これは、Git自体の設定なのでコマンドラインでします。
コマンドラインで
git config --global core.autocrlf false
とするか、
git config --global core.autocrlf input
としてみましょう。設定ファイルをいじるならC:\Users\ユーザ名\.gitconfigファイルの
の所をinputかfalseに変えても直ると思います。
#Inputとfalse、trueの違い
trueは、チェックアウトするときはLFをCRLFに変換します。コミットする時はCRLFをLFに変換します。
inputは、チェックアウトするときには変換しませんがコミットする時はCRLFをLFに変換します。
falseは変換しません。
チェックアウトのところはクローンしても同じです。