Q&A
dglはどうやってインストールしたんでしょう?
前提・実現したいこと
pythonのグラフニューラルネット用ライブラリdglをjupyter notebook上でimportしようとしましたところ、エラーが発生しました。
どうやらパスが通っていないのですが、.bash_profileに何を書き込めばいいのかわからず困っています。
dglはconda installしたばかりでまだ一度も正常に使えたことはありません（急に使えなくなったわけではありません）。
OSはmacOS High Sierra ver.10.13.6です。
.bash_profileに何を書き込めばいいのか、教えていただけないでしょうか。何卒よろしくお願いいたします。
発生している問題・エラーメッセージ
Using backend: pytorch --------------------------------------------------------------------------- OSError Traceback (most recent call last) <ipython-input-2-fd726d2cda90> in <module> ----> 1 import dgl ~/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/dgl/__init__.py in <module> 6 # Need to ensure that the backend framework is imported before load dgl libs, 7 # otherwise weird cuda problem happens ----> 8 from .backend import load_backend, backend_name 9 10 from . import function ~/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/dgl/backend/__init__.py in <module> 72 73 ---> 74 load_backend(get_preferred_backend()) 75 76 ~/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/dgl/backend/__init__.py in load_backend(mod_name) 22 def load_backend(mod_name): 23 print('Using backend: %s' % mod_name, file=sys.stderr) ---> 24 mod = importlib.import_module('.%s' % mod_name, __name__) 25 thismod = sys.modules[__name__] 26 for api in backend.__dict__.keys(): ~/opt/anaconda3/lib/python3.7/importlib/__init__.py in import_module(name, package) 125 break 126 level += 1 --> 127 return _bootstrap._gcd_import(name[level:], package, level) 128 129 ~/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/dgl/backend/pytorch/__init__.py in <module> ----> 1 from .tensor import * ~/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/dgl/backend/pytorch/tensor.py in <module> 8 from torch.utils import dlpack 9 ---> 10 from ... import ndarray as nd 11 from ... import kernel as K 12 from ...function.base import TargetCode ~/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/dgl/ndarray.py in <module> 12 import numpy as _np 13 ---> 14 from ._ffi.object import register_object, ObjectBase 15 from ._ffi.function import _init_api 16 from ._ffi.ndarray import DGLContext, DGLType, NDArrayBase ~/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/dgl/_ffi/object.py in <module> 6 import sys 7 from .. import _api_internal ----> 8 from .object_generic import ObjectGeneric, convert_to_object 9 from .base import _LIB, check_call, c_str, py_str, _FFI_MODE 10 ~/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/dgl/_ffi/object_generic.py in <module> 5 from numbers import Number, Integral 6 from .. import _api_internal ----> 7 from .base import string_types 8 9 # Object base class ~/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/dgl/_ffi/base.py in <module> 40 __version__ = libinfo.__version__ 41 # library instance of nnvm ---> 42 _LIB, _LIB_NAME = _load_lib() 43 44 # The FFI mode of DGL ~/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/dgl/_ffi/base.py in _load_lib() 32 """Load libary by searching possible path.""" 33 lib_path = libinfo.find_lib_path() ---> 34 lib = ctypes.CDLL(lib_path[0], ctypes.RTLD_GLOBAL) 35 # DMatrix functions 36 lib.DGLGetLastError.restype = ctypes.c_char_p ~/opt/anaconda3/lib/python3.7/ctypes/__init__.py in __init__(self, name, mode, handle, use_errno, use_last_error) 362 363 if handle is None: --> 364 self._handle = _dlopen(self._name, mode) 365 else: 366 self._handle = handle OSError: dlopen(/Users/admin/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/dgl/libdgl.dylib, 10): Symbol not found: ____chkstk_darwin Referenced from: /Users/admin/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/dgl/libdgl.dylib (which was built for Mac OS X 10.15) Expected in: /usr/lib/libSystem.B.dylib in /Users/admin/opt/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/dgl/libdgl.dylib
該当のソースコード
python
1import dgl
試したこと
エラーメッセージを見ると、どうやら"/usr/lib/libSystem.B.dylib"に欲しいファイルがあるようです。実際に/usr/lib/へ行くとlibSystem.B.dylibというファイルが存在しました。
そして、こういう場合はパスが通っていないので、.bash_profileにPATHを書き込まないといけないのかなと考え、.bash_profileに
bash
1export PATH="/usr/lib:$PATH"
とテキストエディタより書き込み、保存して
terminal
1$ source ~/.bash_profile
しました。
terminal
1$ echo $PATH
を実行して/usr/libが出力に存在することを確認したのち、もう一度jupyter notebookよりimport dglを行ったのですが、同様のエラーが出てしまいました。
