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RDkitを用いたSMILESからSDFの作成のときに、化合物名がSetPropsにて読み込めません。

RIKA

総合スコア8

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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投稿2023/03/18 01:39

実現したいこと

  • RDkitを用いたSMILESからSDF(化合物名、Molオブジェクト)を作成したい

前提

PythonのRDkitを用いて、SMILESをmolオブジェクトに変換し、化合物名とともにSDFファイルに保存したいのですが、Set.Pronptを用いた化合物名の保存がうまくいきません。

発生している問題・エラーメッセージ

--------------------------------------------------------------------------- AttributeError Traceback (most recent call last) Cell In [59], line 5 2 PandasTools.AddMoleculeColumnToFrame(mol_df, 'SMILES') 4 name = mol_df["ID"] ----> 5 mol.SetProp('name', name) 7 writer = Chem.SDWriter('obach_2018_moe.sdf') 8 writer.SetProps(names) AttributeError: 'str' object has no attribute 'SetProp'

該当のソースコード

Python

1mol_df = pd.read_csv('obach_2018_moe_smiles.csv', encoding='cp932')[['ID','SMILES']] 2PandasTools.AddMoleculeColumnToFrame(mol_df, 'SMILES') 3 4name = mol_df["ID"] 5mol.SetProp('name', name) 6 7writer = Chem.SDWriter('obach_2018_moe.sdf') 8writer.SetProps(names) 9 10for mol in mol_df.ROMol: 11 writer.write(mol) 12writer.close() 13

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can110

2023/03/18 02:20

エラーから、変数「mol」は意図せず文字列になっていると思います。 molに文字列を代入などしていないか確認した結果を追記ください。
RIKA

2023/03/18 02:44

コメントありがとうございます。 化合物名は文字列(dtype:object)にはなります。 ただMolオブジェクトのみをSDFに変換する以下コードではエラーが出ません。 化合物名を他の型に変更する必要があるのでしょうか? writer = Chem.SDWriter('XXX.sdf') for mol in mol_df.ROMol: writer.write(mol) writer.close()
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ベストアンサー

obach_2018_moe_smiles.csv が見当たらないので、以下の血液脳関門透過性(BBBP)データセットを使用します。

  BBBP データセット

python

1import pandas as pd 2from rdkit.Chem import PandasTools, SDWriter 3 4mol_df = pd.read_csv('BBBP.csv') 5PandasTools.AddMoleculeColumnToFrame(mol_df, 'smiles') 6 7mol_df = mol_df[mol_df['ROMol'].notnull()] 8mol_df.apply(lambda i: i['ROMol'].SetProp('name', i['name']), axis=1) 9with SDWriter('BBBP.sdf') as writer: 10 #writer.SetProps(names) 11 mol_df['ROMol'].apply(lambda mol: writer.write(mol))

投稿2023/03/18 08:48

melian

総合スコア19883

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RIKA

2023/03/18 13:14

ありがとうございます! こちらのコードを参照にして書き直したところ、うまく作動しました。 お忙しいところ、助かりました。ありがとうございました!
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