Ubuntu20.04.1におけるOpenMPIの複数マシン並列実行ができない

Question

前提・実現したいこと

Hyper-VでUbuntu 20.04.1のマシンを2台作成し2台間でOpenMPIの実行を試みようを思いましたが実行ができません.

• 2台のマシン間で双方向のパスワード無しRSA認証でsshができるようにはなっています.
• 環境変数もPATH, LD_LIBRARY_PATH(, MANPATH)が通っており
• カレントディレクトリでコンパイルが通る(PATHのディレクトリはあっている)ことは確認しており
• hostfileを引数に入れずに単一マシン実行はできます.
• 子機の同一ディレクトリにも同じ実行ファイルは置かれています.
• firewall(ufw), selinuxは無効化済みです.

パッケージは公式から4.0.5を取得しコンパイルしました.

また同様の手順でCentOS8でコンパイル・実行したところ正常に動作しました.

発生している問題・エラーメッセージ

hoge@machine01:~$ mpirun -v -hostfile host ompi-001.exe
bash: orted: command not found
--------------------------------------------------------------------------
ORTE was unable to reliably start one or more daemons.
This usually is caused by:

* not finding the required libraries and/or binaries on
  one or more nodes. Please check your PATH and LD_LIBRARY_PATH
  settings, or configure OMPI with --enable-orterun-prefix-by-default

* lack of authority to execute on one or more specified nodes.
  Please verify your allocation and authorities.

* the inability to write startup files into /tmp (--tmpdir/orte_tmpdir_base).
  Please check with your sys admin to determine the correct location to use.

*  compilation of the orted with dynamic libraries when static are required
  (e.g., on Cray). Please check your configure cmd line and consider using
  one of the contrib/platform definitions for your system type.

* an inability to create a connection back to mpirun due to a
  lack of common network interfaces and/or no route found between
  them. Please check network connectivity (including firewalls
  and network routing requirements).
--------------------------------------------------------------------------

該当のソースコード

直接関係はありませんが載せておきます

#include <mpi.h>
#include <stdio.h>

int main(int argc, char **argv)
{
	int rank = 0;
	int size = 0;

	MPI_Init(&argc, &argv);

	MPI_Comm_rank(MPI_COMM_WORLD, &rank);
	MPI_Comm_size(MPI_COMM_WORLD, &size);
	printf("rank = %d size = %d\r\n", rank, size);

	MPI_Finalize();

	return 0;
}

補足情報

Windows10 Pro Hyper-V
Hyper-V Gen.2 Ubuntu 20.04.1
OpenMPI-4.0.5

Answer 1

原因はsshでコマンドのリモート実行においてPATHが通っていないことが原因でした.

bash: orted: command not found

となっているのはsshのリモート実行だとPATHが通っていない状態だからでして

ssh xx.xx.xx.xx _FULL_PATH_TO_MPIRUN_ openmpi-001.exe

とすることで解決できました.

なぜsshによるリモート実行により.profileと.bashrcにPATHを通してあるにもかかわらず環境変数を読み込まないのかは解決できませんでした.
この件はまたお願いします.