1列ずつ取り出すにはどうすればいいのでしょうか？

Question

前提・実現したいこと

ni = collections.Counter(result)
をprint(ni)で出力すると、
Counter({'A': 4})
Counter({'A': 4, 'C': 3, 'D': 1})
Counter({'A': 4, 'C': 3, 'D': 3, 'E': 2})
Counter({'A': 5, 'C': 4, 'D': 4, 'E': 3})
となってしまうのですが
Counter({'A': 4})　(1列目がAが4つあるのでこうなります)
Counter({'C': 3, 'D': 1})　(2列目はCが3つ、Dが1つあるのでこうなります)
Counter({'D': 2, 'E': 2})　(3列目はDが2つ、Eが2つあるのでこうなります)
Counter({'A': 1, 'C': 1, 'D': 1, 'E': 1})　(4列目はAが1つ、Cが1つ、Dが1つ、Eが1つあるのでこうなります)
のように出力したいです。

ちなみに、fasの中身は

P0

ACDE

Q2

ACDD

P4

ACEC

Q

ADEA
です。

該当のソースコード

import math
import collections

f = open('fas','r')

seq = ""
result = ""
q = []
shannon = []

for line in f:
       if '>' in line:
             if seq == "":
                  continue
             p = list(seq.replace("\n",""))
             q.append(p)
             seq = ""
       else:
             seq += line

q.append(list(seq.replace("\n","")))

num = len(q)

e = 0
i = 0

for e in range(len(q[0:4])):
    for i in range(len(q)):
        result += q[i][e]
        i += 1
    e += 1

    ni = collections.Counter(result)
    print(ni)

    for j in ["A","C","D","E","F","G","H","I","K","L","M","N","P","Q","R","S","T","V","W","Y","-"]:
        pi = ni[j]/num
        if pi > 0:
            shannon.append(float(pi*math.log(pi,2)))
    print(-sum(shannon))

Answer 1

こういう感じです。

from collections import Counter

with open('fas', 'r') as f:
    q = [line for line in f.read().split('\n') if len(line)>0 and line[0] != '>']

ni = [Counter(c) for c in zip(*q)]

print(ni)

実行結果

>>> print(q)
['ACDE', 'ACDD', 'ACEC', 'ADEA']
>>>
>>> ni = [Counter(c) for c in zip(*q)]
>>>
>>> print(ni)
[Counter({'A': 4}), Counter({'C': 3, 'D': 1}), Counter({'D': 2, 'E': 2}), Counter({'E': 1, 'D': 1, 'C': 1, 'A': 1})]

Comments

[退会済みユーザー]

いつも回答していただきありがとうございます。
ppaul様の言う通りにやったら得たかった結果を得ることができました。
しかし、リストで取り出すと後のコードでエラーが出てしまうのですがリスト以外でエラーの出ない方法などありましたら、教えていただきたいです。
エラーの表示は以下の通りです。
[Counter({'A': 4}), Counter({'C': 3, 'D': 1}), Counter({'D': 2, 'E': 2}), Counter({'E': 1, 'D': 1, 'C': 1, 'A': 1})]
Traceback (most recent call last):
File "", line 32, in <module>
pi = ni[j]/num
TypeError: list indices must be integers or slices, not str

Answer 2

from collections import Counter
import math

q = []
with open('fas', 'r') as f:
    for line in f:
        if line[0] == '>': continue
        q.append([*line.strip()])

ni = list(map(Counter, map(list, zip(*q))))

num = len(ni)
pattern = 'ACDEFGHIKLMNPQRSTVWY-'
for i in range(num):
    shannon = []
    for j in pattern:
        pi = ni[i][j]/num
        if pi > 0:
            shannon.append(float(pi*math.log(pi, 2)))
    print(f'{i}: {-sum(shannon)}')

#
0: -0.0
1: 0.8112781244591328
2: 1.0
3: 2.0

Comments

[退会済みユーザー]

ご回答ありがとうございます。melian様のおっしゃる通りにコードを書いたら得たかった結果を出力できたのですが、リストで作成すると以下のようなエラーが出てしまいます。エラーの出ない方法も教えていただけたら恐縮です。
[Counter({'A': 4}), Counter({'C': 3, 'D': 1}), Counter({'D': 2, 'E': 2}), Counter({'E': 1, 'D': 1, 'C': 1, 'A': 1})]
Traceback (most recent call last):
File "", line 32, in <module>
pi = ni[j]/num
TypeError: list indices must be integers or slices, not str

[melian]

後半部分を追加してみました。

Answer 3

resultに各列の情報を入れていますが、行が進んでもresultの中身をそのままにしているからそうなります。

行のカウントが終ったところで、resultを空にすればいいでしょう。

Comments

[退会済みユーザー]

resultを空にするというのはresult += 1とするということでしょうか？

[TakaiY]

空にするのですから、
result=""
ですね。