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MatplotlibはPythonのおよび、NumPy用のグラフ描画ライブラリです。多くの場合、IPythonと連携して使われます。

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Pythonは、コードの読みやすさが特徴的なプログラミング言語の1つです。 強い型付け、動的型付けに対応しており、後方互換性がないバージョン2系とバージョン3系が使用されています。 商用製品の開発にも無料で使用でき、OSだけでなく仮想環境にも対応。Unicodeによる文字列操作をサポートしているため、日本語処理も標準で可能です。

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matplotlibのplotを行う際の行列整理について

JMS

総合スコア7

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投稿2020/07/02 06:26

いま、以下のコードによりリッジ回帰を行っています。
この場合、コードの終盤にあるplotにより問題なく散布図を出すことができます。

Python

1%matplotlib inline 2import matplotlib.pyplot as plt 3import numpy as np 4import pandas as pd 5from sklearn.linear_model import LinearRegression 6from sklearn.preprocessing import StandardScaler 7from sklearn.model_selection import train_test_split 8from sklearn.metrics import mean_squared_error 9from sklearn.preprocessing import PolynomialFeatures 10from sklearn.linear_model import Ridge 11 12data=pd.read_excel('元データ.xlsx') 13data=data.drop([0,1]).reset_index(drop=True) 14data['date']=pd.to_datetime(data['date'],format='%Y年%m月') 15data['POSIX']=data['date'].astype('int64').values//10**9 16data['year']=data['date'].dt.year 17data['month']=data['date'].dt.month 18 19x=data.iloc[0:38:1,[1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,32]] 20y0=data.iloc[:38,[23]] 21y1=data.iloc[:38,[24]] 22y2=data.iloc[:38,[25]] 23y3=data.iloc[:38,[26]] 24y4=data.iloc[:38,[27]] 25y5=data.iloc[:38,[28]] 26y6=data.iloc[:38,[29]] 27 28for y in [y0, y1, y2, y3, y4, y5, y6]: 29 x_pos=data['POSIX'].values 30 N=len(x) 31 N_train=round(len(x)*0.8) 32 N_test=N-N_train 33 34 x_pos_train,x_pos_test=x_pos[:N_train],x_pos[N_train:] 35 x_train,y_train=x[:N_train],y[:N_train] 36 x_test,y_test=x[N_train:],y[N_train:] 37 38 POLY=PolynomialFeatures(degree=6,include_bias=False) 39 40 x_train_pol=POLY.fit_transform(x_train) 41 x_test_pol=POLY.transform(x_test) 42 43 sc=StandardScaler() 44 x_train_std=sc.fit_transform(x_train_pol) 45 x_test_std=sc.transform(x_test_pol) 46 47 model2=Ridge(alpha=0.8) 48 model2.fit(x_train_std,y_train) 49 y_train_pred=model2.predict(x_train_std) 50 y_test_pred=model2.predict(x_test_std) 51 52 print('平均二乗誤差(訓練データ):',mean_squared_error(y_train,y_train_pred)) 53 print('平均二乗誤差(テストデータ):',mean_squared_error(y_test,y_test_pred)) 54 55 #残差プロット 56 plt.figure(figsize=(8,4)) 57 plt.scatter(y_train_pred, y_train_pred-y_train,c='red',marker='o',edgecolor='white',label='Training data') 58 plt.scatter(y_test_pred, y_test_pred-y_test,c='blue',marker='s',edgecolor='white',label='Test data') 59 plt.xlabel('Predicted values') 60 plt.ylabel('Residuals') 61 plt.legend(loc='upper left') 62 plt.hlines(y=0,xmin=0,xmax=100000000000,color='black',lw=0.5) 63 plt.xlim([10000000,100000000]) 64 plt.tight_layout() 65 plt.show()

一方、以下のロッソ回帰を行うと描画の際にエラーとなります。
エラーメッセージも含めて以下記述します。モデルを変えただけで、あとはほぼすべてコードは同じです。もちろん元データも同じものです。

