多分 .NET Framework 上で動く DLL(アセンブリ)を Unity のプロジェクトにインポートして動かしたいって話だと思いますが、Unity は .NET Framework ではなく mono というランタイム上で動いているので、.NET のアセンブリをインポートしても動きません。ただのファイルとしてインポートされるだけです。
そういうことをやりたい場合はネイティブ プラグインとして扱い、mono と .NET の間を埋めるものを作ってやる必要があります。詳しくは unity ネイティブプラグインでググるとやり方はいっぱい出てきます。