PATHの確認方法、エラーメッセージの意味

前提・実現したいこと

生物系専攻の学生です。
プログラミングを始めて２ヶ月程度の初心者です。
噛み砕いた言葉で回答いただけますと幸いです。

【やりたいこと】hisat2というパッケージをダウンロードして、その中のhisat2-build(Unix実行ファイル)というコマンドを実行したい。hisat2のDL手順参照。-h で起動確認したところ下記のエラーメッセージがでました。
【わからないこと】エラーメッセージの意味。また、PATHが上手く通っていなさそう...と考えたのですが、確認方法がよくわかりません。

発生している問題・エラーメッセージ

hisat2-build -h
dyld: Symbol not found: __ZNSt7__cxx1112basic_stringIcSt11char_traitsIcESaIcEED1Ev
  Referenced from: /usr/local/Cellar/hisat2/2.1.0/bin/hisat2-build-s
  Expected in: /usr/lib/libstdc++.6.dylib
 in /usr/local/Cellar/hisat2/2.1.0/bin/hisat2-build-s
Abort trap: 6

該当のソースコード

C言語

試したこと

PATHを通す
sudo ln -s ~/hisat2-2.1.0/hisat2-build /usr/local/bin/
PATHの確認
printenv
PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin
echo $PATH
/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/opt/X11/bin

ここにより詳細な情報を記載してください。
MacOS Catalina ver.10.15.1

kazto

2019/12/09 05:33

ご提示の手順はLinuxのものですが、Mac版実行ファイルはインストールしていますか？

kittt___

2019/12/09 05:41

はい。hisat2のサイトに記載されているMac OS X x86_64 binary をインストールしました。

行動規範の内容に同意します

回答1件

ベストアンサー

Expected in: /usr/lib/libstdc++.6.dylib

PATHの設定は関係なく、当該プログラムを動かすのに必要なライブラリが存在しない、という内容のエラーです。

現在手もとにMacがありませんので確実ではありませんが、XCodeというMacでの開発環境をインストールすると、改善するかもしれません。

投稿2019/12/09 05:43

kazto

総合スコア7196

kittt___

2019/12/09 08:36

なるほど...PATHは関係ないのですね。もう少し詳しくお伺いしたいのですが・当該プログラムを動かすのに必要なライブラリが存在しない、とはどういう意味でしょうか・Xcodeをどのように用いることで解決につながるのでしょうか自身が勉強不足であることは承知ですが、ご教授いただけますと幸いです。

kazto

2019/12/09 10:50

> ・当該プログラムを動かすのに必要なライブラリが存在しないライブラリとは、プログラムを動かすための部品とお考えください。プログラムは実際はたくさんのライブラリ=部品を必要としています。それが必要なのに、見つからない、というのが今回のエラーの内容です。・Xcodeをどのように用いることで解決につながるのでしょうか使う必要はありません。インストールするだけで、先ほど言いました必要なライブラリがインストールされ、当該のプログラムも使えるようになるはず、という予想です。

kittt___

2019/12/11 03:45

返信が遅くなり申し訳ございません。ご回答ありがとうございます。ちゃんと理解できました！調べたところ、Xcodeは最新バージョンである11.2を既にインストールしていました。また、libstdc++は数年前に非推奨となっており、現在はlibc++を推奨しているようです(参照：　https://forums.developer.apple.com/thread/103732#315386)。実際、私のPCにはDynamic Libraryとしてlibc++.1.dylibとlibc++abi.1.dylibしか入っていませんでした。 ↓ 今回のプログラムの起動にはlibstdc++.6.dylibを(どこからか)インストールする必要がある、ということでしょうか。

kazto

2019/12/11 08:06

> libstdc++.6.dylibを(どこからか)インストールする必要があるいいえ。おそらく、ダウンロードしたビルド済みバイナリが、古い環境でビルドされたことによって、今回の現象が起きたと考えられます。そして、現在libc++がOSが提供しているライブラリであるなら、そちらを使うべきで、古いlibstdc++をインストール、というのは違います。こうなってくると、ちょっと面倒で、ソースコードからビルドを行う必要があると考えていますが、このhisat2というプロダクト自体が古いものであるとお見受けします。正しくビルドできるかは、やってみないと分からないかと思います。

kittt___

2019/12/11 10:19

そうなんですね…できるかわかりませんが、ビルドしてみたいと思います。とりあえず問題点がわかったのでスッキリしました。ありがとうございました！

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