Q&A
リンクは「リンクの挿入」で記入してください。
前提・実現したいこと
PCA解説 sklearnで主成分分析を試してみよう！
上記のサイトのソースコードをコピペしてPCAを実行しましたが、
エラーがでましたのでそれを解決したいです。
発生している問題・エラーメッセージ
--------------------------------------------------------------------------- ValueError Traceback (most recent call last) <ipython-input-31-8a964de16c1f> in <module> 38 39 # embed3dはT-SNEで作った三次元のデータフレームです。 ---> 40 embed3d.iplot(kind="scatter3d", # 種類=3D散布図 41 x="X", y="Y", z="Z", # x軸,y軸,z軸を指定 42 mode="markers", # プロットの見た目を変える指定です ValueError: Invalid value of type 'numpy.int32' received for the 'name' property of scatter3d Received value: 0 The 'name' property is a string and must be specified as: - A string - A number that will be converted to a string
該当のソースコード
python
1from matplotlib import pyplot as plt 2 3import numpy as np # Pythonで機械学習をするならとりあえずimport 4from sklearn.decomposition import PCA # 今回の主役。scikit-learnのPCAクラス 5from sklearn import datasets # デモ用のデータセットを読み込むモジュール 6import seaborn as sns # 可視化用のライブラリ 7import pandas as pd # 便利なDataFrameを使うためのライブラリ 8import cufflinks as cf # おしゃれな可視化のために必要なライブラリ その2 9 10cf.go_offline() # cufflinksをオフラインで使うため 11 12wine = datasets.load_wine() # wineデータを読み込み 13df = pd.DataFrame(wine.data) # DataFrame形式に変換 14df["label"] = wine["target"] # データのクラスをDataFrameの列の一つとして追加 15df.head() # 試しにDataFrameの先頭5行を表示してみましょう 16 17sns.pairplot(df.iloc[:,:-1]) # df.iloc[:, :-1]にすることですべての行の 18 # 最後の列以外を指定して可視化します 19plt.show() 20 21pca = PCA(n_components=3) # 3次元に圧縮するPCAインスタンスを作成 22X = pca.fit_transform(df.iloc[:,:-1].values) # wineデータをPCAで次元圧縮 23embed3 = pd.DataFrame(X) # 可視化のためにデータフレームに変換 24embed3["label"] = df["label"] 25embed3.head() # データフレームの先頭を表示 26 27embed3.iplot(kind="scatter3d", x=0,y=1,z=2,categories="label")
試したこと
github
上記のサイトに似たエラーがありましたので参考にしましたが、
どこをいじればよいかわからず、解決されませんでした。
以下は上記のサイトに書いてあった解決方法です。
I have made a python script to draw a 3D scatter map. Usually I can draw it online by the code: x = [] y = [] z = [] hover = [] trace = {} layout = {} #creating trace for i in range(len(np.unique(y_le))): name = np.unique(y_random)[i] # color = range(len(X_tsne['Name'].unique))[i] color = c[i] x = X_tsne[y_random == name][:, 0] y = X_tsne[y_random == name][:, 1] z = X_tsne[y_random == name][:, 2] hover = filename_random[y_random == name] trace = dict( name=name, x=x, y=y, z=z, type="scatter3d", mode='markers', # colorscale='Viridis' text=hover, marker=dict(size=2, color=color, line=dict(width=0))) data.append(trace) #creating fig layout = dict( width=1600, height=1200, autosize=False, title='t-SNE embedding - hover', scene=dict( xaxis=dict( gridcolor='rgb(255, 255, 255)', zerolinecolor='rgb(255, 255, 255)', showbackground=True, backgroundcolor='rgb(230, 230,230)' ), yaxis=dict( gridcolor='rgb(255, 255, 255)', zerolinecolor='rgb(255, 255, 255)', showbackground=True, backgroundcolor='rgb(230, 230,230)' ), zaxis=dict( gridcolor='rgb(255, 255, 255)', zerolinecolor='rgb(255, 255, 255)', showbackground=True, backgroundcolor='rgb(230, 230,230)' ), aspectratio=dict(x=1, y=1, z=0.7), aspectmode='manual' ), ) fig = dict(data=data, layout=layout) url = py.plot(fig, filename='tSNE embedding') However, when I tried to draw them offline by this: plotly.offline.plot(fig)
it raises the error
ValueError:
Invalid value of type 'numpy.int64' received for the 'name' property of scatter3d
Received value: 0
The 'name' property is a string and must be specified as:
- A string
- A number that will be converted to a string
I tried to replace the line name = name in making trace by using name = '%d' % name but it still the same error
How can I draw offline plot by plotly in this case?
