PythonでPCA(別名は主成分分析で、次元削減手法の一つ)を実行しましたが、エラーが出ています。

Question

前提・実現したいこと

PCA解説　sklearnで主成分分析を試してみよう！
上記のサイトのソースコードをコピペしてPCAを実行しましたが、
エラーがでましたのでそれを解決したいです。

発生している問題・エラーメッセージ

---------------------------------------------------------------------------
ValueError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-31-8a964de16c1f> in <module>
     38 
     39 # embed3dはT-SNEで作った三次元のデータフレームです。
---> 40 embed3d.iplot(kind="scatter3d",       # 種類=3D散布図
     41               x="X", y="Y", z="Z",    # x軸,y軸,z軸を指定
     42               mode="markers",         # プロットの見た目を変える指定です


ValueError: 
    Invalid value of type 'numpy.int32' received for the 'name' property of scatter3d
        Received value: 0

    The 'name' property is a string and must be specified as:
      - A string
      - A number that will be converted to a string

該当のソースコード

from matplotlib import pyplot as plt

import numpy as np                           # Pythonで機械学習をするならとりあえずimport
from sklearn.decomposition import PCA        # 今回の主役。scikit-learnのPCAクラス
from sklearn import datasets                 # デモ用のデータセットを読み込むモジュール
import seaborn as sns                        # 可視化用のライブラリ
import pandas as pd                          # 便利なDataFrameを使うためのライブラリ
import cufflinks as cf                       # おしゃれな可視化のために必要なライブラリ その2

cf.go_offline()                              # cufflinksをオフラインで使うため

wine = datasets.load_wine()                  # wineデータを読み込み
df = pd.DataFrame(wine.data)                 # DataFrame形式に変換
df["label"] = wine["target"]                 # データのクラスをDataFrameの列の一つとして追加
df.head()                                    # 試しにDataFrameの先頭5行を表示してみましょう

sns.pairplot(df.iloc[:,:-1])                  # df.iloc[:, :-1]にすることですべての行の
                                              # 最後の列以外を指定して可視化します
plt.show()                                              

pca = PCA(n_components=3)                     # 3次元に圧縮するPCAインスタンスを作成
X = pca.fit_transform(df.iloc[:,:-1].values)  # wineデータをPCAで次元圧縮
embed3 = pd.DataFrame(X)                      # 可視化のためにデータフレームに変換
embed3["label"] = df["label"]                 
embed3.head()                                 # データフレームの先頭を表示

embed3.iplot(kind="scatter3d", x=0,y=1,z=2,categories="label")

試したこと

github
上記のサイトに似たエラーがありましたので参考にしましたが、
どこをいじればよいかわからず、解決されませんでした。

以下は上記のサイトに書いてあった解決方法です。

I have made a python script to draw a 3D scatter map. Usually I can draw it online by the code:

x = []
y = []
z = []
hover = []
trace = {}
layout = {}

#creating trace
for i in range(len(np.unique(y_le))):
    name = np.unique(y_random)[i]
    # color = range(len(X_tsne['Name'].unique))[i]
    color = c[i]
    x = X_tsne[y_random == name][:, 0]
    y = X_tsne[y_random == name][:, 1]
    z = X_tsne[y_random == name][:, 2]
    hover = filename_random[y_random == name]

    trace = dict(
        name=name,
        x=x, y=y, z=z,
        type="scatter3d",
        mode='markers',
        # colorscale='Viridis'
        text=hover,
        marker=dict(size=2, color=color, line=dict(width=0)))
    data.append(trace)

#creating fig
layout = dict(
    width=1600,
    height=1200,
    autosize=False,
    title='t-SNE embedding - hover',
    scene=dict(
        xaxis=dict(
            gridcolor='rgb(255, 255, 255)',
            zerolinecolor='rgb(255, 255, 255)',
            showbackground=True,
            backgroundcolor='rgb(230, 230,230)'
        ),
        yaxis=dict(
            gridcolor='rgb(255, 255, 255)',
            zerolinecolor='rgb(255, 255, 255)',
            showbackground=True,
            backgroundcolor='rgb(230, 230,230)'
        ),
        zaxis=dict(
            gridcolor='rgb(255, 255, 255)',
            zerolinecolor='rgb(255, 255, 255)',
            showbackground=True,
            backgroundcolor='rgb(230, 230,230)'
        ),
        aspectratio=dict(x=1, y=1, z=0.7),
        aspectmode='manual'
    ),
)

fig = dict(data=data, layout=layout)
url = py.plot(fig, filename='tSNE embedding')
However, when I tried to draw them offline by this:
plotly.offline.plot(fig)

it raises the error
ValueError:
Invalid value of type 'numpy.int64' received for the 'name' property of scatter3d
Received value: 0
The 'name' property is a string and must be specified as:

• A string
• A number that will be converted to a string

I tried to replace the line name = name in making trace by using name = '%d' % name but it still the same error

How can I draw offline plot by plotly in this case?

