Pythonのsys.exitと自分自身のリロードについて

やってやれないことはありません。

import sys
import time
import threading

def target():
    i = 0
    while True:
        print("/-\\|"[i%4]+"\r", end="")
        time.sleep(1)
        i += 1

def main():
    # th = threading.Thread(target=target)  # これだと終了しない
    th = threading.Thread(target=target, daemon=True)  # こっちにするとsys.exit()で終了する
    th.start()
    time.sleep(5)
    sys.exit()

if __name__ == "__main__":
    main()

ミソはdaemon=Trueで、公式ドキュメントにも説明があります（ちなみに、今回はpython2のドキュメントにも同じ記載があるようですが、本当はpython3を使っているならpython3のドキュメントを確認した方が良いです）。

スレッドには "デーモンスレッド (daemon thread)" であるというフラグを立てられます。 このフラグには、残っているスレッドがデーモンスレッドだけになった時に Python プログラム全体を終了させるという意味があります。フラグの初期値はスレッドを生成したスレッドから継承します。フラグの値は daemon プロパティまたは daemon コンストラクタ引数を通して設定できます。
注釈 デーモンスレッドは終了時にいきなり停止されます。デーモンスレッドで使われたリソース (開いているファイル、データベースのトランザクションなど) は適切に解放されないかもしれません。きちんと (gracefully) スレッドを停止したい場合は、スレッドを非デーモンスレッドにして、Event のような適切なシグナル送信機構を使用してください。
17.1. threading — スレッドベースの並列処理 — Python 3.6.5 ドキュメント

まあ、書いてある通り、これは強制的に終了させられるので、問題になるようなら（リソースに対してなにかやるなら）自分で制御してやる必要があります。

from os import _exit as os_exit
#os_exit()  # 色々無視してとにかく終了

# あとはこの辺を参照
from ctypes import pythonapi
pythonapi.PyThreadState_SetAsyncExc
from os import kill
from signal import pthread_kill

# ちなみにWindows限定ですがこんな殺し方もあります。
https://github.com/sakurai-youhei/T800.winthread/blob/master/T800/winthread.py

スレッドは、自分自身で終了するように考えないといけません。
たとえば、終了用のフラグかなんかを設けて、スレッド中で定期的にこれを参照し、これが立っていれば終了する、とか。

自分自身のリロードについて
DANIWEBより

python = sys.executable
os.execl(python, python, * sys.argv)

これで自分自身のリロード(再起動)ができます。