.bash_profileに何を書き込めば良いのでしょうか。
回答いただいたことを参考に試したこと
######1.PATH→PYTHONPATHに書き換え
bash
1export PYTHONPATH="/usr/lib:$PYTHONPATH"
とテキストエディタより書き込み、保存して
terminal
1$ source ~/.bash_profile
しました。
terminal
1$ echo $PYTHONPATH
を実行して/usr/libが出力に存在することを確認したのち、もう一度jupyter notebookよりimport dglを行ったのですが、同様のエラーが出てしまいました。
######2.sys.path.append("/usr/lib/")
python
1import sys 2sys.path.append("/usr/lib/")
を実行し、import dglを行ったのですが、同様のエラーが発生しました。
ライブラリdglのインストール方法に関する追記
dglの公式documentationを参考に、
terminal
1$ conda install -c dglteam dgl
としました。
出力は以下のようでした。
Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: / The environment is inconsistent, please check the package plan carefully The following packages are causing the inconsistency: - defaults/osx-64::spyder==4.0.1=py37_0 - defaults/noarch::sphinx==2.4.0=py_0 - defaults/noarch::numpydoc==0.9.2=py_0 - defaults/osx-64::anaconda==2020.02=py37_0 done ## Package Plan ## environment location: /Users/admin/opt/anaconda3 added / updated specs: - dgl The following packages will be downloaded: package | build ---------------------------|----------------- dgl-0.4.3post2 | py37_0 2.8 MB dglteam docutils-0.16 | py37_1 667 KB ------------------------------------------------------------ Total: 3.5 MB The following NEW packages will be INSTALLED: _anaconda_depends pkgs/main/osx-64::_anaconda_depends-2020.02-py37_0 dgl dglteam/osx-64::dgl-0.4.3post2-py37_0 docutils pkgs/main/osx-64::docutils-0.16-py37_1 The following packages will be UPDATED: certifi 2019.11.28-py37_0 --> 2020.4.5.1-py37_0 openssl 1.1.1d-h1de35cc_4 --> 1.1.1g-h1de35cc_0 The following packages will be DOWNGRADED: anaconda 2020.02-py37_0 --> custom-py37_1 Proceed ([y]/n)? y Downloading and Extracting Packages dgl-0.4.3post2 | 2.8 MB | ##################################### | 100% docutils-0.16 | 667 KB | ##################################### | 100% Preparing transaction: done Verifying transaction: done Executing transaction: done
補足情報（FW/ツールのバージョンなど）
OS：macOS High Sierra ver.10.13.6
Pythonのバージョン：3.7
Anacondaのバージョン：4.8.3
Pytorchのバージョン：1.5.0
dglのバージョン：0.4.3
.bash_profileの存在するパス：/Users/admin/.bash_profile
追記修正依頼をいただきありがとうございます。質問に追記いたしました。
dglの公式documentationを参考に、
$ conda install -c dglteam dgl
としました。
回答2件
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ベストアンサー
手元にmacOS 10.13.6がありましたので試したところ、同様のエラーメッセージが表示されました。エラーメッセージの最終行近くに
terminal
1site-packages/dgl/libdgl.dylib (which was built for Mac OS X 10.15)
とありますので、お使いのmacOS(10.13.6)ではcondaによるバイナリインストールでは解決しないように思います。そのためソースコードからインストールする方法を提案します。
一連の手順を書きますので試して見て下さい(/Users/admin/workというディレクトリでの作業を想定)。
terminal
1[/Users/admin/work]$ git clone --recurse-submodules https://github.com/dmlc/dgl.git 2[/Users/admin/work]$ cd dgl 3[/Users/admin/work/dgl]$ mkdir build 4[/Users/admin/work/dgl]$ cd build 5[/Users/admin/work/dgl/build]$ cmake -DUSE_OPENMP=OFF .. 6[/Users/admin/work/dgl/build]$ make 7[/Users/admin/work/dgl/build]$ conda activate あなたの環境 8[/Users/admin/work/dgl/build]$ cd ../python 9[/Users/admin/work/dgl/python]$ python setup.py install
上記のようにインストールしたところ、一応起動までは確認できました。
terminal
1$ python 2Python 3.8.3 (default, May 19 2020, 13:54:14) 3[Clang 10.0.0 ] :: Anaconda, Inc. on darwin 4Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information. 5>>> import dgl 6Using backend: pytorch 7>>> dgl.__version__ 8'0.4' 9>>>
投稿2020/06/14 22:21
総合スコア1615
解決いたしました！ありがとうございます！
非常に丁寧に教えてくださり、また、ご自身のローカルにdglをinstallまでしていただくなどお手数をおかけしてしまい大変申し訳ありませんでした。助かりました。ありがとうございます。
同様の問題が出た方がいらっしゃった場合向けの情報なのですが、yymmtさんの解決策を試した後、作業ディレクトリが
/Users/admin/work
/Users/admin/work/dgl
の場合は（質問に記載してある、Symbol not foundの）エラーが発生し、
/Users/admin/work/dgl/python
で作業を行うと、問題が解決いたしました。
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投稿2020/06/13 22:40
総合スコア88042
回答をいただきありがとうございます。紹介いただいたサイトを参考にしてsys.path.appendと.bash_profileへの書き込みどちらもやってみたのですが、同じエラーが発生してしまいました。回答いただいたことを参考に試したことの詳細は質問に追記いたしました。
書き方がどう悪かったのでしょうか。どの記述をどう変えれば問題解決に繋がるでしょうか。ご教授いただければ幸いです。
読みづらいですが、こちらにも追記内容を記述させていただきます。
export PYTHONPATH="/usr/lib:$PYTHONPATH"
と.bash_profileに書き込み$ source ~/.bash_profile
したのですが、同様のエラーが発生しました。
また、
sys.path.append(“/usr/lib/“)
としたのですが、同様のエラーが発生しました。
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