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Nonetype型データの出力方法

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kak

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いつも勉強させていただいてます。
Win10にVirtual boxでCentOS7を入れて、AnacondaにてPython2.7とPython3を使いわけています。
以下の様に出力されるモジュールを作成しました。
これをテキストファイル出力または直接Pandasで処理していきたいと思っています。

In [81]: polarcontacts(filenames)                                                    
(('complex.1-2', 787), ('complex.5', 1891))
(('complex.1-2', 788), ('complex.5', 1891))
(('complex.1-2', 1529), ('complex.1-2', 3803))
(('complex.1-2', 1529), ('complex.6', 1902))
(('complex.1-2', 1530), ('complex.1-2', 3803))
(('complex.1-2', 1530), ('complex.6', 1902))
(('complex.1-2', 1537), ('complex.1-2', 3804))
(('complex.1-2', 1537), ('complex.2', 1902))
(('complex.1-2', 1537), ('complex.5', 1899))
(('complex.1-2', 1537), ('complex.8', 1888))
(('complex.1-2', 1538), ('complex.1-2', 3804))

・・・


そこで以下の様にtextというディレクトリを作成し、そこに書き込もうとしたのですが、Nonetypeのエラーが出ました。

In [88]: text="../polarcontacts.txt"                                                    

In [89]: pc=polarcontacts(filenames)  
In [90]: with open (text,mode="w") as f: 
    ...:     f.write(pc) 
    ...:                                                                                
---------------------------------------------------------------------------
TypeError                                 Traceback (most recent call last)
<ipython-input-90-d1f2c6230c24> in <module>
      1 with open (text,mode="w") as f:
----> 2     f.write(pc)
      3 

TypeError: write() argument must be str, not None

In [91]: print(type(pc))                                                                
<class 'NoneType'>


strにするとエラーは出なくなるのですが、内容は書き込まれていないようでした。

In [92]: with open (text,mode="w") as f: 
    ...:     f.write(str(pc)) 
    ...:                        

In [94]: with open (text,mode="r") as f: 
    ...:     for row in f: 
    ...:         print (row.strip()) 
    ...:  
    ...:                                                                                
None


polarcontacts(filenames)をどのようにしたらテキストまたはCSVに保存してPandasで処理できるようにできるでしょうか。
初歩的な質問で申し訳ありませんが、お願いします。

以下Polarpairsに関しての追記です。
長くなるので省略しましたがご容赦ください。
https://pymolwiki.org/index.php/Polarpairs
上記サイトにて得られるモジュールなのですが、
Exampleの内容に入力pdbファイル情報やchain選択コマンドなどを加えPolarcontacts.pyとして保存して実行するようにしました。
Example内最終行のprint(p, 'Distance: %.2f' % (dist))はprint(p)に変えた出力が上記結果です。
細かく変更したので見落としがあるかもしれません。

Example
pairs = polarpairs('chain A', 'chain B')
for p in pairs:
    dist = cmd.get_distance('(%s`%s)' % p[0], '(%s`%s)' % p[1])
    print(p, 'Distance: %.2f' % (dist))


The Script
'''
(c) 2011 Thomas Holder, MPI for Developmental Biology
'''

from pymol import cmd

def polarpairs(sel1, sel2, cutoff=4.0, angle=63.0, name='', state=1, quiet=1):
    '''
ARGUMENTS

    sel1, sel2 = string: atom selections

    cutoff = float: distance cutoff

    angle = float: h-bond angle cutoff in degrees. If angle="default", take
    "h_bond_max_angle" setting. If angle=0, do not detect h-bonding.

    name = string: If given, also create a distance object for visual representation

SEE ALSO

    cmd.find_pairs, cmd.distance
    '''
    cutoff = float(cutoff)
    quiet = int(quiet)
    state = int(state)
    if angle == 'default':
        angle = cmd.get('h_bond_max_angle', cmd.get_object_list(sel1)[0])
    angle = float(angle)
    mode = 1 if angle > 0 else 0
    x = cmd.find_pairs('(%s) and donors' % sel1, '(%s) and acceptors' % sel2,
            state, state,
            cutoff=cutoff, mode=mode, angle=angle) + \
        cmd.find_pairs('(%s) and acceptors' % sel1, '(%s) and donors' % sel2,
            state, state,
            cutoff=cutoff, mode=mode, angle=angle)
    x = sorted(set(x))
    if not quiet:
        print('Settings: cutoff=%.1fangstrom angle=%.1fdegree' % (cutoff, angle))
        print('Found %d polar contacts' % (len(x)))
    if len(name) > 0:
        for p in x:
            cmd.distance(name, '(%s`%s)' % p[0], '(%s`%s)' % p[1])
    return x

cmd.extend('polarpairs', polarpairs)
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  • tachikoma

    2019/04/05 10:13

    polarcontactsの詳細を教えてください。おそらく、その関数はコンソールに直接出力するだけで返り値はNoneではないかと思うのですが。

    キャンセル

  • kak

    2019/04/05 10:43

    早々のご連絡ありがとうございます。質問が長くなってしまうのとprintされている内容を正確に把握しておらず説明できるか不安でしたので省略していました。追記しましたので、よろしくお願いします。

    キャンセル

回答 1

checkベストアンサー

0

モジュールを変更していいのであれば、pairsを返すようにして、その外でファイル書き出しをするほうがいいと思います。

pairs = polarpairs('chain A', 'chain B')
with open (text,mode="a") as f: 
    for p in pairs:
        print(p, file=f)

もしくは、こうでもいけるかもしれません。

pairs = polarpairs('chain A', 'chain B')
with open (text,mode="a") as f: 
    print(pairs, sep="\n", file=f)

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  • 2019/04/05 15:34

    スピード回答ありがとうございました!1つ目の方法で無事テキストに書き出せました。もともとのデータの改行が一定でないのか、2つ目の方法だとデータのレイアウトが変わってしましたがデータ自体はテキストに書き込めていました。モジュール内でファイルを開いてから書き込むんですね。とても勉強になりました。本当にありがとうございました。

    キャンセル

  • 2019/04/05 17:39

    本来ならモジュールから書き出したいオブジェクトをreturnして、それをモジュールの外で書き出すほうがいいです。そうしておくと、書き出す先を標準出力やファイル等後から選べるようになります。ともあれ、やりたいことが出来たようでなにより。

    キャンセル

  • 2019/04/05 21:03

    確かに出力先を選べないデメリットがありますね。そこは今後の課題にします。丁寧なアドバイスまで頂き感謝です。

    キャンセル

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