missing 1 required positional argument が出てしまいます

Question

前提・実現したいこと

biopythonのPDBparser.get_structureを用いて構造を読み込みたいのですが、get_structureに対して、以下のエラーが出て困っています。

発生している問題・エラーメッセージ

TypeError: get_structure() missing 1 required positional argument: 'file'

該当のソースコード

from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser as parser
import re
import os

def main():

    dirname = './PDB'
    os.chdir(dirname)
    re_mat = re.compile(r".*pdb")

    for x in os.listdir('./'):
        mo = re_mat.search(x)
        if mo is None:
            continue
        else:
            index = 'index'
            structure = parser.get_structure(index, x)
            print(structure)

if __name__ == '__main__':
    main()

＊for文のxではpdbファイルがstr型で読み込めています。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

◎get_structureの詳細ページ
http://biopython.org/DIST/docs/api/Bio.PDB.PDBParser%27.PDBParser-class.html#get_structure

上記のページには下のように使い方が説明されています。

get_structure(self, id, file)
source code 
Return the structure.

Arguments:
id - string, the id that will be used for the structure
file - name of the PDB file OR an open filehandle

よろしくお願いいたします。

Answer 1

get_structure(self, id, file)

見るべきポイントは第一引数がselfという点です。

よってインスタンス化が必要なのでは。

# as を削除
from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser

def main():
    # インスタンス化
    parser = PDBParser()
    dirname = './PDB'

    # 中略
    for x in os.listdir('./'):
            # 中略
            structure = parser.get_structure(index, x)

Comments

[achala]

umyu様

インスタンス化したところできました。
ご回答いただきありがとうございました。