cv2.findContoursをfor文で回すと処理が止まってしまいます

Question

前提・実現したいこと

複数の画像に対してcv2.findContoursをかけたいのですが、
for文の処理の途中で止まってしまいます。
解決方法と、できればなぜ止まってしまうのか知りたいです。

該当のソースコード

import numpy as np
import math
import matplotlib.pyplot as plt
from PIL import Image

import glob
import os
import cv2
import scipy
import scipy.stats as stats
from scipy.stats import kurtosis
import pandas as pd
import re
import openpyxl
from openpyxl.drawing.image import Image as xlImage
import shutil

import time
from tqdm import tqdm
import holoviews as hv
from holoviews import opts
hv.extension('bokeh')

path = r"C:\Users\ysk\OneDrive\sample_im_reference_copy"
new_dir = r'\area_std'

if os.path.exists(path + new_dir) == 1:
    shutil.rmtree(path + new_dir)
else:
    pass

os.mkdir(path + new_dir)
os.mkdir(path + new_dir + r'\histgram')

def make_im_list(path):
    tif_list = glob.glob(path + "/*.tif")
    tif_list.sort(reverse=False)
    return tif_list

tif_list = make_im_list(path)

def make_area_list(contour):
    area_list = []
    for cnt in contours:
        area = cv2.contourArea(cnt)
        area_list.append(area)
    return area_list

mean_list = []
std_list = []

for i in tqdm(tif_list):
    print(i)
    im = np.array(Image.open(i))
    im_inv = 255 - im
    ret,im_th = cv2.threshold(im_inv, 0, 255, cv2.THRESH_BINARY + cv2.THRESH_OTSU)
    contours, hierarchy = cv2.findContours(im_th, cv2.RETR_TREE, cv2.CHAIN_APPROX_NONE)
    area_list = make_area_list(contours)
    area_array = np.array(area_list)
    mean_list.append(area_array.mean())
    std_list.append(area_array.std())

試したこと

###試したこと①
tqdmで処理状況を確認すると、33%程度進むと処理が一度停止し、
しばらく待つと処理が再スタートするのですが、67%程度で再度処理が止まり、そこから動くことはありませんでした。
33%、67%まで処理が進んだ時に処理をしている画像を確認しましたが、ほかの画像と特に違う点は見つかりません。

###試したこと②
contours, hierarchy = cv2.findContours(im_th, cv2.RETR_TREE, cv2.CHAIN_APPROX_NONE)
によって発生するcontours, hierarchyがメモリを圧迫している?かもしれないと考えて、
以下のように contours = [] と hierarchy = [] を付け足し、毎回 contours, hierarchy を空っぽにしようとしましたが、特に変化なく処理が止まってしまいました。

###試したこと③
33%、67%の際に処理していた画像のみに処理をかけると止まってしまったので、その画像に問題があるようです。
問題の画像と、そうでない画像のプロパティを確認しても特に違いがありませんでした。
フォトのアプリで表示しても見た目に大きな違いもありません。

補足情報（FW/ツールのバージョンなど）

python 3.6.9
opencv 4.1.2

Comments

[meg_]

エラーは何も発生していないのですね？

[ysk_snn]

しておりません
砂時計マークのままです
33%まではするする進んで、一度そこで1minくらい止まったのち、
67%までするする進んで、そこから動かなくなります

[meg_]

止まる画像のみで同じ処理をした場合も止まりますか？

[ysk_snn]

止まりました！
33%の時に処理をしていた画像では、同じように短時間止まって、
67%の時に処理をしていた画像では、同じようにそこから処理が進まなくなりました。

ただ、どちらの画像も同じ処理をかけているほかの画像との差が分かりません...
追加情報として、
今回処理をかけているのは一枚あたり64MB程度のtifファイルで、全部で36枚あります。
すべての画像は同じ撮影機器で同じ条件で撮影したもので、容量も全画像同じです。
実際にフォトとして開いてみてもほかの画像と見た目は同じようです。

[meg_]

理由は分かりませんがデータ（画像）に原因があったようですね。

[ysk_snn]

試したことに追記したのですが、プロパティを確認しても特に違いがありませんでした。
エラーが発生せずにcv2.findContoursの処理が止まる理由で、考えられるものはありませんでしょうか。

[meg_]

一度処理が終わるまでその画像のみ実行してみてはどうでしょうか？実行結果を見たら何か分かるかもしれません。
空いてるサーバーとかないですか？

[ysk_snn]

解決しました！
ありがとうございます。

画像の中にごく小さな面積がたくさんあったことで、処理に時間がかかっていただけのようでした...
丁寧に問題を分析してくださってありがとうございました。

あと一点問題があるのですが、質問への追記・修正の依頼からだとベストアンサーを選べないようです...
申し訳ないのですが、回答のほうにもコメントいただけませんでしょうか?

[meg_]

結果としてコードにもデータにも問題はなかったとのことですので、自己解決にしていただいて結構です。
解決されてなによりです。

[ysk_snn]

ご返信遅くなりまして申し訳ございません。
なんとお礼を言ってよいかわかりません。
ありがとうございました。

Answer 1

処理が終わらない画像に対する処理を、処理が止まるまでしばらく回したところ、
contoursの個数が他の画像と比べて飛びぬけて多かった。
ぼかし処理等をかけることで解決した。