Python

1%matplotlib inline 2import matplotlib.pyplot as plt 3import numpy as np 4import pandas as pd 5from sklearn.linear_model import LinearRegression 6from sklearn.preprocessing import StandardScaler 7from sklearn.model_selection import train_test_split 8from sklearn.metrics import mean_squared_error 9from sklearn.preprocessing import PolynomialFeatures 10from sklearn.linear_model import Ridge 11from sklearn.linear_model import Lasso 12 13 14data=pd.read_excel('元データ.xlsx') 15data=data.drop([0,1]).reset_index(drop=True) 16data['date']=pd.to_datetime(data['date'],format='%Y年%m月') 17data['POSIX']=data['date'].astype('int64').values//10**9 18data['year']=data['date'].dt.year 19data['month']=data['date'].dt.month 20 21x=data.iloc[0:38:1,[1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19,20,21,22,32]] 22y0=data.iloc[:38,[23]] 23y1=data.iloc[:38,[24]] 24y2=data.iloc[:38,[25]] 25y3=data.iloc[:38,[26]] 26y4=data.iloc[:38,[27]] 27y5=data.iloc[:38,[28]] 28y6=data.iloc[:38,[29]] 29 30for y in [y0, y1, y2, y3, y4, y5, y6]: 31 32 x_pos=data['POSIX'].values 33 N=len(x) 34 N_train=round(len(x)*0.8) 35 N_test=N-N_train 36 37 x_pos_train,x_pos_test=x_pos[:N_train],x_pos[N_train:] 38 x_train,y_train=x[:N_train],y[:N_train] 39 x_test,y_test=x[N_train:],y[N_train:] 40 41 POLY=PolynomialFeatures(degree=6,include_bias=False) 42 x_train_pol=POLY.fit_transform(x_train) 43 x_test_pol=POLY.transform(x_test) 44 45 sc=StandardScaler() 46 x_train_std=sc.fit_transform(x_train_pol) 47 x_test_std=sc.transform(x_test_pol) 48 49 model3=Lasso(alpha=0.1) 50 model3.fit(x_train_std,y_train) 51 52 y_train_pred=model3.predict(x_train_std) 53 y_test_pred=model3.predict(x_test_std) 54 55 print('平均二乗誤差(訓練データ):',mean_squared_error(y_train,y_train_pred)) 56 print('平均二乗誤差(テストデータ):',mean_squared_error(y_test,y_test_pred)) 57 58 #y_train_pred=np.array(y_train_pred).reshape(1,-1).tolist() 59 #y_test_pred=np.array(y_test_pred).reshape(1,-1).tolist() 60 plt.figure(figsize=(8,4)) 61 plt.scatter(y_train_pred,y_train_pred-y_train,c='red',marker='o',edgecolor='white',label='Training data') 62 plt.scatter(y_test_pred, y_test_pred-y_test,c='blue',marker='s',edgecolor='white',label='Test data') 63 plt.xlabel('Predicted values') 64 plt.ylabel('Residuals') 65 plt.legend(loc='upper left') 66 plt.hlines(y=0,xmin=0,xmax=100000000,color='black',lw=0.5) 67 plt.xlim([10000000,100000000]) 68 plt.tight_layout() 69 plt.show() 70 71平均二乗誤差(訓練データ): 9334.400142192504 72平均二乗誤差(テストデータ): 7933540129871.662 73--------------------------------------------------------------------------- 74ValueError Traceback (most recent call last) 75<ipython-input-525-38e77eb1362b> in <module> 76 68 #y_test_pred=np.array(y_test_pred).reshape(1,-1).tolist() 77 69 plt.figure(figsize=(8,4)) 78---> 70 plt.scatter(y_train_pred,y_train_pred-y_train,c='red',marker='o',edgecolor='white',label='Training data') 79 71 plt.scatter(y_test_pred, y_test_pred-y_test,c='blue',marker='s',edgecolor='white',label='Test data') 80 72 plt.xlabel('Predicted values') 81 82~\Anaconda3\lib\site-packages\pandas\core\ops\__init__.py in f(self, other, axis, level, fill_value) 83 1486 def f(self, other, axis=default_axis, level=None, fill_value=None): 84 1487 85-> 1488 other = _align_method_FRAME(self, other, axis) 86 1489 87 1490 if isinstance(other, ABCDataFrame): 88 89~\Anaconda3\lib\site-packages\pandas\core\ops\__init__.py in _align_method_FRAME(left, right, axis) 90 1425 91 1426 if right.ndim == 1: 92-> 1427 right = to_series(right) 93 1428 94 1429 elif right.ndim == 2: 95 96~\Anaconda3\lib\site-packages\pandas\core\ops\__init__.py in to_series(right) 97 1417 if len(left.columns) != len(right): 98 1418 raise ValueError( 99-> 1419 msg.format(req_len=len(left.columns), given_len=len(right)) 100 1420 ) 101 1421 right = left._constructor_sliced(right, index=left.columns) 102 103ValueError: Unable to coerce to Series, length must be 1: given 30 104 105<Figure size 576x288 with 0 Axes>

