発生している問題・エラーメッセージ
syntax errorになってしまったのですがなぜここでエラーが出ているのか分かりません。
File "", line 22 num = len(q) ^ SyntaxError: invalid syntax
###コード
import math
import collections
f = open('f.fas','r')
seq = ""
result = ""
q = []
shannon = []
for line in f:
if '>' in line:
if seq == "":
continue
p = list(seq.replace("\n",""))
q.append(p)
seq = ""
else:
seq += line
q.append(list(seq.replace("\n",""))
num = len(q)
for e in range(len(q[0])):
for i in range(len(q)):
result = result + q[i][e]
ni = collections.Counter(result)
for j in ["A","C","D","E"]: pi = ni[j]/num if pi > 0: shannon.append(float(pi*math.log(pi,2))) print(-sum(shannon))
コードの挿入機能を使いましょう。
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