Apache 等の Web サーバーを用いずに certbot の認証をしたいということでしょうか。
具体的な環境が不明なので、正確な回答は難しいと思います。
お使いの環境で、DNS検証は使えますか?
使えるなら DNS 検証を使えば良いと思います。
自分で調べられる範囲では調べました
何を調べられたのかわかりませんが、公式ドキュメントに 自動でSSL処理が取得できない際に マニュアルでSSL証明書を取得する方法について記載があります。
環境が不明なのでコマンド例は記載できませんが、ドキュメントの Manual に
If you’d like to obtain a certificate running certbot on a machine other than your target webserver or perform the steps for domain validation yourself, you can use the manual plugin. While hidden from the UI, you can use the plugin to obtain a certificate by specifying certonly and --manual on the command line.
とあるように コマンドラインから
certbot certonly --manual 検証方法オプション -d example.com その他必要なオプション
のように実行して、certbot を半自動で実行して、画面に表示される検証コードを「検証方法オプション」で指定した方法で、 Web ルートディレクトリのファイルや DNS レコードに「検証コード」を登録する作業を手作業で行ってドメイン検証コードの登録部分を人手で補助することで、SSL証明書を取得できるのではないでしょうか。