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NumPyはPythonのプログラミング言語の科学的と数学的なコンピューティングに関する拡張モジュールです。

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Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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Pythonでのガウシアンフィッティングした時のピークの位置を出力したい。

mappys

総合スコア104

NumPy

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Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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投稿2022/02/03 13:13

Pythonでのガウシアンフィッティングで以下の画像のような出力結果が得られました。この時グラフだけではなくて、フィッティングして得たそれぞれのピークの位置座標をリストに入れて出力したいです。[ピーク1,ピーク2,ピーク3]といった感じです。
グラフ上に記載する必要はなく、terminal上にprintできれば十分です。
詳しい方お力をお借りしたいです。
イメージ説明

コードは以下です。

Python

1from scipy.optimize import curve_fit 2import numpy as np 3import matplotlib.pyplot as plt 4import matplotlib.cm as cm 5import pandas as pd 6import cv2 7 8img = cv2.imread('convert.png', 0) 9img_split = np.split(img, 36) 10 11x=list(range(1500)) 12y=np.sum(img_split[0],axis=0) 13 14def func(x, *params): 15 16 #paramsの長さでフィッティングする関数の数を判別。 17 num_func = int(len(params)/3) 18 19 #ガウス関数にそれぞれのパラメータを挿入してy_listに追加。 20 y_list = [] 21 for i in range(num_func): 22 y = np.zeros_like(x) 23 param_range = list(range(3*i,3*(i+1),1)) 24 amp = params[int(param_range[0])] 25 ctr = params[int(param_range[1])] 26 wid = params[int(param_range[2])] 27 y = y + amp * np.exp( -((x - ctr)/wid)**2) 28 y_list.append(y) 29 30 #y_listに入っているすべてのガウス関数を重ね合わせる。 31 y_sum = np.zeros_like(x) 32 for i in y_list: 33 y_sum = y_sum + i 34 35 #最後にバックグラウンドを追加。 36 y_sum = y_sum + params[-1] 37 38 return y_sum 39 40def fit_plot(x, *params): 41 num_func = int(len(params)/3) 42 y_list = [] 43 for i in range(num_func): 44 y = np.zeros_like(x) 45 param_range = list(range(3*i,3*(i+1),1)) 46 amp = params[int(param_range[0])] 47 ctr = params[int(param_range[1])] 48 wid = params[int(param_range[2])] 49 y = y + amp * np.exp( -((x - ctr)/wid)**2) + params[-1] 50 y_list.append(y) 51 return y_list 52 53#初期値のリストを作成 54#[amp,ctr,wid] 55guess = [] 56guess.append([2500, 464, 170]) 57guess.append([2400, 1000, 100]) 58guess.append([2100, 1300, 100]) 59#バックグラウンドの初期値 60background = 0 61 62#初期値リストの結合 63guess_total = [] 64for i in guess: 65 guess_total.extend(i) 66guess_total.append(background) 67 68popt, pcov = curve_fit(func, x, y, p0=guess_total) 69 70fit = func(x, *popt) 71plt.scatter(x, y, s=20) 72plt.plot(x, fit , ls='-', c='black', lw=1) 73 74y_list = fit_plot(x, *popt) 75baseline = np.zeros_like(x) + popt[-1] 76for n,i in enumerate(y_list): 77 plt.fill_between(x, i, baseline, facecolor=cm.rainbow(n/len(y_list)), alpha=0.6) 78 79plt.show() 80 81コード

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jbpb0

2022/02/04 02:27

「def func(x, *params):」内の「for i in range(num_func):」のループの y = y + amp * np.exp( -((x - ctr)/wid)**2) の「ctr」が、各ピークの横軸の値だと思うので、そのforループの最後に print(ctr) を追加して実行したら、各ピークの横軸の値が表示されませんか?
mappys

2022/02/04 05:02

jbpb0様 回答誠にありがとうございます! 指摘していただいた通り、print(ctr)を加えたところ、ctrの値は得られました! ただ、最適なctrの値が得られるまで経たctrの値が全てprintされる形となりました。以下のような感じです 464 1000 1300 464.0 1000.0 1300.0 ・ ・ ・ 465.3400467007296 989.5366921257119 1318.6099804641717 この最後の3つのみを出力できれば良いのですが、結果をリストに入れて後ろから3つを取り出せば良いのかなと思い色々試しているのですが、上手くいきません。。。
jbpb0

2022/02/04 05:41

それでしたら、「def func(x, *params):」ではなく、「def fit_plot(x, *params):」内のforループの最後に追加してみてください
mappys

2022/02/04 06:30

できました!ありがとうございます!
guest

回答1

0

自己解決

「def fit_plot(x, *params):」内のforループの最後にprint(ctr)を追加して解決しました。

投稿2022/02/04 06:31

mappys

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