Unity上のオブジェクトの色はMaterial(マテリアル)単位で管理されています。
オブジェクトを増やしても同じマテリアルを使っている場合、同じ色で表示されます。
なのでマテリアルを複製する必要があります。
- ヒエラルキー上に置いた3Dモデルを選択する。
- 「〜 Renderer」(3Dモデルなら恐らくSkin Renderer)というコンポーネントが付いたオブジェクトを探す。
- Materialsという配列に入ったマテリアルをクリック(Projectタブの中のマテリアルファイルが選択される)。
- Projectタブの中のマテリアルファイルを選択した状態でCtrl+D(複製)。(適宜名前を変えておく)
- 複製したマテリアルを項目3のマテリアルと入れ替える。
これで準備OKです。
色を変える場合は複製したマテリアルのパラメーターを変更してください。