logファイルから情報を抽出して他のファイルに出力する

Question

あるソフトを使いシミュレーションをしています．そのシミュレーションではlogファイルが生成され，各時刻と平均の物理量の値が記述されています．（ここでは，logファイルのStep10000000と平均の物理量の出力を示します）

           Step           Time         Lambda
       10000000    20000.00000        0.00000

   Energies (kJ/mol)
          Angle Ryckaert-Bell.          LJ-14     Coulomb-14        LJ (SR)
    1.74534e+03    1.21686e+03    3.31581e+02    5.58629e+03    1.95751e+04
   Coulomb (SR)   Coul. recip.      Potential    Kinetic En.   Total Energy
   -1.68797e+05    3.03112e+03   -1.37311e+05    4.78316e+04   -8.94791e+04
    Temperature Pressure (bar)   Constr. rmsd
    4.69443e+02    1.19866e+02    6.22376e-06

        <======  ###############  ==>
        <====  A V E R A G E S  ====>
        <==  ###############  ======>

        Statistics over 10000001 steps using 100001 frames

   Energies (kJ/mol)
          Angle Ryckaert-Bell.          LJ-14     Coulomb-14        LJ (SR)
    1.77635e+03    1.05064e+03    2.98819e+02    5.73837e+03    1.94332e+04
   Coulomb (SR)   Coul. recip.      Potential    Kinetic En.   Total Energy
   -1.68899e+05    3.05330e+03   -1.37548e+05    4.82052e+04   -8.93433e+04
    Temperature Pressure (bar)   Constr. rmsd
    4.73109e+02    1.53707e+01    0.00000e+00

          Box-X          Box-Y          Box-Z
    5.25862e+00    5.25862e+00    5.25862e+00

ここで，平均（averages）のTemperature，Pressure(bar)，Box-Xの値を抽出したいのですが，どのようにできるでしょうか？

python（かawk）でのやり方を教えて頂けると嬉しいです．
概略だけでも教えて頂けると嬉しいです．（正規表現は勉強中です）
簡単すぎる質問でしたら申し訳ないです．

pythonでと書いたのは，pythonを覚えていこうと思い，使いながら覚えていきたいと思ったからです．
よろしくお願いします．

Comments

[lightson]

1.ログファイルは一つのファイルの中で、上の内容が繰り返されるのでしょうか。それともこの内容のファイルがたくさんできるのでしょうか。
２．ログファイルの内容は、空白やタブ、改行なども上のものと同じと考えていいですか。

[spectrum]

ありがとうございます．1．はい．step1からstep10000000まで同じファイルの中に上から順番に記録され，最後にAVERAGEが現れます．
2．はい．空白タブ改行は，上のものと全く同じです．

自分で考えたことが少なすぎました．申し訳ないです．

[lightson]

データはたくさんありますが、　それは無視して
平均（averages）のTemperature，Pressure(bar)，Box-X　を取ればいいのですか？

[spectrum]

おっしゃる通り，平均（averages）のTemperature，Pressure(bar)，Box-Xを取得したいです．
返事遅れてすみません

Answer 1

ログファイルが想定してものであれば、こんな感じで取り出せます。

import os

mypath = os.getcwd()
f = open(os.path.join(mypath,"log.txt"),"r")
mytxt = []
myflag = 0
# avereage 以下の行をリストにする
for line in f:
    if "A V E R A G E S" in line:
        print line
        myflag = 1
    if myflag == 1:
        mytxt.append(line)
        
# 行数と内容をプリント      
for i,line in enumerate(mytxt):
    print i, line

#ほしいデータは11,14行目にあるので、スプリットして取り出す。データは文字列。
print "Temperature: ",mytxt[11].split()[0]
print "Pressure(bar): ",mytxt[11].split()[1]
print "Box-X: ",mytxt[14].split()[0]


# Temperature と Box-Xの位置を調べ、次の行をスプリットしてデータを取り出す。
j = 0
k = 0
for i,line in enumerate(mytxt):
    if "Temperature" in line:
        j = i
    if "Box-X" in line:
        k = i
    if i == j + 1:
        temperature = line.split()[0]
        pressure = line.split()[1]
    if i == k + 1:
        box_x = line.split()[0]
# floatに変換してプリント        
print float(temperature),float(pressure),float(box_x)

結果
Temperature:  4.73109e+02
Pressure(bar):  1.53707e+01
Box-X:  5.25862e+00
473.109 15.3707 5.25862

Comments

[spectrum]

ありがとうございます．
丸投げしてすみませんでした．
ここから学べることがとてもたくさんあるので（AVERAGE以下からの始め方，スプリットの仕方，データをfloatに変換すること），学び，考えられるようになって出直してきます．