ここで、私としては、y_train_predとy_test_predのshapeが、リッジ回帰のときとなぜか異なる形となっていることに気付きました。
リッジ回帰の場合は[[a,b,c,...]]と2次元なっており、ロッソ回帰の場合は[a,b,c,...]と1次元なっていました。

このため、結論としては上記コードでコメントアウトしている2行(#で示しています)を入れて、これらを2次元配列にすると治ることが分かりました。
ここで詳しい方に質問なのですが、

1.なぜロッソ回帰をやると次元が1次元になってしまうのでしょうか?
2.なぜ2次元配列にしないと散布図が書けないのでしょうか?

こちらどなたかお分かりになられる方、ご教示いただけないでしょうか。
丸一日かけても理解ができず・・・。助けてくださいませ!

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まず最初にshapeを都度確認することを推奨します。何か変なことが起こっています。

先に簡単な方の2からお答えします。

2.なぜ2次元配列にしないと散布図が書けないのでしょうか?

そんなことはありません。テストコードで確認したところ、1次元配列であっても散布図は描けます。

python

1import matplotlib.pyplot as plt 2import numpy as np 3 4x = np.array([1, 2, 3]) 5y = np.array([4, 5, 6]) 6xx = np.array([7, 8, 9]).reshape(-1, 1) 7yy = np.array([10, 11, 12]).reshape(-1, 1) 8 9print(x.shape, y.shape) 10print(xx.shape, yy.shape) 11 12plt.scatter(x, y, label="X:1D Y:1D") 13plt.scatter(xx, y, label="X:2D Y:1D") 14plt.scatter(x, yy, label="X:1D Y:2D") 15plt.scatter(xx, yy, label="X:2D Y:2D") 16 17plt.legend() 18plt.show()

実行結果

terminal

1(3,) (3,) 2(3, 1) (3, 1)

scatter plot

1.なぜロッソ回帰をやると次元が1次元になってしまうのでしょうか?

これも次元は維持されます。LassoとRidgeで次元が異なるとしたら、(断言はできませんが)何かおかしなことが起こっているように思います。少なくともテストコードでは、次元は一致しました。

python

1import numpy as np 2import matplotlib.pyplot as plt 3from sklearn.linear_model import Lasso, Ridge 4from sklearn.model_selection import train_test_split 5 6 7def func(x): 8 a = 10.0 9 b = 5.0 10 y = a * x + b 11 noise = np.random.randn(len(y)) 12 return y + noise 13 14 15def main(): 16 x = np.linspace(0, 10, 100) # x.shape == (100,) 17 y = func(x) # y.shape == (100,) 18 19 # Fittingのために (n_sample, 1) にする 20 x = x.reshape(-1, 1) # x.shape == (100, 1) 21 22 # 訓練データと試験データの分離 23 x_train, x_test, y_train, y_test = train_test_split( 24 x, y, test_size=0.33, random_state=42 25 ) 26 # x_train.shape == (67, 1) 27 # y_train.shape == (67,) 28 # x_test.shape == (33, 1) 29 # y_test.shape == (33,) 30 31 # Lasso 32 # (1 / (2 * n_samples)) * ||y - Xw||^2_2 + alpha * ||w||_1 33 clf_lasso = Lasso(alpha=0.1) 34 clf_lasso.fit(x_train, y_train) 35 y_test_lasso = clf_lasso.predict(x_test) # y_test_lasso.shape == (33,) 36 37 # Ridge 38 # ||y - Xw||^2_2 + alpha * ||w||^2_2 39 clf_ridge = Ridge(alpha=0.1) 40 clf_ridge.fit(x, y) 41 y_test_ridge = clf_ridge.predict(x_test) # y_test_ridge == (33,) 42 43 # Plot 44 plt.scatter(x_test, y_test, marker=".", label="Test data", color="red") 45 plt.scatter(x_test, y_test_lasso, marker=".", label="Lasso", color="blue") 46 plt.scatter(x_test, y_test_ridge, marker=".", label="Ridge", color="green") 47 plt.legend() 48 plt.show() 49 50 51if __name__ == "__main__": 52 main()

投稿2020/07/02 10:10

yymmt

総合スコア1615

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JMS

2020/07/04 11:19

まだ完全に再現できていませんが、方針が明確化しました。ありがとうございます!
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