以下は問題に対する解決策です。
The error message is talking about about the name property that you specify on this line: trace = dict( name=name, # <- Here x=x, y=y, z=z, ... ) This property must be a Python string or a Python number (int or float) and it's receiving a numpy int64 object. Try casting the numpy int to a Python int like this: trace = dict( name=int(name), # <- Here x=x, y=y, z=z, ... )
補足情報（FW/ツールのバージョンなど）
windows10を使用。
jupyter notebookに出力された詳細なエラー内容を追記しました。
ValueError Traceback (most recent call last) <ipython-input-25-edb1ce2e1dfc> in <module> 25 embed3.head() # データフレームの先頭を表示 26 ---> 27 embed3.iplot(kind="scatter3d", x=0,y=1,z=2,categories="label") ~\anaconda3\lib\site-packages\cufflinks\plotlytools.py in _iplot(self, kind, data, layout, filename, sharing, title, xTitle, yTitle, zTitle, theme, colors, colorscale, fill, width, dash, mode, interpolation, symbol, size, barmode, sortbars, bargap, bargroupgap, bins, histnorm, histfunc, orientation, boxpoints, annotations, keys, bestfit, bestfit_colors, mean, mean_colors, categories, x, y, z, text, gridcolor, zerolinecolor, margin, labels, values, secondary_y, secondary_y_title, subplots, shape, error_x, error_y, error_type, locations, lon, lat, asFrame, asDates, asFigure, asImage, dimensions, asPlot, asUrl, online, **kwargs) 796 else: 797 _size=size --> 798 _data=Scatter3d(x=_x,y=_y,mode=mode,name=_, 799 marker=dict(color=colors[_],symbol=symbol,size=_size,opacity=opacity, 800 line=dict(width=width)),textfont=tools.getLayout(theme=theme)['xaxis']['titlefont']) ~\anaconda3\lib\site-packages\plotly\graph_objs\_scatter3d.py in __init__(self, arg, connectgaps, customdata, customdatasrc, error_x, error_y, error_z, hoverinfo, hoverinfosrc, hoverlabel, hovertemplate, hovertemplatesrc, hovertext, hovertextsrc, ids, idssrc, legendgroup, line, marker, meta, metasrc, mode, name, opacity, projection, scene, showlegend, stream, surfaceaxis, surfacecolor, text, textfont, textposition, textpositionsrc, textsrc, texttemplate, texttemplatesrc, uid, uirevision, visible, x, xcalendar, xsrc, y, ycalendar, ysrc, z, zcalendar, zsrc, **kwargs) 2327 _v = name if name is not None else _v 2328 if _v is not None: -> 2329 self["name"] = _v 2330 _v = arg.pop("opacity", None) 2331 _v = opacity if opacity is not None else _v ~\anaconda3\lib\site-packages\plotly\basedatatypes.py in __setitem__(self, prop, value) 4017 # ### Handle simple property ### 4018 else: -> 4019 self._set_prop(prop, value) 4020 else: 4021 # Make sure properties dict is initialized ~\anaconda3\lib\site-packages\plotly\basedatatypes.py in _set_prop(self, prop, val) 4335 return 4336 else: -> 4337 raise err 4338 4339 # val is None ~\anaconda3\lib\site-packages\plotly\basedatatypes.py in _set_prop(self, prop, val) 4330 4331 try: -> 4332 val = validator.validate_coerce(val) 4333 except ValueError as err: 4334 if self._skip_invalid: ~\anaconda3\lib\site-packages\_plotly_utils\basevalidators.py in validate_coerce(self, v) 1080 v = str(v) 1081 else: -> 1082 self.raise_invalid_val(v) 1083 1084 if self.no_blank and len(v) == 0: ~\anaconda3\lib\site-packages\_plotly_utils\basevalidators.py in raise_invalid_val(self, v, inds) 273 name += "[" + str(i) + "]" 274 --> 275 raise ValueError( 276 """ 277 Invalid value of type {typ} received for the '{name}' property of {pname} ValueError: Invalid value of type 'numpy.int32' received for the 'name' property of scatter3d Received value: 0 The 'name' property is a string and must be specified as: - A string - A number that will be converted to a string
よろしくお願いいたします。
回答1件
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ベストアンサー
google colabで試したところ、確かにエラーが出ますね。
ValueError: Invalid value of type 'numpy.int64' received for the 'name' property of scatter3d Received value: 0 The 'name' property is a string and must be specified as: - A string - A number that will be converted to a string
エラーメッセージに従い下記コードを加えるとエラーは出なくなりましたが、google colabではグラフは描画されませんでしたので動作確認までは出来ませんでした。
Python
1embed3['label'] = embed3['label'].astype(str) 2embed3.iplot(kind="scatter3d", x=0,y=1,z=2,categories="label")
エラーは出なくなったので、google colab以外の環境ではおそらく動作するのではないかと思います。
投稿2020/09/11 11:29
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