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Python 3はPythonプログラミング言語の最新バージョンであり、2008年12月3日にリリースされました。

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投稿2018/08/19 07:44

前提・実現したいこと

biopythonのPDBparser.get_structureを用いて構造を読み込みたいのですが、get_structureに対して、以下のエラーが出て困っています。

発生している問題・エラーメッセージ

TypeError: get_structure() missing 1 required positional argument: 'file'

該当のソースコード

python

from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser as parser import re import os def main(): dirname = './PDB' os.chdir(dirname) re_mat = re.compile(r".*pdb") for x in os.listdir('./'): mo = re_mat.search(x) if mo is None: continue else: index = 'index' structure = parser.get_structure(index, x) print(structure) if __name__ == '__main__': main()

*for文のxではpdbファイルがstr型で読み込めています。

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

◎get_structureの詳細ページ
http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.PDB.PDBParser%27.PDBParser-class.html#get_structure

上記のページには下のように使い方が説明されています。

get_structure(self, id, file) source code Return the structure. Arguments: id - string, the id that will be used for the structure file - name of the PDB file OR an open filehandle

よろしくお願いいたします。

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