CSVファイルから文字列を抽出・格納したい

Question

前提・実現したいこと

Test3.csvのうちV2列の2行目以降全ての文字列において．11-15番目，51-60番目の文字列を抽出して新たな列に格納すると同時に，"-"が登場した際にそれを削除するようなコードを書きたいと考えています．
お知恵をお貸し頂けますと幸いです．宜しくお願い致します．
尚，こちらは本データ(1000行以上)を簡略化したものです．

該当のソースコード

#!/usr/bin/python
# -*- coding: utf-8 -*-
import pandas as pd

slice_range1 = slice(11, 15)
slice_range2= slice(51, 60)
input_path = "Test3.csv"
output_path = "separated.csv"

with open(input_path) as f:
    element = f.read()

with open(output_path, "w") as g:
    for index, row in element.iterrows():
         csv_input['Part1'][index] = slice_range1
         csv_input['Part2'][index] = slice_range2

# 文字列の途中の改行を消す
text = re.sub(r"-", "", text)

csv_input.to_csv(g, index=False)

現実の出力結果

Entry,V2,Part1,Part2
A0K7T1,----MSNKGQL-LQDPFLNALRKEHVPVSIYLVNGIKLQGNIESFDQYVVL-------LR,"slice(11, 15, None)","slice(51, 60, None)"
A0KGS1,-----MAKGQS-LQDPFLNALRRERIPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVIL-------LK,"slice(11, 15, None)","slice(51, 60, None)"
A0KSR7,-----MAKGQS-LQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQVESFDQFVIL-------LK,"slice(11, 15, None)","slice(51, 60, None)"
A0Q0M9,-----MNKSTNNLQDLFLNNARINRISVTIFLTNGYKLEGLVKGFDNFTII-------LD,"slice(11, 15, None)","slice(51, 60, None)"
A0Q6S3,-----MSRISS-LQDPFLNALRKEKVSVSVYLVNGIKLQGQVEAFDQFCIV-------LR,"slice(11, 15, None)","slice(51, 60, None)"

理想の出力結果

Entry,V2,Part1,Part2
A0K7T1,LLQD,LLR
A0KGS1,SLQD,LLK
A0KSR7,SLQD,LLK
A0Q0M9,NNLQD,ILD
A0Q6S3,SLQD,VLR

使用ファイル

Entry,V2
A0K7T1,----MSNKGQL-LQDPFLNALRKEHVPVSIYLVNGIKLQGNIESFDQYVVL-------LR
A0KGS1,-----MAKGQS-LQDPFLNALRRERIPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVIL-------LK
A0KSR7,-----MAKGQS-LQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQVESFDQFVIL-------LK
A0Q0M9,-----MNKSTNNLQDLFLNNARINRISVTIFLTNGYKLEGLVKGFDNFTII-------LD
A0Q6S3,-----MSRISS-LQDPFLNALRKEKVSVSVYLVNGIKLQGQVEAFDQFCIV-------LR

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

macOS10.15.4 Python3.7.3 Atom

Comments

[8524ba23]

使用ファイルと理想の出力結果は正しく対応しているでしょうか？
結果の２行２列目の「LLQD」や３列目「VLLR」がどのような規則で抽出されたのか
より詳しく具体的に記載ください。

[Male_soprano]

説明が足りず失礼しました．
例えば2行目2列のうち11-15番目の文字列"L-LQD"ですが，こちらのうち"-"を削除した結果が「LLQD」になります．
同様に，51-60番目の文字列"L-------LR"も「LLR」となります．(*)
(*)先頭のVはカウントミスでした．先程消去しました．失礼致しました．

Answer 1

PandasのDataFrameに読み込んで、str[]でスライスを取得し、str.replaceで-を削除。
V2列を取り除いて、インデックスなしでCSVに出力。

import pandas as pd
import io

txt = """
Entry,V2
A0K7T1,----MSNKGQL-LQDPFLNALRKEHVPVSIYLVNGIKLQGNIESFDQYVVL-------LR
A0KGS1,-----MAKGQS-LQDPFLNALRRERIPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVIL-------LK
A0KSR7,-----MAKGQS-LQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQVESFDQFVIL-------LK
A0Q0M9,-----MNKSTNNLQDLFLNNARINRISVTIFLTNGYKLEGLVKGFDNFTII-------LD
A0Q6S3,-----MSRISS-LQDPFLNALRKEKVSVSVYLVNGIKLQGQVEAFDQFCIV-------LR
"""

df = pd.read_csv(io.StringIO(txt))
# df = pd.read_csv('target.csv')

df['Part1'] = df['V2'].str[10:15].str.replace('-', '')
df['Part2'] = df['V2'].str[50:60].str.replace('-', '')

df.drop(columns='V2', inplace=True)

print(df)

df.to_csv('result.csv', index=None)

Entry,Part1,Part2
A0K7T1,LLQD,LLR
A0KGS1,SLQD,LLK
A0KSR7,SLQD,LLK
A0Q0M9,NNLQD,ILD
A0Q6S3,SLQD,VLR

Comments

[Daregada]

見事にかぶりました。

[Male_soprano]

有難うございます．参考になります．
大変恐縮ですが，ファイル名を指定してから処理を行う形だとどのような書き方になるのか，後学の為にご教示いただいても宜しいでしょうか？

[Daregada]

「df = 」の行の下にコメントで書いてある通りです。

Answer 2

str[開始:終了]にて文字列を抽出しstr.replaceで-を``に置換することで削除できます。

import pandas as pd
from io import StringIO

s = """Entry,V2
A0K7T1,----MSNKGQL-LQDPFLNALRKEHVPVSIYLVNGIKLQGNIESFDQYVVL-------LR
A0KGS1,-----MAKGQS-LQDPFLNALRRERIPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVIL-------LK
A0KSR7,-----MAKGQS-LQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQVESFDQFVIL-------LK
A0Q0M9,-----MNKSTNNLQDLFLNNARINRISVTIFLTNGYKLEGLVKGFDNFTII-------LD
A0Q6S3,-----MSRISS-LQDPFLNALRKEKVSVSVYLVNGIKLQGQVEAFDQFCIV-------LR"""
df = pd.read_csv(StringIO(s))

df['V2'] = df['V2']
df['Part1'] = df['V2'].str[10:15].str.replace('-','')
df['Part2'] = df['V2'].str[50:60].str.replace('-','')

print(df.iloc[:,[0,2,3]])
#    Entry  Part1 Part2
#0  A0K7T1   LLQD   LLR
#1  A0KGS1   SLQD   LLK
#2  A0KSR7   SLQD   LLK
#3  A0Q0M9  NNLQD   ILD
#4  A0Q6S3   SLQD   VLR

Comments

[Male_soprano]

有難うございます．参考になります．
大変恐縮ですが，ファイル名を指定してから処理を行う形だとどのような書き方になるのか，後学の為にご教示いただいても宜しいでしょうか？