質問編集履歴
2
認識部位が複数の場合も含めた質問文に
title
CHANGED
|
File without changes
|
body
CHANGED
|
@@ -1,9 +1,9 @@
|
|
|
1
1
|
バイオインフォマティクスの場面で、ゲノムを制限酵素で切ったときの断片長を求めたいです。
|
|
2
2
|
例えば
|
|
3
|
-
ACAGCCGCATTATGG**GGATCC**TCAACTGTGAGGAGGCTC
|
|
3
|
+
ACAGCCGCATTATGG**GGATCC**TCAACTGTGAGGAGGCTC**GGATCC**ATTTAAAGCAA
|
|
4
4
|
という塩基配列に酵素BamHIを用いると、GGATCCを認識し、GとGの間で切れて
|
|
5
|
-
|
|
5
|
+
ACAGCCGCATTATGG**G GATCC**TCAACTGTGAGGAGGCTC**G GATCC**ATTTAAAGCAA
|
|
6
|
-
という
|
|
6
|
+
という3つの断片になります。3つの断片それぞれの長さを求めようとしております。
|
|
7
7
|
|
|
8
8
|
次のように実装しようと考えました：
|
|
9
9
|
・塩基配列が書かれたテキストファイル(拡張子は.fna)を受け取る
|
1
環境明記
title
CHANGED
|
File without changes
|
body
CHANGED
|
@@ -17,4 +17,5 @@
|
|
|
17
17
|
しかしこのような関数の作り方がわかりません。
|
|
18
18
|
文字列の検索の実装がわかりません、切断方法もわかりません。
|
|
19
19
|
|
|
20
|
-
ご教示のほどお願いいたします。
|
|
20
|
+
ご教示のほどお願いいたします。
|
|
21
|
+
なお、当方の環境はcygwinでgccでコンパイルしています。
|