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Matplotlib

MatplotlibはPythonのおよび、NumPy用のグラフ描画ライブラリです。多くの場合、IPythonと連携して使われます。

Python 3.x

Python 3はPythonプログラミング言語の最新バージョンであり、2008年12月3日にリリースされました。

Python

Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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pythonで大量のファイル処理時のメモリオーバーフロー

Pinkman1112

総合スコア4

Matplotlib

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投稿2022/05/21 05:57

編集2022/05/21 07:54

python3.9.7を使用しています。ほぼ初心者です。

数値データが入った大量のバイナリファイル(800kbがおおよそ10000個ほど)を読み込んでそれぞれをmatplotlibで画像ファイルとして書き出したいと考えております。(実際は書き出す必要はないのですが中身の確認のため)

そこで以下のようにforループを用いて一回のループでファイルを開いて処理しているのですが、7000回くらい回ったところでメモリが溢れてkillされてしまいます。

原因と解決策を教えていただきたいです。
ちなみにパソコンはmacbook pro14(2021)を使用しております。

import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt import glob import os from natsort import natsorted def loadconfig(): with open('Setting.txt','r') as f: setting = np.loadtxt(f,skiprows = 10) return setting def readbynary(path): with open (path,'rb') as fb: fb.seek(4) data = np.frombuffer(fb.read(),dtype='float64') return data def savefig(title,data,time): x = time y = data plt.figure(dpi=50,figsize=(9,6)) plt.plot(x,y,label="data") plt.xlabel("time [s]") plt.ylabel("volt [V]") plt.title(title) plt.legend() plt.savefig(title+'.jpeg') if __name__ == '__main__': setting = loadconfig() rate = int(setting[2]) samples = int(setting[4]) time = np.arange(0,1/rate*samples,1/rate) files = natsorted(glob.glob('CH0_pulse/rawdata/CH0_*.dat')) for i in files: print(i) data = readbynary(i) time_2 = np.arange(0,len(data),1) from libs.graugh import savefig,showfig p=i.replace('rawdata','picture') savefig(p,data,time_2)
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melian

2022/05/21 08:05

savefig(p,data,time_2) の直後に(for loop の内部)、 del data gc.collect() を入れるとどうなるでしょうか(スクリプトの最初に import gc を追加して下さい)。
退会済みユーザー

退会済みユーザー

2022/05/21 08:59

melicanさんのコメントの対応に加え、 念のため以下の文をスクリプトの初めの方に移してください。 (実際メモリがどうなっているかはわかりませんが、毎度importするところに違和感を感じます) from libs.graugh import savefig,showfig
Pinkman1112

2022/05/21 11:37

お返事ありがとうございます。 del data gc.collect() を加えて実行してみたところ初めは快適に回っていたのですが徐々に遅くなり、2000回ほど回ったところで一秒間に1回ほどしか回らない速度になりました。その分メモリの使用率の上昇はなだらかになりやがて一定になりましたが、この速度で回すのは正直きついところがあります。 上記のコードは一回のループごとにdataをクリアしてメモリを解放しているそうなので実行速度が遅くなることはわかりますが、それでメモリの使用率が上昇する理屈がわからないのですが、教えていただけないでしょうか? from libs.graugh import savefig,showfig を最初に書くというのは実行されるごとにオーバヘッドが発生するからということでしょうか? プログラミングは始めたばかりなので初歩的な質問になりますが、importするときは全部初めに書いておけば良いでしょうか?
退会済みユーザー

退会済みユーザー

2022/05/21 22:37 編集

Pinkman1112さん > オーバヘッドが発生するからということでしょうか? やっていないので確証はありませんが、一度使えばいい処理が何度もfor文の中で使われると、オーバーヘッドしたら嫌だなぁという気持ちがわいてきます。 > importするときは全部初めに書いておけば良いでしょうか? 一般的な書き方(お行儀?)としては、プログラムの頭の方にimportを並べる人が多いです。何を使うか一目でわかるから、という理由かもしれません。ほかの人に見てもらうプログラムの場合、初めの方にimportを固めた方が見る人がげんなりしにくくなります(importが散在していると、厳しい人ならブツブツ言いそうな書き方です)。 ただ、エラーが起きた時の対処(どうせ後はexit()するしかない)の時だけは、エラーをトラップした先で以下のようにimportする例も見ます。 except Exception as error:   import traceback   traceback.print_exc()
Pinkman1112

2022/05/22 07:02

大変勉強になりました。ありがとございます。
guest

回答1

0

ベストアンサー

figureを、最初にひとつ作って、それを使い回すのがいいと思います。

参考 https://qiita.com/uz29/items/dd2e4c4fb2acaee5a93d

下記だとsavefigする場合は完全にはメモリリークは防げないようです
figureをクリア(plt.clf())したり、クローズ(plt.close())する必要があります。

この記事が参考になるかと思います。https://qiita.com/Masahiro_T/items/bdd0482a8efd84cdd270

投稿2022/05/21 12:34

編集2022/05/21 12:43
bsdfan

総合スコア4637

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Pinkman1112

2022/05/22 07:03

上記の通りするとメモリリークすることなく実行できました。 ありがとうございます。
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