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spectrum

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あるソフトを使いシミュレーションをしています.そのシミュレーションではlogファイルが生成され,各時刻と平均の物理量の値が記述されています.(ここでは,logファイルのStep10000000と平均の物理量の出力を示します)

Step           Time         Lambda
       10000000    20000.00000        0.00000

   Energies (kJ/mol)
          Angle Ryckaert-Bell.          LJ-14     Coulomb-14        LJ (SR)
    1.74534e+03    1.21686e+03    3.31581e+02    5.58629e+03    1.95751e+04
   Coulomb (SR)   Coul. recip.      Potential    Kinetic En.   Total Energy
   -1.68797e+05    3.03112e+03   -1.37311e+05    4.78316e+04   -8.94791e+04
    Temperature Pressure (bar)   Constr. rmsd
    4.69443e+02    1.19866e+02    6.22376e-06

        <======  ###############  ==>
        <====  A V E R A G E S  ====>
        <==  ###############  ======>

        Statistics over 10000001 steps using 100001 frames

   Energies (kJ/mol)
          Angle Ryckaert-Bell.          LJ-14     Coulomb-14        LJ (SR)
    1.77635e+03    1.05064e+03    2.98819e+02    5.73837e+03    1.94332e+04
   Coulomb (SR)   Coul. recip.      Potential    Kinetic En.   Total Energy
   -1.68899e+05    3.05330e+03   -1.37548e+05    4.82052e+04   -8.93433e+04
    Temperature Pressure (bar)   Constr. rmsd
    4.73109e+02    1.53707e+01    0.00000e+00

          Box-X          Box-Y          Box-Z
    5.25862e+00    5.25862e+00    5.25862e+00

ここで,平均(averages)のTemperature,Pressure(bar),Box-Xの値を抽出したいのですが,どのようにできるでしょうか?

python(かawk)でのやり方を教えて頂けると嬉しいです.
概略だけでも教えて頂けると嬉しいです.(正規表現は勉強中です)
簡単すぎる質問でしたら申し訳ないです.

pythonでと書いたのは,pythonを覚えていこうと思い,使いながら覚えていきたいと思ったからです.
よろしくお願いします.

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  • spectrum

    2016/06/02 19:30

    ありがとうございます.1.はい.step1からstep10000000まで同じファイルの中に上から順番に記録され,最後にAVERAGEが現れます.
    2.はい.空白タブ改行は,上のものと全く同じです.

    自分で考えたことが少なすぎました.申し訳ないです.

    キャンセル

  • lightson

    2016/06/02 19:38

    データはたくさんありますが、 それは無視して
    平均(averages)のTemperature,Pressure(bar),Box-X を取ればいいのですか?

    キャンセル

  • spectrum

    2016/06/03 10:48

    おっしゃる通り,平均(averages)のTemperature,Pressure(bar),Box-Xを取得したいです.
    返事遅れてすみません

    キャンセル

回答 1

checkベストアンサー

+1

ログファイルが想定してものであれば、こんな感じで取り出せます。

import os

mypath = os.getcwd()
f = open(os.path.join(mypath,"log.txt"),"r")
mytxt = []
myflag = 0
# avereage 以下の行をリストにする
for line in f:
    if "A V E R A G E S" in line:
        print line
        myflag = 1
    if myflag == 1:
        mytxt.append(line)

# 行数と内容をプリント      
for i,line in enumerate(mytxt):
    print i, line

#ほしいデータは11,14行目にあるので、スプリットして取り出す。データは文字列。
print "Temperature: ",mytxt[11].split()[0]
print "Pressure(bar): ",mytxt[11].split()[1]
print "Box-X: ",mytxt[14].split()[0]


# Temperature と Box-Xの位置を調べ、次の行をスプリットしてデータを取り出す。
j = 0
k = 0
for i,line in enumerate(mytxt):
    if "Temperature" in line:
        j = i
    if "Box-X" in line:
        k = i
    if i == j + 1:
        temperature = line.split()[0]
        pressure = line.split()[1]
    if i == k + 1:
        box_x = line.split()[0]
# floatに変換してプリント        
print float(temperature),float(pressure),float(box_x)

結果
Temperature:  4.73109e+02
Pressure(bar):  1.53707e+01
Box-X:  5.25862e+00
473.109 15.3707 5.25862

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  • 2016/06/03 10:47

    ありがとうございます.
    丸投げしてすみませんでした.
    ここから学べることがとてもたくさんあるので(AVERAGE以下からの始め方,スプリットの仕方,データをfloatに変換すること),学び,考えられるようになって出直してきます.

    キャンセル

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