ゲームパッドの接続方法(Bluetooth, USB)によってボタン割り当てが変わるのはおかしいこと？

現在Unityで3Dゲームを作っていて、ゲームパッドにも対応させようとしています。

一年ほど前に出た新しいInput Systemを使用してパッド対応させています。

Ladmer Technologies, Inc.製のController Testerを使用してボタン割り当てのチェックを行いました。
すると同じコントローラーでもUSBで接続するか、Bluetoothで接続するかで割り当てが変わっていることに気が付きました。

USBで接続したときの割り当て

ボタン番号	コントローラーのボタン
0	A
1	B
2	X
3	Y
6	マイナス
7	プラス

Bluetoothで接続したときの割り当て

ボタン番号	コントローラーのボタン
0	A
1	X
2	B
3	Y
8	マイナス
9	プラス

このように、USBではABXYの順で、BluetoothではAXBYという順番であることがわかるのですが、これはコントローラーの不具合(格安のコントローラーのためこの可能性あり)か、意図してこうなっているのかよくわかりません。
また、左joystickを上に向けたとき、どういうわけか割り当てがnegativeになります（USB・Bluetoothどちらも）。そのため、古いInput SystemのInput.GetAxis("Vertical")ではスティックを上に向けているのに負の数が帰ります。

この場合、USBがほかのコントローラーと同じそう(なんとなく)なので、USB向けに開発を進めた方がいいと思いますか？

普段コントローラーでゲームしないので詳しい方回答お願いします。