Python の sqlite3 モジュールが root 権限での実行時に想定したものが指定されません。

Question

前提・実現したいこと

python の sqlite3 モジュールを使った django プロジェクトを root 権限で実行したいです。
django プロジェクトでは、sqlite3 のバージョンが 3.8.3 以上じゃないと実行できず、sqlite3 のバージョンは 3.27.1 なのにもかかわらず、root 権限で実行した際のモジュールが持つバージョンは 3.7.17 が指定されます。

ルート権限で実行した際のpythonコマンドのsqlite3モジュールはどこのsqlite3を見ているのでしょうか？
モジュールのパス等も調べましたが、よくわかりませんでした。よろしくお願いします。

発生している問題・エラーメッセージ

django.core.exceptions.ImproperlyConfigured: SQLite 3.8.3 or later is required (found 3.7.17).

該当のソースコード

$ python3
Python 3.7.6 (default, Feb 26 2020, 20:54:15) 
[GCC 7.3.1 20180712 (Red Hat 7.3.1-6)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import sqlite3
>>> sqlite3.sqlite_version
'3.27.1'
>>> exit()

$ sudo python3
Python 3.7.6 (default, Feb 26 2020, 20:54:15) 
[GCC 7.3.1 20180712 (Red Hat 7.3.1-6)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import sqlite3
>>> sqlite3.sqlite_version
'3.7.17'
>>> exit
Use exit() or Ctrl-D (i.e. EOF) to exit
>>> exit()

試したこと

$ sudo python3
Python 3.7.6 (default, Feb 26 2020, 20:54:15) 
[GCC 7.3.1 20180712 (Red Hat 7.3.1-6)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import sys
>>> sys.path
['', '/usr/lib64/python37.zip', '/usr/lib64/python3.7', '/usr/lib64/python3.7/lib-dynload', '/usr/local/lib/python3.7/site-packages', '/usr/lib64/python3.7/site-packages', '/usr/lib/python3.7/site-packages']
>>> exit()

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

$ sudo find / -name sqlite3
/usr/bin/sqlite3               #3.27.1
/usr/lib64/python3.7/sqlite3   #ディレクトリ
/usr/lib64/python2.7/sqlite3   #ディレクトリ
/usr/local/bin/sqlite3         #3.27.1

7/15 追記

追記依頼をいただき、ありがとうございます。追記いたします。

管理者権限で実行しなかった際の sys.path は以下の通りです。

$ python3
Python 3.7.6 (default, Feb 26 2020, 20:54:15) 
[GCC 7.3.1 20180712 (Red Hat 7.3.1-6)] on linux
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import sys
>>> sys.path
['', '/usr/lib64/python37.zip', '/usr/lib64/python3.7', '/usr/lib64/python3.7/lib-dynload', '/home/{ユーザ名}/.local/lib/python3.7/site-packages', '/usr/local/lib/python3.7/site-packages', '/usr/lib64/python3.7/site-packages', '/usr/lib/python3.7/site-packages']

実行されている python3 は以下の通りです。

$ which python3
/usr/bin/python3
$ sudo which python3
/bin/python3

Comments

[quickquip]

sudoを付けない時のpythonのsys.pathはどうなっているんでしょう

[bsdfan]

pyenvとかの環境を利用されているのでは？
sudoを使うとユーザ設定の環境変数はクリアされるので、システムのpython3が起動します。
$ which python3
$ sudo which python3
を比べてみてください。

[nerianighthawk]

追記依頼ありがとうございます。

利用されている python3 が違うことは理解しているのですが、sqlite3 の 3.7.17 のバージョンは環境には存在しないはずで、sudo 実行時の sqlite3 のライブラリがどの sqlite3 を参照しているのが不明な状態です。
よろしくお願いします。

Answer 1

sudo python3

でREPLを起動して、

import _sqlite3
print(_sqlite3.__file__)

すると拡張子soのファイルが表示されるのではないかと思うのでシェルに戻って

ldd そのsoファイル

とすると
libsqlite3.so.0あたりに紐付いているファイルのフルパスが見えると思います。それが"そのPyhton"が使うsqlite3の共有ライブラリです。

