RDkitを用いたSMILESからSDFの作成のときに、化合物名がSetPropsにて読み込めません。

Question

実現したいこと

• RDkitを用いたSMILESからSDF（化合物名、Molオブジェクト）を作成したい

前提

PythonのRDkitを用いて、SMILESをmolオブジェクトに変換し、化合物名とともにSDFファイルに保存したいのですが、Set.Pronptを用いた化合物名の保存がうまくいきません。

発生している問題・エラーメッセージ

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AttributeError                            Traceback (most recent call last)
Cell In [59], line 5
      2 PandasTools.AddMoleculeColumnToFrame(mol_df, 'SMILES')
      4 name = mol_df["ID"]
----> 5 mol.SetProp('name', name)
      7 writer = Chem.SDWriter('obach_2018_moe.sdf')
      8 writer.SetProps(names)

AttributeError: 'str' object has no attribute 'SetProp'

該当のソースコード

mol_df = pd.read_csv('obach_2018_moe_smiles.csv', encoding='cp932')[['ID','SMILES']]
PandasTools.AddMoleculeColumnToFrame(mol_df, 'SMILES')

name = mol_df["ID"]
mol.SetProp('name', name)

writer = Chem.SDWriter('obach_2018_moe.sdf')
writer.SetProps(names)

for mol in mol_df.ROMol:
    writer.write(mol)
writer.close()

Comments

[can110]

エラーから、変数「mol」は意図せず文字列になっていると思います。
molに文字列を代入などしていないか確認した結果を追記ください。

[RIKA]

コメントありがとうございます。

化合物名は文字列（dtype：object）にはなります。
ただMolオブジェクトのみをSDFに変換する以下コードではエラーが出ません。
化合物名を他の型に変更する必要があるのでしょうか？

writer = Chem.SDWriter('XXX.sdf')
for mol in mol_df.ROMol:
writer.write(mol)
writer.close()

Answer 1

obach_2018_moe_smiles.csv が見当たらないので、以下の血液脳関門透過性(BBBP)データセットを使用します。

　　BBBP データセット

import pandas as pd
from rdkit.Chem import PandasTools, SDWriter

mol_df = pd.read_csv('BBBP.csv')
PandasTools.AddMoleculeColumnToFrame(mol_df, 'smiles')

mol_df = mol_df[mol_df['ROMol'].notnull()]
mol_df.apply(lambda i: i['ROMol'].SetProp('name', i['name']), axis=1)
with SDWriter('BBBP.sdf') as writer:
    #writer.SetProps(names)
    mol_df['ROMol'].apply(lambda mol: writer.write(mol))

Comments

[RIKA]

ありがとうございます！
こちらのコードを参照にして書き直したところ、うまく作動しました。
お忙しいところ、助かりました。ありがとうございました！