以下は問題に対する解決策です。

The error message is talking about about the name property that you specify on this line:

trace = dict(
        name=name,  # <- Here
        x=x, y=y, z=z,
        ...
)
This property must be a Python string or a Python number (int or float) and it's receiving a numpy int64 object. Try casting the numpy int to a Python int like this:

trace = dict(
        name=int(name),  # <- Here
        x=x, y=y, z=z,
        ...
)

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

windows10を使用。

jupyter notebookに出力された詳細なエラー内容を追記しました。

ValueError                                Traceback (most recent call last)
<ipython-input-25-edb1ce2e1dfc> in <module>
     25 embed3.head()                                 # データフレームの先頭を表示
     26 
---> 27 embed3.iplot(kind="scatter3d", x=0,y=1,z=2,categories="label")

~\anaconda3\lib\site-packages\cufflinks\plotlytools.py in _iplot(self, kind, data, layout, filename, sharing, title, xTitle, yTitle, zTitle, theme, colors, colorscale, fill, width, dash, mode, interpolation, symbol, size, barmode, sortbars, bargap, bargroupgap, bins, histnorm, histfunc, orientation, boxpoints, annotations, keys, bestfit, bestfit_colors, mean, mean_colors, categories, x, y, z, text, gridcolor, zerolinecolor, margin, labels, values, secondary_y, secondary_y_title, subplots, shape, error_x, error_y, error_type, locations, lon, lat, asFrame, asDates, asFigure, asImage, dimensions, asPlot, asUrl, online, **kwargs)
    796                                         else:
    797                                                 _size=size
--> 798 					_data=Scatter3d(x=_x,y=_y,mode=mode,name=_,
    799 								marker=dict(color=colors[_],symbol=symbol,size=_size,opacity=opacity,
    800 												line=dict(width=width)),textfont=tools.getLayout(theme=theme)['xaxis']['titlefont'])

~\anaconda3\lib\site-packages\plotly\graph_objs\_scatter3d.py in __init__(self, arg, connectgaps, customdata, customdatasrc, error_x, error_y, error_z, hoverinfo, hoverinfosrc, hoverlabel, hovertemplate, hovertemplatesrc, hovertext, hovertextsrc, ids, idssrc, legendgroup, line, marker, meta, metasrc, mode, name, opacity, projection, scene, showlegend, stream, surfaceaxis, surfacecolor, text, textfont, textposition, textpositionsrc, textsrc, texttemplate, texttemplatesrc, uid, uirevision, visible, x, xcalendar, xsrc, y, ycalendar, ysrc, z, zcalendar, zsrc, **kwargs)
   2327         _v = name if name is not None else _v
   2328         if _v is not None:
-> 2329             self["name"] = _v
   2330         _v = arg.pop("opacity", None)
   2331         _v = opacity if opacity is not None else _v

~\anaconda3\lib\site-packages\plotly\basedatatypes.py in __setitem__(self, prop, value)
   4017                 # ### Handle simple property ###
   4018                 else:
-> 4019                     self._set_prop(prop, value)
   4020             else:
   4021                 # Make sure properties dict is initialized

~\anaconda3\lib\site-packages\plotly\basedatatypes.py in _set_prop(self, prop, val)
   4335                 return
   4336             else:
-> 4337                 raise err
   4338 
   4339         # val is None

~\anaconda3\lib\site-packages\plotly\basedatatypes.py in _set_prop(self, prop, val)
   4330 
   4331         try:
-> 4332             val = validator.validate_coerce(val)
   4333         except ValueError as err:
   4334             if self._skip_invalid:

~\anaconda3\lib\site-packages\_plotly_utils\basevalidators.py in validate_coerce(self, v)
   1080                     v = str(v)
   1081                 else:
-> 1082                     self.raise_invalid_val(v)
   1083 
   1084             if self.no_blank and len(v) == 0:

~\anaconda3\lib\site-packages\_plotly_utils\basevalidators.py in raise_invalid_val(self, v, inds)
    273                 name += "[" + str(i) + "]"
    274 
--> 275         raise ValueError(
    276             """
    277     Invalid value of type {typ} received for the '{name}' property of {pname}

ValueError: 
    Invalid value of type 'numpy.int32' received for the 'name' property of scatter3d
        Received value: 0

    The 'name' property is a string and must be specified as:
      - A string
      - A number that will be converted to a string

よろしくお願いいたします。

Comments

[meg_]

リンクは「リンクの挿入」で記入してください。

[hiyoko-kun]

ご指導下さりありがとうございます。
承知しました。

Answer 1

google colabで試したところ、確かにエラーが出ますね。

ValueError: 
    Invalid value of type 'numpy.int64' received for the 'name' property of scatter3d
        Received value: 0

    The 'name' property is a string and must be specified as:
      - A string
      - A number that will be converted to a string

エラーメッセージに従い下記コードを加えるとエラーは出なくなりましたが、google colabではグラフは描画されませんでしたので動作確認までは出来ませんでした。

embed3['label'] = embed3['label'].astype(str)
embed3.iplot(kind="scatter3d", x=0,y=1,z=2,categories="label")

エラーは出なくなったので、google colab以外の環境ではおそらく動作するのではないかと思います。

Comments

[hiyoko-kun]

夜分遅くに失礼いたします。
jupyter notebookで確認したところ、正しく動きました。
丁寧に教えて下さり、ありがとうございました。