分類別にグループ別けされたチェックボックスの選択および解除を行いたい

class を使ったほうが良いと思いますが、使わないならこんな感じでしょうか

<div>
    <p><input type="checkbox"/>【大分類】和食</p>
    <div>
        <p><input type="checkbox"/>【中分類】麺類</p> 
        <div>
            <p><input type="checkbox" />そば</p> 
            <p><input type="checkbox" />うどん</p> 
        </div>
        <p><input type="checkbox"/>【中分類】肉料理</p>
        <div>
            <p><input type="checkbox" />焼き鳥</p> 
            <p><input type="checkbox" />焼肉</p>
        </div>
        <p><input type="checkbox"/>【中分類】ご飯物</p>
        <div>
            <p><input type="checkbox" />ライス</p> 
            <p><input type="checkbox" />親子丼</p>
        </div>
    </div>
</div>
<div>
    <p><input type="checkbox"/>大分類・洋食</p> 
    <div>
        <p><input type="checkbox"/>【中分類】麺類</p> 
        <div>
            <p><input type="checkbox" />パスタ</p> 
        </div>
        <p><input type="checkbox"/>【中分類】肉料理</p> 
        <div>
            <p><input type="checkbox" />ステーキ</p> 
            <p><input type="checkbox" />ハンバーグ</p> 
        </div>
        <p><input type="checkbox"/>【中分類】ご飯物</p> 
        <div>
            <p><input type="checkbox" />パエリア</p>
        </div>
    </div>
</div>
<script>
$("input").on("change", function(eve){
    var checked = this.checked
    $(this).parent().next("div").find("input").prop("checked", checked)
})
</script>

p タグの次にある div の中の input をまとめて書き換えるという仕組みです

URL はサッとみただけなのでやりたいことと違ってるかもです

jQueryを利用するとシンプルに実装できます。
下記のような実装イメージですが、いかがでしょうか。

• jqueryでチェックボックスを一括変更する方法

上記ページではグループ化を行う複数のチェックボックス（inputタグ）をdivタグで囲い、divタグにIDを付与してdivに属するinputタグのcheck属性を操作しています。

divタグ＝グループとして複数定義することも可能です。