PermissionError: [Errno 13] Permission denied の原因がわからないです。

Question

実現したいこと

Ubuntu：20.04
Python：3.12.1

ubuntuでjupyter notebookを使用したく、コマンド入力したところタイトルのエラーが出ました。
インストールした際には問題なく、ubuntuを再起動してからエラーが出るようになりました。

発生している問題・分からないこと

コマンド入力したところタイトルのエラーが出ました。
インストールした際には問題なく、ubuntuを再起動してからエラーが出るようになりました。

ネットで調べたところ、読み取り専用になっているか、開か入れている状態の可能性があると記載があったのですが、そもそも
'/usr/local/root-6.30.06/cmake_build/etc/notebook/migrated'
のファイルがなかったです。

エラーメッセージ

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/bin/jupyter-notebook", line 11, in <module>
    load_entry_point('notebook==6.0.3', 'console_scripts', 'jupyter-notebook')()
  File "/usr/lib/python3/dist-packages/jupyter_core/application.py", line 270, in launch_instance
    return super(JupyterApp, cls).launch_instance(argv=argv, **kwargs)
  File "/usr/lib/python3/dist-packages/traitlets/config/application.py", line 663, in launch_instance
    app.initialize(argv)
  File "<decorator-gen-7>", line 2, in initialize
  File "/usr/lib/python3/dist-packages/traitlets/config/application.py", line 87, in catch_config_error
    return method(app, *args, **kwargs)
  File "/usr/lib/python3/dist-packages/notebook/notebookapp.py", line 1761, in initialize
    super(NotebookApp, self).initialize(argv)
  File "<decorator-gen-6>", line 2, in initialize
  File "/usr/lib/python3/dist-packages/traitlets/config/application.py", line 87, in catch_config_error
    return method(app, *args, **kwargs)
  File "/usr/lib/python3/dist-packages/jupyter_core/application.py", line 245, in initialize
    self.migrate_config()
  File "/usr/lib/python3/dist-packages/jupyter_core/application.py", line 170, in migrate_config
    migrate()
  File "/usr/lib/python3/dist-packages/jupyter_core/migrate.py", line 247, in migrate
    with open(os.path.join(env['jupyter_config'], 'migrated'), 'w') as f:
PermissionError: [Errno 13] Permission denied: '/usr/local/root-6.30.06/cmake_build/etc/notebook/migrated'

該当のソースコード

jupyter notebook

試したこと・調べたこと

• teratailやGoogle等で検索した
• ソースコードを自分なりに変更した
• 知人に聞いた
• その他

上記の詳細・結果

参考にしたサイト
Qiita
https://qiita.com/rihu-do/items/a44e3d1879a485d7c477
Teratail
https://teratail.com/questions/197804

補足

特になし

Comments

[bsdfan]

単純に書き込み権限がないところにファイルを作ろうとしているように見えます。
通常はユーザのホームディレクトリ以下に作るファイルを、なぜか /usr/local/root-6.30.06/cmake_build/etc/notebook/ というところに書き込もうとしているので、その理由がわかれば解決すると思います。
環境変数 JUPYTER_CONFIG_DIR を設定していたりしませんか？

[bsdfan]

cern root を使われているみたいですね。
rootでいれたものと、もともとのpythonとで、競合しておかしな環境になっていないでしょうか。
実行しているpython(jupyter)のパスが想定しているものかどうかを確認してみてはどうでしょう。

[happy_boy]

jupyter --path
を実行したところ
config:
/usr/local/root-6.30.06/cmake_build/etc/notebook
/usr/local/etc/jupyter
/etc/jupyter
data:
/usr/local/root-6.30.06/cmake_build/etc/notebook
/home/Username/.local/share/jupyter
/usr/local/share/jupyter
/usr/share/jupyter
runtime:
/home/Username/.local/share/jupyter/runtime

と出ました。
JUPYTER_CONFIG_DIR=/config
これを試してみればよいでしょうか...？

[happy_boy]

なるほど、大学院での研究で使用していたパッケージをインストールした際に、一緒にインストールしたので競合しているのですが、、、何も理解せずにテキスト通り進めていたのでややこしくしてますね。。

[happy_boy]

コメントありがとうございます。
~/.bash_profile に
source /usr/local/root-6.30.06/cmake_build/bin/thisroot.sh
があったのでコメントアウトしてみたところ問題が解決しました！
ベストアンサーに選びたいので同じ内容を回答欄に投稿いただけますでしょうか？

[bsdfan]

解決したようで良かったです。ROOTは使ったことがなくよくわかってないので、質問者さんが試されたことを書いて、自己解決にしていただくのが良いと思います。

[happy_boy]

貴公のご指摘で解決です。。
いつかCERN のROOT 触ったときの人のために自己解決で記載しておきます！

Answer 1

CERN のROOT をインストールしており、bash_profile に

source /usr/local/root-6.30.06/cmake_build/bin/thisroot.sh

というパスを通していました。
これを読み込むとjupyter にどう影響するかが今の知識では不明ですが、このパスをコメントアウトしたところ、問題なくjupyter notebook を起動することができました。

Answer 2

[香車]東上☆あらし☆海美「
必要なファイルのバックアップを取って、OS のインストールからやり直した方が、いいかもしれません。
」

Comments

[happy_boy]

確かに特に特殊な設定とかしていないので再install したほうが早いような気もしますが
根本的な解決にはならないので一番最後ですね。