Python3系のアップロード　pip installをするとRunning pip as root will break packages and permissions.

さくらサーバーのPythonを3系にアップデートしています。
こちらのサイトを参考に、
一通りpython3.8のインストールが終わりました。
（シンボリックリンクの作成は躓いているのでまだです…）

pip install系の操作をすると以下のようなエラーが出ます。
こちらはどのように対処すればよいのでしょうか。それとも、警告は出ているけれど無視してもよいレベルなのか…
教えていただけますと幸いです。

▼打ったコマンド

$ $HOME/local/python/bin/python3 -m pip install --upgrade pip setuptools

▼出た文言

equirement already satisfied: pip in ./local/python/lib/python3.8/site-packages (21.2.4)
Requirement already satisfied: setuptools in ./local/python/lib/python3.8/site-packages (56.0.0)
Collecting setuptools
  Downloading setuptools-58.0.2-py3-none-any.whl (816 kB)
     |????????????????????????????????| 816 kB 3.3 MB/s
Installing collected packages: setuptools
  Attempting uninstall: setuptools
    Found existing installation: setuptools 56.0.0
    Uninstalling setuptools-56.0.0:
      Successfully uninstalled setuptools-56.0.0
Successfully installed setuptools-58.0.2

WARNING: Running pip as the 'root' user can result in broken permissions and conflicting behaviour with the system package manager. It is recommended to use a virtual environment instead: https://pip.pypa.io/warnings/venv

Successfullyと出ているので、install自体はうまくいっているのでしょうか・・？

それ以前に行ったこと
make install　まで行いました。

※ユーザーフォルダ直下にwork>python3フォルダの作成
※ユーザーフォルダ直下にlocal>pythonフォルダの作成
$ mkdir -p ~/work/python3
$ mkdir -p local
$ mkdir -p python

※workフォルダで
$ wget --no-check-certificate https://www.python.org/ftp/python/3.8.10/Python-3.8.10.tgz
$ tar zxf Python-3.8.10.tgz
$ cd ./Python-3.8.10
$ ./configure --prefix=/home/yadorigi/local/python
$ make
$ make install

以下、バージョンなどを確認しました。

$ $HOME/local/python/bin/python3 -V
Python 3.8.10

$ $HOME/local/python/bin/pip -V
pip 21.2.4 from /home/yadorigi/local/python/lib/python3.8/site-packages/pip (python 3.8)

$ $HOME/local/python/bin/pip3 -V
pip 21.2.4 from /home/yadorigi/local/python/lib/python3.8/site-packages/pip (python 3.8)

■ユーザーフォルダ/local/pythonの中身

■ユーザーフォルダ/local/python/binの中身

ユーザー：rootアカウント（というのでしょうか、さくらサーバーを申し込んだアカウント）で実行しています。
コマンドはユーザーフォルダ直下（/Home/ユーザーフォルダ　の直下）で打っています。

quickquip

2021/09/08 01:12 編集

> 一通りpython3.8のインストールが終わりました。とだけ書いて「自分がやったことを書く」作業を省かれると困ります。いま質問者さんには「困っている」ことがあって、想定されていない何かおかしなことをやっているんじゃないだろうかと心配して質問しているのですよね。他の人の概ねうまくいったであろう手順を示されて、こんな感じでやりましたとだけ言われて、何をどうやって指摘したらよいのでしょうか? エラーを読んで自分がやったことを推測してください、というゲームかクイズをしかけているんでしょうか? と思ってしまいます。とりあえず今のカレントディレクトリはどこか、作業しているユーザは誰か、あたりを追記するといいと思います。あと echo $HOME/local/python/bin/python3 を実行してみて「自分がインストールしたつもりのpython3」を指しているか確認していますか。

quickquip

2021/09/08 01:21

> pip install系の操作をすると以下のようなエラーが出ます。と > ▼打ったコマンドにギャップがある（参考にしたというサイトを参考にしている様子がない）んですが、これはどういうつもりでしたか?

mikeko0901

2021/09/08 01:23

申し訳ございません、内容を追記しました。

mikeko0901

2021/09/08 01:29 編集

私はbashを使用しているのですが、参考にしたサイトがcshスクリプトとご指摘を別質問でいただきまして、 make installまで同じなので、make installの後は https://qiita.com/c-yan/items/bff6f857f419756d6512 を参考にしました。（が、シンボリックリンクの作成はまだやり切れていません…）打ったコマンドは、開発環境の方でうまくできました https://self-development.info/%E3%80%90python%E6%9A%97%E5%8F%B7%E5%8C%96%E3%80%91pycrypto%E3%81%A7%E3%81%AF%E3%81%AA%E3%81%8Fpycryptodome%E3%82%92%E4%BD%BF%E3%81%86/ を参考にしました。

行動規範の内容に同意します

回答2件

ベストアンサー

その警告は無視していいです。インストール自体もうまくいっているので心配しなくていいです。

私もさくらのレンタルサーバにPython3をインストールして使っています。
その警告は最近になって出るようになりました。

さくらのレンタルサーバのユーザは、全員一般ユーザです。rootではありません。rootになることもできません。
一般ユーザは自分のホームディレクトリ以下に対する権限しか持ちません。だからこそ苦労をして、自分のホームディレクトリ以下にPython3をインストールして使っています。
質問文中に、

ユーザー：rootアカウント（というのでしょうか、さくらサーバーを申し込んだアカウント）

と書かれていますが、間違いです。
そもそもrootではないので関係ない、というのがその警告を無視してよい理由です。

仮想環境の使用の推奨と捉えれば、一般ユーザであっても関係する警告にはなりますが、それはroot云々とは別の話です。私は仮想環境を使うか使わないかは、自分でその都度判断して決めているので、その意味でもその警告は無視しています。
どうしても気になるようなら、常に仮想環境を作って使うようにすれば、その警告は出ません。

rootではないのになぜ警告が出るのかというと、pip の警告を出す部分の実装の問題です。
ごく大雑把にいうと、インストールの際に、①仮想環境を使っている、②プラットフォームがWindowsである、③プラットフォームがmacOSかLinuxでかつrootではない、以上3つのいずれにも当てはまらない場合は警告が出ます。
https://github.com/pypa/pip/blob/df98167fe54b99f61dd000ae619fd4b1c634c039/src/pip/_internal/cli/req_command.py#L157

さくらのレンタルサーバはプラットフォームがFreeBSDなので、仮想環境でインストールしない限りは、rootであろうとrootでなかろうと警告が出ます。なぜこういう実装になっているのかはわかりません。
なお、この警告が出るようになったのは今年の4月24日リリースのpip 21.1以降でした。
https://pip.pypa.io/en/stable/news/#v21-1

投稿2021/09/08 12:41

編集2021/09/09 14:40