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Jupyter

Jupyter (旧IPython notebook)は、Notebook形式でドキュメント作成し、プログラムの記述・実行、その実行結果を記録するツールです。メモの作成や保存、共有、確認などもブラウザ上で行うことができます。

JupyterLab

JupyterLabは、Jupyter notebookの後継の対話型開発環境(IDE)です。データの可視化がインタラクティブで、プラグイン作成により新しいコンポーネントの追加および既存のコンポーネントも統合可能。サーバに閉じているため、データ分析に向いています。

Python 3.x

Python 3はPythonプログラミング言語の最新バージョンであり、2008年12月3日にリリースされました。

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JupyterLabのカーネルの再起動を自動化したい

退会済みユーザー

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Jupyter (旧IPython notebook)は、Notebook形式でドキュメント作成し、プログラムの記述・実行、その実行結果を記録するツールです。メモの作成や保存、共有、確認などもブラウザ上で行うことができます。

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JupyterLabは、Jupyter notebookの後継の対話型開発環境(IDE)です。データの可視化がインタラクティブで、プラグイン作成により新しいコンポーネントの追加および既存のコンポーネントも統合可能。サーバに閉じているため、データ分析に向いています。

Python 3.x

Python 3はPythonプログラミング言語の最新バージョンであり、2008年12月3日にリリースされました。

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投稿2022/04/16 04:40

編集2022/04/17 09:39

前提

Docker上に構築されたJupyterLab環境を使用しています。

実現したいこと

JupyterLab環境上でipynbを実行し、
入力CSVその1→計算結果CSVその1
入力CSVその2→計算結果CSVその2
...

と多数のCSVファイル(数万ファイル程度)を逐次計算するプログラムを実行しています。

計算に使用しているライブラリに既知のバグが存在し、使用しない変数をdelしてgc.collect()等を実行してもメモリが解放されません。
開発者からはメモリのリークが起きた際には適宜カーネルの再起動をするしかなく、すぐに対応するのは難しいとのことでした。
しかし、メモリリークしたタイミングで都度手動でカーネルを再起動するのはファイルの数が多いため現実的ではありません。

そこでプログラムの実行中にカーネルの再起動を何らかの方法で自動化することができないか検討しています。

試したこと

「jupyter カーネル 再起動 自動化」等で検索しましたが、目的の情報を得ることができませんでした。
pyautogui等でクリック操作を自動化することも検討していますが、可能であればプログラム上で完結させることができればと考えております。
おそらくかなり特殊なケースであると思いますが、知恵を貸していただけますと幸いです。

補足情報(FW/ツールのバージョンなど)

Windows11 Home
Docker Desktop 4.7.0
Ubuntu 20.04 (WSL2)
JupyterLab 3.1.14

解決方法

TakaiY様の提案を参考に、以下のようなシェルスクリプトを作成してpythonファイルを繰り返し実行することで解決いたしました。

bash

1#!/bin/bash 2 3for i in {1..9} 4do 5 python main.py ${i} 6done

python

1import sys 2 3i = sys.argv[1] 4filename = "inputcsv-"+i+".csv" 5計算に用いた関数(filename) 6

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回答1

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ベストアンサー

pythonの実行ファイル(pyファイル)にして、1ファイルずつなり10ファイルずつなりで起動して実行するようにしてはどうでしょう。

投稿2022/04/16 14:22

TakaiY

総合スコア12659

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退会済みユーザー

退会済みユーザー

2022/04/17 09:33

ご提案いただいた方法で解決することができました。大変ありがとうございます。
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