前提
目的
都道府県別に集められた被験者達の体重を時系列で確認すること。
入力
下記構成のcsvファイル
- ファイル名は「<被験者番号>.csv」(「0.csv」であれば被験者番号が「0」の被験者のファイル)
- ヘッダーは「date」と「weight」
- 「date」には体重を計測した日付が入力されている
- 読み込むcsv全てで同じ日付となっている
- 日付の重複はない
- 「weight」には計測した日付の体重が入力されている
出力
- ファイル名は「<都道府県>.csv」(「Tokyo.csv」のようにする)
- ヘッダーは「Examinee Number」と「20xx-xx-xx(計測したすべての日付をヘッダーとする)」
- 「Examinee Number」には被験者番号が入力する
- 「20xx-xx-xx」には被験者の体重を入力する
ディレクトリとファイル
- Users/user/data/Tokyo/0.csv
- Users/user/data/Tokyo/1.csv
- Users/user/data/Osaka/0.csv
- Users/user/data/Osaka/1.csv
実現したいこと
- 都道府県で階層分けされたディレクトリから<被験者番号>.csvを読み込む
- データフレームのリストを作成してconcatで結合して<都道府県>.csvを出力する
該当のソースコード
python
1import pandas as pd 2import datetime 3import os 4import glob 5from pathlib import Path 6 7# <被験者番号>.csvが格納されているディレクトリのパスをリスト 8csv_path_str = [ 9 '/Users/user/data/Tokyo', 10 '/Users/user/data/Osaka', 11 ] 12 13csv_path = [] 14for p in csv_path_str: 15 csv_path.append(Path(p)) 16 17# <被験者番号>.csvのパスをリスト 18csvs = [] 19for path in csv_path: 20 csvs.append(list(path.glob('*.csv'))) 21 22# ここからがどうすれば良いのか分からない部分です。。。 23df_list = [] 24df_list_list = [] 25for i in range(len(csvs)): 26 for csv in csvs[i]: 27 28 df = pd.read_csv(csv, index_col=0) 29 30 # インデックスが被験者番号、カラムが日付、バリューが体重のデータフレームを出力するので 31 # あらかじめカラムインデックスを被験者番号に変えておく 32 basename_without_ext = os.path.splitext(os.path.basename(csv))[0] 33 df = df.rename(columns={'weight': basename_without_ext}) 34 35 # ここでcsvs[0]時、Tokyoディレクトリの<被験者番号>.csvが読み込まれている想定なので、 36 # df_listには東京の被験者のデータがデータフレームとしてリストされていっている想定 37 df_list.append(df) 38 39 df_list_list.append(df_list) 40 41# 出力結果は4 42print(len(df_list)) 43 44# 出力結果は2 45print(len(df_list_list)) 46
発生している問題・エラーメッセージ
df_listは、
[0.csvの内容のデータフレーム, 1.csvの内容のデータフレーム]
のようなリストに、
df_list_listは
[[Tokyoの0.csvの内容のデータフレーム, Tokyoの1.csvの内容のデータフレーム],
[Osakaの0.csvの内容のデータフレーム, Osakaの1.csvの内容のデータフレーム]]
のようなリストにして後段の処理でconcatによる結合をしたいのですが、
どのようにすれば上記のようなリストになるのかが分かりません。。。
補足情報(FW/ツールのバージョンなど)
python 3.8.13
pandas 1.4.3
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2022/08/20 02:21