とりあえず四角形という事ですので、
LineRendererを使えば良いかと思います。
空のゲームオブジェクトに、
LineRenderer line;
void Start()
{
line = AddComponent<LineRenderer>();
// マテリアルがなければピンクの状態(表現が分かりませんが色が無い?)と同じ状態になる
line.Material = new Material(Shader.Find("Particles/Additive"));
line.SetColor(Color.white, Color.white);
line.SetWidth(1,1);
line.SetVertexCount(2);
}
void Update()
{
// 位置指定など面倒なのでカメラをOrthoGraphicにしています。
Vector2 position = Camera.main.ScreenToWorldPoint(Input.mousePosition);
for (int i=0;i < 2;i++)
line.SetPosition(i, position + new Vector2(i,i));
}
表示してマウスに追従、選択箇所からマウス位置に線を引く、というような動作ならこれを利用すれば出来るはずです。もっと複雑な事もいろいろと出来そうですが。
リファレンスにサンプルもあります。
http://docs.unity3d.com/ja/current/ScriptReference/LineRenderer.SetPosition.html
こちら側のもっと深み(ドツボ?)にはまりたければ、Mesh、MeshFilter、Shaderの自作とかに行くことになるのかな?と思います。