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Python 3はPythonプログラミング言語の最新バージョンであり、2008年12月3日にリリースされました。

Linux

Linuxは、Unixをベースにして開発されたオペレーティングシステムです。日本では「リナックス」と呼ばれています。 主にWebサーバやDNSサーバ、イントラネットなどのサーバ用OSとして利用されています。 上位500のスーパーコンピュータの90%以上はLinuxを使用しています。 携帯端末用のプラットフォームAndroidは、Linuxカーネル上に構築されています。

MacOS(OSX)

MacOSとは、Appleの開発していたGUI(グラフィカルユーザーインターフェース)を採用したオペレーションシステム(OS)です。Macintoshと共に、市場に出てGUIの普及に大きく貢献しました。

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h5pyのインストールができない

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投稿2022/03/18 06:46

編集2022/04/04 18:41

h5pyのインストールがうまくいかない

環境は

macOS Monterey 12.0
チップ Apple M1 Pro

で仮想環境にpython3.8を入れて使っています。(素人なので必要な情報が書き切れているかわかりません、じゃんじゃん聞いてください)

jupyter notebook上で

python

!pip install h5py

とインストールしようとすると

python

Collecting h5py Using cached h5py-3.6.0.tar.gz (384 kB) Installing build dependencies ... done Getting requirements to build wheel ... done Preparing metadata (pyproject.toml) ... done Requirement already satisfied: numpy>=1.14.5 in ./-name-/lib/python3.8/site-packages (from h5py) (1.22.0) Building wheels for collected packages: h5py Building wheel for h5py (pyproject.toml) ... error error: subprocess-exited-with-error × Building wheel for h5py (pyproject.toml) did not run successfully. │ exit code: 1 ╰─> [71 lines of output] running bdist_wheel running build running build_py creating build creating build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8 creating build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py copying h5py/h5py_warnings.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py copying h5py/version.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py copying h5py/__init__.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py copying h5py/ipy_completer.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py creating build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/_hl copying h5py/_hl/files.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/_hl copying h5py/_hl/compat.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/_hl copying h5py/_hl/__init__.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/_hl copying h5py/_hl/selections.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/_hl copying h5py/_hl/dataset.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/_hl copying h5py/_hl/vds.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/_hl copying h5py/_hl/selections2.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/_hl copying h5py/_hl/group.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/_hl copying h5py/_hl/datatype.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/_hl copying h5py/_hl/attrs.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/_hl copying h5py/_hl/dims.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/_hl copying h5py/_hl/base.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/_hl copying h5py/_hl/filters.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/_hl creating build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_dimension_scales.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_attribute_create.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_file_image.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/conftest.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_h5d_direct_chunk.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_h5f.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_dataset_getitem.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_group.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_errors.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_dataset_swmr.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_slicing.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_h5pl.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_attrs.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/__init__.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_attrs_data.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_h5t.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_big_endian_file.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_h5p.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_dims_dimensionproxy.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_h5o.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_datatype.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/common.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_dataset.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_file.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_selections.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_dtype.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_h5.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_file2.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_completions.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_filters.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_base.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests copying h5py/tests/test_objects.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests creating build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests/data_files copying h5py/tests/data_files/__init__.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests/data_files creating build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests/test_vds copying h5py/tests/test_vds/test_highlevel_vds.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests/test_vds copying h5py/tests/test_vds/test_virtual_source.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests/test_vds copying h5py/tests/test_vds/__init__.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests/test_vds copying h5py/tests/test_vds/test_lowlevel_vds.py -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests/test_vds copying h5py/tests/data_files/vlen_string_s390x.h5 -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests/data_files copying h5py/tests/data_files/vlen_string_dset_utc.h5 -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests/data_files copying h5py/tests/data_files/vlen_string_dset.h5 -> build/lib.macosx-10.14-arm64-3.8/h5py/tests/data_files running build_ext Loading library to get build settings and version: libhdf5.dylib error: Unable to load dependency HDF5, make sure HDF5 is installed properly error: dlopen(libhdf5.dylib, 0x0006): tried: 'libhdf5.dylib' (no such file), '/usr/local/lib/libhdf5.dylib' (no such file), '/usr/lib/libhdf5.dylib' (no such file), '/private/var/folders/1q/nfss2b5j4jbf_68hk44rlm5c0000gn/T/pip-install-ay2x7p1p/h5py_e20133e0a59b44b693f20454891be17c/libhdf5.dylib' (no such file), '/usr/local/lib/libhdf5.dylib' (no such file), '/usr/lib/libhdf5.dylib' (no such file) [end of output] note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip. ERROR: Failed building wheel for h5py Failed to build h5py ERROR: Could not build wheels for h5py, which is required to install pyproject.toml-based projects

とエラーが吐かれてしまいます。すでに

python

!brew install hdf5

としてhdf5は入っているのですが、うまく機能してくれていないようです。
丸投げで申し訳ないのですが、どうすれば改善できるのでしょうか...。

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summersault

2022/03/18 08:38

実行してみたら、また違うエラーが出てきてしまいました。 新たなエラーについてはネット上で全く同じものがいくつか質問で出ていますが、具体的な解答はどこでも得られませんでした...。改善が難しいんですかね? 質問内容を編集します、ありがとうございます!
jbpb0

2022/03/18 22:45

> '/usr/local/lib/libhdf5.dylib' (no such file), '/usr/lib/libhdf5.dylib' (no such file), '/private/var/folders/1q/nfss2b5j4jbf_68hk44rlm5c0000gn/T/pip-install-ay2x7p1p/h5py_e20133e0a59b44b693f20454891be17c/libhdf5.dylib' (no such file), '/usr/local/lib/libhdf5.dylib' (no such file), '/usr/lib/libhdf5.dylib' (no such file) 上記を探したけど見つからない、とのこと > !brew install hdf5 としてhdf5は入っている それでしたら、「libhdf5.dylib」というファイル名のファイルがどこかにインストールされてると思いますので、探してみてください https://teratail.com/questions/dqwx08mvbephn0 のtechnocoreさんの回答も参考になります (ファイル名は違いますが)
quickquip

2022/03/18 23:48

Intelバイナリを使った方が手っ取り早いのでは……と思いました
jbpb0

2022/03/19 08:41 編集

> 質問内容を編集します もともとの質問内容(error: pkg-config probably not installed)を残して、それに新たに分かったこと(error: Unable to load dependency HDF5)を追記してください
summersault

2022/03/27 01:16

サーチの入るところにファイルを置き、さらにエラーが深くなっていってしまったので、仕方なく古いintelのPCで動かすことにしました泣 ご協力ありがとうございました!
quickquip

2022/03/27 01:20

"Intelバイナリを使った方が"は、Rosetta2を有効にしたら、という意味でした。どのみちPython環境は全部作り直しですが。
summersault

2022/04/04 09:41 編集

h5py素直にはいりました... rosetta2知らなかったです、本当にありがとうございます泣

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