質問編集履歴
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polarpairsの内容を追記しました。
test
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File without changes
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test
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@@ -119,3 +119,139 @@
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polarcontacts(filenames)をどのようにしたらテキストまたはCSVに保存してPandasで処理できるようにできるでしょうか。
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初歩的な質問で申し訳ありませんが、お願いします。
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以下Polarpairsに関しての追記です。
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長くなるので省略しましたがご容赦ください。
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https://pymolwiki.org/index.php/Polarpairs
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上記サイトにて得られるモジュールなのですが、
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Exampleの内容に入力pdbファイル情報やchain選択コマンドなどを加えPolarcontacts.pyとして保存して実行するようにしました。
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Example内最終行のprint(p, 'Distance: %.2f' % (dist))はprint(p)に変えた出力が上記結果です。
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細かく変更したので見落としがあるかもしれません。
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```ここに言語を入力
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Example
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pairs = polarpairs('chain A', 'chain B')
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for p in pairs:
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dist = cmd.get_distance('(%s`%s)' % p[0], '(%s`%s)' % p[1])
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print(p, 'Distance: %.2f' % (dist))
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The Script
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'''
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(c) 2011 Thomas Holder, MPI for Developmental Biology
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'''
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from pymol import cmd
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def polarpairs(sel1, sel2, cutoff=4.0, angle=63.0, name='', state=1, quiet=1):
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'''
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ARGUMENTS
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sel1, sel2 = string: atom selections
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+
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cutoff = float: distance cutoff
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+
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angle = float: h-bond angle cutoff in degrees. If angle="default", take
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"h_bond_max_angle" setting. If angle=0, do not detect h-bonding.
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name = string: If given, also create a distance object for visual representation
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SEE ALSO
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+
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+
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+
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+
cmd.find_pairs, cmd.distance
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+
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+
'''
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+
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+
cutoff = float(cutoff)
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+
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+
quiet = int(quiet)
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+
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+
state = int(state)
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+
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+
if angle == 'default':
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+
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+
angle = cmd.get('h_bond_max_angle', cmd.get_object_list(sel1)[0])
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+
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+
angle = float(angle)
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+
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+
mode = 1 if angle > 0 else 0
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+
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+
x = cmd.find_pairs('(%s) and donors' % sel1, '(%s) and acceptors' % sel2,
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+
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+
state, state,
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+
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+
cutoff=cutoff, mode=mode, angle=angle) + \
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+
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+
cmd.find_pairs('(%s) and acceptors' % sel1, '(%s) and donors' % sel2,
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+
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233
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+
state, state,
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+
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+
cutoff=cutoff, mode=mode, angle=angle)
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+
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+
x = sorted(set(x))
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if not quiet:
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+
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+
print('Settings: cutoff=%.1fangstrom angle=%.1fdegree' % (cutoff, angle))
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+
print('Found %d polar contacts' % (len(x)))
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if len(name) > 0:
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for p in x:
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+
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+
cmd.distance(name, '(%s`%s)' % p[0], '(%s`%s)' % p[1])
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+
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+
return x
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+
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+
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+
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+
cmd.extend('polarpairs', polarpairs)
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+
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257
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+
```
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