Google先生に伺いました。
"インターネットオプション コマンド変更" で検索
インターネットオプションの設定をコマンド等で行うには?
と、言うことで、どうやらレジストリを変更することで、出来るらしいです。
JavaScriptの有効/無効の設定方法は?
インターネットオプションでJavaScriptの有効/無効は、
スクリプト > アクティブスクリプト を変更することで可能。
レジストリキーは、どこ?
さらに "インターネットオプション アクティブスクリプト レジストリ" で検索
上級ユーザー向けの Internet Explorer セキュリティ ゾーン関連のレジストリ エントリ
これにより、
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Zones\<ZoneNumber>
の中に各設定があり、
値 設定
------------------------------
0 マイ コンピューター
1 イントラネット
2 信頼済みサイト
3 インターネット
4 制限付きサイト
<ZoneNumber> は 3 が該当。
1400 スクリプトの実行:アクティブ スクリプト
との事で、regedit.exeで、該当箇所を見ると、インターネットオプションを手動で変更すると、
値が変わることが確認できます。

VBAでの設定方法
ふたたびGoogle先生にお伺い。"vba レジストリ 設定" で検索。
T'sWare Access Tips #283 ~任意のレジストリキーにアクセスするには?~
これによるとWIN32APIを使用して、書き換えが可能なようです。
※ここには記載がないですが、たぶん管理者モードでVBAを実行する必要がありそうです。
実際のソースコードが添付できませんが、参考までに。
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