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C言語で文字列検索と切断(制限酵素でゲノムを部分消化)

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バイオインフォマティクスの場面で、ゲノムを制限酵素で切ったときの断片長を求めたいです。
例えば
ACAGCCGCATTATGGGGATCCTCAACTGTGAGGAGGCTCGGATCCATTTAAAGCAA
という塩基配列に酵素BamHIを用いると、GGATCCを認識し、GとGの間で切れて
ACAGCCGCATTATGGG GATCCTCAACTGTGAGGAGGCTCG GATCCATTTAAAGCAA
という3つの断片になります。3つの断片それぞれの長さを求めようとしております。

次のように実装しようと考えました:
・塩基配列が書かれたテキストファイル(拡張子は.fna)を受け取る
・上述のテキストファイルを読み込み、文字列sとして保存
ここまでを準備として行い、そのうえで
・入力を上述の文字列sとする
・文字列sから、GGATCCを検索する
・そのうえで、GGATCC上でGとGの間を切断し、断片を作る
・断片の文字列の長さを求め、出力する
これを実行する関数int BamHIを作り、main()内で実行しようと考えました。
しかしこのような関数の作り方がわかりません。
文字列の検索の実装がわかりません、切断方法もわかりません。

ご教示のほどお願いいたします。
なお、当方の環境はcygwinでgccでコンパイルしています。
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回答 1

checkベストアンサー

+2

入力文字列をs[]として
s[i]~s[i+5]が"GGATCC"に一致するか調べ、
一致すればi+1(検索文字列の先頭から一文字後ろで切るから+1)を返し、一致しなければiをインクリメントして繰り返すのはどうでしょう。


複数の切断位置に対応することを考えます。
(塩基配列だと長ったらしいので例として".."で切断するとします。)
"012..56..9" -> "012. .56. .9" 切断位置{3,7,9}のような。

「最初に出てきた切断位置のインデックスを返す関数」(先頭を0文字目とする、切断不可なら文字列長を返す)
を作ります。
それを用いて、

対象文字列に関数を適用します。
結果を配列に退避します。
対象文字列を結果分オフセットして、
切断できなくなるまで繰り返します。
最後に配列の累積和を取ればもともとの対象文字列のすべての切断位置になります。(きっと多分)

こんな感じです:
対象文字列 -> 作用させた後の配列
"012..56..9" -> {3}
".56..9" -> {3,4}
".9" -> {3,4,2}

{3,4,2} -> {3,7,9}

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  • 2015/09/19 22:00

    (CまたはC++)and(スクリプト型の何か(Python,Ruby,JSなど))それぞれで上述を断片長問題を解くという指定でした……。通常はJavaやC#のほうが良い内容でしたか。

    キャンセル

  • 2015/09/19 23:20

    BAに選んだあとで申し訳ありません。
    対称文字列を結果分オフセットするにはどうすればいいでしょうか?
    新たに配列を作ってそこに最初に出てきたインデックス以降をいれるのでしょうか?

    キャンセル

  • 2015/09/20 00:03

    先頭ポインタに加算すればいいだけです
    適当な文字列で実験してみてください

    キャンセル

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