文と2つ目のfor文で書かれている内容は別のファイルで書いたものであり、これらを今回、file1、file2とさせていただきました。
言葉足らずで本当に申し訳ございません。

[etherbeg]

> 1つ目のfor文と2つ目のfor文で書かれている内容は別のファイルで書いたもの

プログラムの書かれたファイルが2つあって、1つ目のfor文と2つ目のfor文はそれぞれ別のプログラムファイルに書かれていて、プログラムの実行もそれぞれ別に行っている、ということでしょうか？　もしそうであればエラーの原因は上の回答で述べたものではありません。
別々のファイルに書かれたプログラムを適当に一つにまとめたものを示されても正確な回答はできません。

"uniprot_sprot.fasta" というファイル名がありましたが、読み込み対象のファイルはバイオインフォマティクスなどで使われるFASTA形式のファイルでしょうか？　そうであれば自分でプログラムを書かなくても目的に叶う既存のプログラムが探せばあると思うのですが。

[退会済みユーザー]

おっしゃる通り、読み込み対象のファイルはFASTA形式のファイルです。大学の課題なのでなるべく自分の力でやってみようと思った次第です。