Python モジュール読み込みエラー インストールパスの管理

Question

基本的な質問で申し訳ないのですが、Pythonのインストール先が複数ありどうやって管理するべきなのでしょうか？MacOSX Yosemiteを使用していて、主なエディターはAtomです。わかるだけでも以下のディレクトリにインストールされています。

/usr/local/lib/python2.7/site-packages
/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7
/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7

Atom RunnerというAtom上でPythonを実行できるアドオンを使用しているのですが、この場合Pythonは上記の/Library/--のパスから読まれているみたいです。新しいモジュールをpipなどを使ってインストールすると/usr/local/--上にインストールされ、Atomから読み込むとエラーがでてしまい、手動で/usr/local/--からパッケージを/Library/--にコピーしてます。何か環境設定等で決めることができるのでしょうか？よろしければアドバスお願いします。

Answer 1

本当にはどこに格納されているのかまではまだ知らないのですが、実用上では「どこにモジュールをインストールする/どこのモジュールを読むかはpythonコマンド自身が知っている」という理解だけで十分です。
pipコマンドも「そのpipコマンドがどこにあるpythonを使っているかはpipコマンド自身が知っている」という理解で十分です。（pipの中身を見るとpipコマンドが実際はpythonスクリプトなことがわかります）

python -c 'import sys; print(sys.prefix)'

というコマンドを実行すると、そのpython自身が「自分はここにインストールされている」と判断しているパスが表示できます。

例えば、私の/usr/local/にはHomeBrew由来のpython2とpython3が、それらに対応するpipコマンドが入っています。

% head -n1 /usr/local/bin/pip3
#!/usr/local/opt/python3/bin/python3.6

ですので、このpipを実行すると/usr/local/opt/python3/bin/python3.6が使われるとわかります。

% /usr/local/opt/python3/bin/python3.6 -c 'import sys; print(sys.prefix)'
/usr/local/Cellar/python3/3.6.2/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6

と表示されます。

http://docs.python.jp/3/install/index.html#how-installation-works

をあわせて見ると、このpip3コマンドを実行すると、/usr/local/Cellar/python3/3.6.2/Frameworks/Python.framework/Versions/3.6/lib/python3.6/site-packagesにモジュールがインストールされると判断できます。
（で、ややこしいことに、上のディレクトリは/usr/local/lib/python3.6/site-packagesへのエイリアスになっています。結局インストール先は/usr/local/lib/python3.6/site-packagesです）

---

以上ごちゃごちゃと書きましたが、実際のところ
どこにあるpipコマンドを動かすかでどこにインストールされるかが決まる
どこにあるpythonコマンドを動かすかでどこにインストールされたモジュールを使うかが決まる
という判断をしておくのが一番いいと思います。

もちろん環境変数でモジュールが置かれた場所を指定できたりもしますが、複数バージョンのpythonが存在する場合にはそのやり方は邪魔にしかならないと思っています。

---

Atomからpythonスクリプトを実行すると/Library/〜のパスからモジュールが読まれているらしい、とのことですが、それはつまり「/Library/〜のパスからモジュールを読むpythonを実行している」だけの話です。
別の場所にある「/usr/local/lib/〜のパスからモジュールを読むpython」を実行するように設定を変更しましょう。
たぶん/usr/local/bin/python2でしょう。

---

atom-runnerのsettingsを読んだらわかりますが、config.csonに

'*'
  (ここには他の設定が入っている)
  'runner':
    'scopes':
      'python': '/usr/local/bin/python2'

とか書けば特定のpythonを実行させることができますよ。

Comments

[apple_pen_pen]

大変わかりやすい説明ありがとうございます！pipなどブラックボックスのように感じてましたが、中身を見るというのは目から鱗でした。仕組みを理解すれば理解できますね。わざわざAtomの設定も調べていただいてありがとうございました。先にお答えいただいた方と両方にベストアンサーをしたいのですが、申し訳ありません。もやもやがだいぶすっきりしました。

Answer 2

/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7

これはMac OS X Yosemiteに標準でインストールされているPythonです。軽く調べたところ、2.7.10がインストールされているようです。

$ /System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/bin/python
Python 2.7.10 (default, Oct 23 2015, 19:19:21) 
[GCC 4.2.1 Compatible Apple LLVM 7.0.0 (clang-700.0.59.5)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>

/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/lib/python2.7

これは恐らくpython.orgで配布しているMac用のインストーラでインストールしたPythonでしょう。
私もインストールしています。どのバージョンをインストールしているかは人によります。

$ /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/bin/python
Python 2.7.13 (v2.7.13:a06454b1afa1, Dec 17 2016, 12:39:47) 
[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5666) (dot 3)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>>

/usr/local/lib/python2.7/site-packages

私の環境にはありませんでした。
Google検索すると、homebrewがここにインストールするという公式サイトの情報がありました。他にもここにインストールするインストーラがあるのかも知れませんが、これ以上は調べていません。

新しいモジュールをpipなどを使ってインストールすると/usr/local/--上にインストールされ

consoleでは、brew?でインストールしたPythonがPATHで最初に見つかっているということですね。

Atomから読み込むとエラーがでてしまい、手動で/usr/local/--からパッケージを/Library/--にコピーしてます。

Atomは、手動でインストールしたpython.orgのpythonを参照しているということですね。

何か環境設定等で決めることができるのでしょうか？

可能性としていくつかありそうです。

1. ~/.bash_profile か ~/.bashrc でPATHを設定していて、consoleでは有効だけど、アプリはこれを見ていない可能性
2. アプリにどのPythonを使用するかの設定がある可能性
3. アプリによって実行しているpythonのエントリポイントが異なる可能性: /usr/local/bin以下のpythonはたくさんあるけど、どれを使っているのか

2と3は似たような話ですが、 ls -laF /usr/local/bin/python* を実行してみて、symlinkがどこに向いているのか確認すると何か分かるかもしれません。

あとは、問題を解決するために、brew?かpython.org公式のどちらかをアンインストールするという方法もあります。

Comments

[apple_pen_pen]

大変細かい説明ありがとうございました！プログラムを始めたての頃、よく分からずに色々とインストールしたりしたので、そういう状態になっているということなんですね。Brewやpipも違いがよく分からずに使っていましたが、これを機会に理解を深めたいと思います。アドバイスいただいた方法も試してみます。