jupyter notebook のエラー -- ImportError: ./my

Dockerを用いて， jupyter/datascience-notebook （debian:jessieがベース）の上に，今までmacOS上で行っていた jupyterの作業を行おうとしたのですが，

shell
1ImportErrorTraceback (most recent call last)
2<ipython-input-1-ee98d8f91af9> in <module>()
3     35 # 自作外部ファイル
4     36 # $PYTHON_PROGRAM/my_func.pyx
5---> 37 import my_func as mf
6     38 # $PYTHON_PROGRAM/my_setting.py
7     39 import my_setting as st
8
9ImportError: ./my_func.so: invalid ELF header

とのエラーが出てしまいました．
ご教授いただけると助かります．

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回答1件

ベストアンサー

my_func.soをコンパイルし直す必要があるのではないでしょうか？

投稿2016/12/03 01:56

編集2016/12/03 01:58

MasashiKimura

総合スコア1150

simasima

2016/12/03 04:03

ありがとうございます． mac上でコンパイルしたものをそのままDocker上の環境に利用したのことが問題のようでした．その点は理解したのですが，DockerのDebian上でコンパイルをすると，以下のようなコメントが返ってきます． jovyan@be53e2c81a6a:/notebooks$ python setup.py build_ext --inplace running build_ext skipping 'my_func.c' Cython extension (up-to-date) building 'my_func' extension creating build/temp.linux-x86_64-3.5 gcc -pthread -Wsign-compare -DNDEBUG -g -fwrapv -O3 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I/opt/conda/include/python3.5m -c my_func.c -o build/temp.linux-x86_64-3.5/my_func.o gcc -pthread -shared -L/opt/conda/lib -Wl,-rpath=/opt/conda/lib,--no-as-needed build/temp.linux-x86_64-3.5/my_func.o -L/opt/conda/lib -lpython3.5m -o /notebooks/my_func.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so そして，jupyterでプログラムを動かすと ImportError: No module named my_func となります．どうやら skipping 'my_func.c' Cython extension (up-to-date) にあるように，Cythonの手順がスキップされているためだと考えられるのですが... よくわかりません...

MasashiKimura

2016/12/03 04:07

一度 my_func.so を消す必要があるのだと思います。

simasima

2016/12/03 04:16

それは行ってみたのですが，うまくいきません...

MasashiKimura

2016/12/03 04:19

うーん、 touch my_func.c とかどうでしょうか？

simasima

2016/12/03 04:25

うまくいかないですね... 相変わらず my_func モジュールがないと言われてしまいます．

MasashiKimura

2016/12/03 04:27

ひょっとして、PYTHON_PATHを設定していないのではないでしょうか？

MasashiKimura

2016/12/03 04:30

あとは、ファイル名が気になりますね。 /notebooks/my_func.cpython-35m-x86_64-linux-gnu.so これを my_func.so に変えてみてはどうでしょう？

simasima

2016/12/03 04:35

そうですね！python2系と３系が混ざっていることが問題かもしれません．頑張ってみます

MasashiKimura

2016/12/03 04:37

そういえば 35mって書いてますね。（今気づいた）

simasima

2016/12/03 05:24 編集

うまくいきました！ python２系のcythonが入っていなかったので， sudo apt-get install cython として導入したのち，ちゃんとパスをpython2.7の方に通して python setup.py build_ext --inplace としたらできました．ありがとうございます！ちなみに python3系は sudo apt-get install cython3 ２系は RUN sudo apt-get install cython なのですね，知りませんでした．

MasashiKimura

2016/12/03 05:24

良かったですね！

simasima

2016/12/03 05:26

ちなみに python3系は sudo apt-get install cython3 ２系は RUN sudo apt-get install cython なのですね，知りませんでした...

simasima

2016/12/03 09:01

追記です。いつか同じことでハマった人のために Cythoning の手順がスキップする問題ですが、setup.cfg というファイルに [build_ext] force=1 と書いて保存したところ、スキップされなくなりました。

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