これはコンパイル時に決定されて、以降は依存性を変更できないんじゃないかと思います。(未調査)

---

参考
https://docs.python.org/ja/3/reference/import.html#file

import sqlite3
print(sqlite3.__file__)

とするとモジュールsqlite3のファイル(パッケージなので__init__.pyでしょう）が見えます。

そのファイルからコードをたどっていくと（MacやUbuntuだと）_sqlite3というパッケージが実体だろうと当たりがつきます。

Comments

[nerianighthawk]

回答いただきありがとうございます。

頂いた情報通り、REPLにて管理者権限実行時と通常実行時それぞれ下記を実行しました。
```
>>> print(_sqlite3.__file__)
/usr/lib64/python3.7/lib-dynload/_sqlite3.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so
```
上記、管理者権限実行時と通常実行時に変化がありませんでした。
こちらの意味するところは同じsqlite3が実行されているということなのでしょうか？

[quickquip]

だとしたら
ldd /usr/lib64/python3.7/lib-dynload/_sqlite3.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so
と
sudo ldd /usr/lib64/python3.7/lib-dynload/_sqlite3.cpython-37m-x86_64-linux-gnu.so
の結果が違うのではないでしょうか

[nerianighthawk]

ありがとうございます。また、質問内容が説明足らずで申し訳ありません。
sqlite3 は自分でインストールしたものだったため、インストール時の.libをパス指定することで解決しました。
ライブラリのパスが悪い時に何を確認すればいいのか等全く知らなかったため、quiquiさんの回答はとても参考になりました。
ありがとうございました。

Answer 2

• 【django】SQLiteバージョンエラー

ただ「解決した方法」に、

共有ライブラリへのパスの通し方について、「/etc/ld.so.conf」へ記述する方法にしたら解決できました。
【記述内容】
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/bin:$LD_LIBRARY_PATH

と書かれてますが、「/etc/ld.so.conf」にはパスのみを書くのが正しいようです。

• 共有ライブラリをシステムに認識させるには

あと、最近のlinuxディストリビューションだと、「/etc/ld.so.conf」は直接いじらずに、「/etc/ld.so.conf.d」ディレクトリ以下にファイルを作って、そちらに記述するのが流儀のようです。

• CentOS7でldconfigを使って共有ライブラリを追加する

上記はCentOS7ですが、自分が使っているubuntu20.04もそのようになっています。
Redhatは知りませんが、もしそのようなディレクトリがあればそのようにした方がいいでしょう。

---

本当は、「pythonを新しいバージョンのsqliteのライブラリをリンクするように再ビルドする」が正しい直し方だと思いますが、まぁそれはそれで大変そうなので、上記を試してみてはいかがですか。

Comments

[nerianighthawk]

回答いただき、ありがとうございます。

しかし、提示いただいた情報では解決できませんでした。
やったこととしては、 `/etc/ld.conf.d/sqlite3.conf`ファイルを作成し、`/usr/local/bin`と記載した後、
```
$ sudo ldconfig
```
を実行しました。

現象としては質問内容の状況と変化がありません。
何か、思い当たることはありますでしょうか。よろしくお願いします。

[katsuko]

root権限のwhichコマンドで/bin/python3が出るのは間違いないですか？
もし間違いないというのであれば、「rpm -qf /bin/python3」を実行してみて、どのパッケージがインストールしたか調べてみてください。(Redhatはしばらく触ってないので、間違ってなければいいのだけど)

あと、sqlite3とpythonはご自身でインストールしましたか？
(修正依頼にも書かれているとおり、pyenvなども使ってませんか？)
もしインストールしたならば、その事も質問に追記された方がいいと思います。
(してない場合でも、「してない」とハッキリ書いた方が、問題の切り分けになります)

[nerianighthawk]

質問内容が説明足らずで申し訳ありません。
pyenv等は使っていませんが、sqlite3は自分でインストールしたものでした。
したがって、ライブラリのパス指定をsqlite3 インストール時の.libを指定することで解決しました。
方法はほぼkatsukoさんのおっしゃる通りでした。ありがとうございました。